ראש הממשלה בנימין נתניהו מתח אחר הצהריים (יום ו') ביקורת חריפה על החלטת בית הדין בהאג להסכים לדון בטענה שישראל מבצעת רצח עם בפלסטינים, ואמר כי ההחלטה הזו היא "אות קלון שלא יימחה לדורות". לצד זה הביע נתניהו סיפוק מהחלטת השופטים לדחות את הדרישה להוציא צו ביניים שיורה על הפסקת המלחמה.
בתגובה ראשונה על החלטת בית הדין מסר נתניהו: "ישראל נלחמת מלחמה שאין צודקת ממנה. אנחנו נלחמים נגד מפלצות החמאס שרצחו, אנסו, ערפו וחטפו את אזרחינו. נמשיך לעשות הכול כדי להגן על עצמנו ועל אזרחינו, תוך שמירה על הדין הבינלאומי. כמו לכל מדינה, לישראל יש את הזכות הבסיסית להגנה עצמית. בית הדין בהאג דחה בצדק את הדרישה המקוממת לשלול מאיתנו זכות זו. אבל עצם הטענה שישראל מבצעת רצח עם בפלסטינים היא לא סתם שקרית – היא מקוממת, והנכונות של בית הדין בכלל לדון בזה – זה אות קלון שלא יימחה לדורות. אנחנו נלחמים מלחמה צודקת, ואנחנו נמשיך בה עד לניצחון המוחלט – עד שננצח את החמאס, נחזיר את כל חטופינו ונבטיח שעזה לא תהווה יותר איום על ישראל".
זמן קצר אחרי נתניהו פרסם גם משרד החוץ בירושלים תגובה ראשונה, ובה מסר: "האשמתה של ישראל בבית הדין הבינ"ל בהאג ב'השמדת עם' היא שקרית ומקוממת, ומהווה ניצול מביש של אמנת הג'נוסייד; התביעה הדרום אפריקנית אינה רק חסרת בסיס עובדתי ומשפטי, אלא גם מעוררת שאט נפש מוסרי. כפי שבית הדין ציין, ב-7 באוקטובר חמאס וארגוני טרור אחרים ביצעו זוועות בלתי ניתנות לתיאור נגד ישראל ואזרחיה. כמו לכל מדינה, לישראל יש זכות אינהרנטית ובלתי ניתנת לערעור להגן על עצמה נגד מתקפות הטרור שהיא עדיין עומדת בפניהן. הניסיון המתועב של דרום אפריקה לערער על זכותה הבסיסית הזו של ישראל נדחה בצדק על הסף".
בהודעת המשרד נכתב עוד: "בית הדין קבע חד-משמעית שהחלטתו היום אינה מהווה כל קביעה בנוגע לטענותיה של דרום אפריקה לגופו של עניין או לגבי סמכותו של בית הדין לדון בנושא. ישראל נותרת מחויבת – כפי שהצהירה והראתה פעם אחר פעם – לפעול בהתאם לזכויותיה ולמחויבויותיה על-פי הדין הבינלאומי, כולל המשפט הבינלאומי ההומניטרי. מחויבות זו היא איתנה ללא קשר להליכים כלשהם בבית הדין. ישראל מברכת על דרישתו החד-משמעית של בית הדין לשחרור מיידי ובלתי מותנה של כל החטופים המוחזקים בעזה".
בהודעתו הדגיש משרד החוץ כי המלחמה של ישראל מכוונת נגד חמאס, ולא נגד האזרחים הפלסטינים: "ישראל תמשיך לאפשר סיוע הומניטרי ולעשות ככל שביכולתה, בהתאם לדין, כדי לצמצם ככל הניתן את הנזק לאוכלוסייה האזרחית, בעוד חמאס משתמש בהם כמגנים אנושיים. האשמותיה חסרות הבסיס של דרום אפריקה וניסיונה לרוקן את המושג 'רצח עם' ממשמעותו ועוצמתו הייחודיות הוקעה באופן נרחב על ידי מדינות רבות, הידועות במחויבותן לשלטון החוק. ישראל משוכנעת כי בית הדין ידחה טענות חסרות שחר אלה בשלבים הבאים של הדיון".
במשרד החוץ הדגישו את העובדה שמחר יצוין יום השואה הבינלאומי, וקראו לכל המחויבים לקריאה "לעולם לא עוד" לדחות את הניסיונות לעוות את האמת מצד "אלה התומכים בארגון טרור הקורא להשמדת עם. שאיפתם של חמאס ושולחיו בטהרן היא למנוע מישראלים ופלסטינים את היכולת להשיג עתיד של שלום. יש לגנות את דרום אפריקה על היותה שותפה שלהם".
גם שר הביטחון יואב גלנט תקף את בית הדין בהאג, וטען כי זה "מעל בתפקידו כשנעתר לבקשתה האנטישמית של דרום אפריקה לדון בטענה לרצח עם בעזה, והוסיף חטא על פשע כאשר לא דחה את העתירה על הסף". בהודעתו מסר השר גלנט: "מדינת ישראל אינה זקוקה להטפת המוסר כדי להפריד בין הטרור לאוכלוסייה האזרחית בעזה. מי שמחפש את הצדק, לא ימצא אותו על כיסאות העור בהאג, אלא במנהרות חמאס בעזה, שם מוחזקים 136 חטופינו ומסתתרים אלו שרצחו את ילדינו. מי שמחפש את הצדק, לא ימצא אותו בהוראות הפעולה שנמצאו בכיסיהם של מחבלי הנוחבה, אשר הונחו 'לשתות את דם היהודים', אלא במסמך 'רוח צה"ל', הנמצא בכיסיהם של לוחמנו הפועלים לשמירה על כבוד האדם. מדינת ישראל לא תשכח את ה-7.10 – צה"ל וגופי הביטחון ימשיכו לפעול ויפרקו את שלטון החמאס, יחסלו את יכולותיו הצבאיות, ויביאו לחזרתם של החטופים לביתם. אני בוטח במפקדי צה"ל ובכל החיילים ואנשי כוחות הביטחון".