כבר ביום שבת, היום הראשון למלחמת חרבות ברזל, כוחות יחידת שייטת 13 בסדיר ובמילואים הוזנקו במסוקים עם הגעת הדיווחים על החדירה בגבול עזה וחברו לכוחות הלוחמים בשטח. הכוחות החלו בלחימה ביישובי העוטף ובים במקביל.
כוח ראשון סדיר של השייטת קפץ באופן רכוב ומיידי להצטרף למשימה בעוטף ולאחריו כוח המילואים הגיע באופן מוסק לזירת הקרב, שם חברו לכוחות במקום. לוחמי המילואים הגיעו בתוך שעות מהבית לבסיסם בעתלית, התארגנו ללחימה והגיעו לעוטף זמן לא רב לאחר מכן.
הכוחות פעלו במספר רב של מוקדים, המרכזיים שבהם היו בקיבוץ בארי, במוצב סופה, כפר עזה, סעד, מפלסים וניר עוז. במהלך הקרבות חיסלו לוחמי השייטת למעלה מ-60 מחבלים המשויכים לחמאס וחילצו כ-250 בני ערובה בחיים. במהלך הפעילות נעצרו 26 מחבלים, בהם סגן מפקד החטיבה הימית הדרומית של החמאס, מוחמד אבו ע'אלי. שניים מלוחמי היחידה, סגן אלוף אלי גינזבורג וסמ"ר אופק רוסו, נהרגו במהלך הפעילות בעוטף.
במוצב סופה הגיע כוח השייטת במיעוט מספרי אל מול עשרות מחבלים חמושים היטב שהספיקו להתארגן ולהתבצר עם עשרות בני ערובה, חלקם פצועים. כוח השייטת התמקם וקיבל סיוע אש מכוחות שריון וכוחות אוויר והחל בלחימה עזה, שנמשכה מספר שעות ובסופה לוחמי השייטת חיסלו או לכדו את כל הכוח של חמאס, שמנה 40 מחבלים וחילצו את בני הערובה בהצלחה.
"כוח של השייטת הגיע למוצב סופה על מנת לשחרר את המוצב משליטת חמאס ולחסל את המחבלים", אומר רב סרן ה', מפקד יחידת הלוחמים שלחם בקרבות במוצב סופה. "הרגנו עשרות מחבלים ולקחנו שבויים, מתוכם מפקד בכיר בזרוע הימית של החמאס. שייטת 13 תגן עליכם ותמשיך להגן עליכם, בכל זמן ובכל עת".
במקביל לפעילות היבשתית בעוטף עזה, כוחות לוחמי השייטת הצטרפו לכוחות הלוחמים בגזרה הימית הדרומית יחד עם כלי שיט של היחידה והחלו בתקיפות מהים אל עבר מטרות טרור ברצועת עזה. במהלך תקיפות אלו הלוחמים חיסלו עשרות מחבלים ופגעו במטרות רבות בהצלחה.
גם בשעות אלו כוחות שייטת 13 ממשיכים בעבודת טיהור העוטף ממחבלים ובביצוע תקיפות מן הים בנוסף לפעילות חשאית של היחידה.