לאחר שעורר שורה של סערות בעקבות התבטאויות על המלחמה והתכתשות שלו עם אזרח שפורסמה ברשתות החברתיות, כעת נשמעת ביקורת קשה על מנכ"ל משרד ראש הממשלה יוסי שלי, מצד עובדים במשרד. לטענתם, הוא לא ממלא את תפקידו - לא מכנס ישיבות, לא נותן משימות או מנחה עובדים - ובאופן כללי נראה מבולבל ואובד עצות.
עוד נטען כי עובדי המשרד עובדים מהבית, וגם כשהם מגיעים ביוזמתם לא מכניסים אותם לישיבות ולא מערבים אותם בנעשה. גם יוזמות שהעובדים מציעים בעצמם לא מקבלות אור ירוק. לדברי אותם עובדים, שלי כינס מאז פרוץ המלחמה את פורום מנכ"לי משרדי הממשלה רק פעם אחת - אך לא חילק משימות ולא הוריד הנחיות.
מנכ"לים שנכחו בדיון טוענים כי לא היתה שום שורה תחתונה לדיון וכי לא התבצע בעקבותיו דבר. עוד נטען כי ישנם גורמים מקצועיים חיוניים שנעדרים מישיבות מקצועיות וכי פורומים מקצועיים חיוניים רבים לא מוקמים, לא מחליטים מי יהיה האחראי להם ובכך ממסמסים טיפול בסוגיות כואבות. אחרים טוענים כי יש כאלה שעסוקים בלבדוק מי מתדרך ומי מדליף ומאיימים על עובדים במקום להתעסק בעיקר וטיפול בצרכים האזרחיים שעולים מהמלחמה הנוראה". עובדים טוענים בנוסף ששלי לא מבין את המשימה שלו, וכשמנסים לעזור הוא מזלזל בעובדים, לא מחזיר תשובה או מבטל בבוז יוזמות.
ממשרד רה"מ נמסר בתגובה: "בניגוד למה שפורסם, פורום המנכ"לים מתכנס מידי יום מפרוץ המלחמה בשבת בראשות מנכ"ל משרד רה"מ בהשתתפות מנכ"לי משרדי הממשלה וראש רח"ל. בפורום הוחלט על פתיחת חמ"לים משרדיים שפועלים בשוטף ומועלות בו סוגיות הדורשות מענה ומטופלות באופן מיטבי לאור מורכבות המצב. המנכ"ל הגדיר סוגיות הדורשות מענה לאומי, הן הותאמו לגורמי המקצוע הרלוונטים והמנוסים במשרדים, והם פועלים על פי תכנית עבודה סדורה. המידע אף הופץ למשרדי הממשלה האחרים לטובת סנכרון פעולות מיידי.
בנוסף מתקיימות ישיבות מקצועיות בתחומים ספציפיים, כגון: דיון בנושא בריאות, תחבורה, הבאת אזרחים שנתקעו בחו"ל ארצה, דיון בנושא אנרגיה, טיפול בזיהוי הנרצחים במחנה הצבאי, מלאי בתחומי האנרגיה, החקלאות והכלכלה, טיפול עם רח"ל בריענון תושבים מקו העימות בעוטף.
קיים שיתוף פעולה מלא וברור בין כלל הגורמים המקצועיים במשרד, וכולם נרתמים למאמץ הגדול הנדרש מאיתנו. העובדים הנדרשים מגיעים לעבודה בקריה, במתכונת חירומית, באופן צמוד עם כל הגורמים הרלוונטים. כמו כן, הגורמים במשרד משולבים באופן קבוע בדיונים מקצועיים וביטחוניים שבהובלת המל"ל ומשרדים אחרים.
ראשי הרשויות שוחחו עם מנכ"ל המשרד, ולכל ראש רשות יש איש קשר ממשרד רה"מ שעוקב אחר הצרכים מול משרדי הממשלה בסנכרון מלא ומנכ"ל המשרד שם את הטיפול ברשויות בתיעדוף גבוה על סדר יומו.
במקביל מדי יום מתקיימת ישיבת סטטוס עם הסמנכ"לים במשרד המרכזים, בין היתר, את נושא הקשר מול הרשויות וגורמי הממשל. בזמן של מלחמה ומתקפת טרור חסרת תקדים על ישראל מצופה שבמקום להמשיך לנגח, תדווח התקשורת על הפעילות הרבה בכל הגזרות".