בצה"ל התייחסו למהומות בבית ליד ואמרו כי "זה לא פחות מפגיעה בביטחון המדינה. הפסקנו דיונים מבצעיים של מוכנות בזירה הצפונית. לא נאפשר הפרת חוק וסדר כפי שאירעה היום. צה"ל עומד מאחורי כל לוחמיו ולצד זה יש פקודות, נהלים וחוקים. מהרגע שמחבל נשבה או נעצר יש פקודות ונהלים". כמו כן, נמסר כי "הבאנו כוחות מיהודה ושומרון לתגבור בית ליד במקום שיעשו את משימתם המבצעית. ממחר גדודי צה"ל יגנו על הבסיס הזה".