למרות שאין ויכוח שמדובר באסון הלאומי הגדול בתולדות מדינת ישראל, ועדת השרים לסמלים וטקסים שבראשה עומד ראש הממשלה בנימין נתניהו טרם התכנסה. הממשלה לא החליטה על אבל לאומי של יום, כמה ימים או אפילו שבוע שלם, ודגלי הלאום טרם הורדו לחצי התורן. דווקא השגרירויות הזרות בישראל הורידו את הדגלים לחצי התורן. משרד ראש הממשלה סירב לבקשת ynet לקבלת תגובה בנושא הזה.
בתוך כך, מנכ"לים של משרדי ממשלה ופקידים בכירים בממשלה מעלים טענות קשות נגד מנכ"ל משרד רה"מ יוסי שלי סביב תפקודו במלחמה. לישיבת פורום מנכ"לים שהתקיימה בשבת, ושאותה ניהל שלי בזמן שישב ברכבו, עלו לשיחת הזום רק שמונה מנכ"לים מתוך 30 משרדי ממשלה, וכל השאר שלחו יועצים. מנכ"לים סיפרו שלא רצו להגיע לשיחה כדי "לא לבזבז זמן בישיבות של יוסי שלי".
בין השאר, המנכ"לים של משרדי הביטחון, החוץ, האוצר, הבריאות והשיכון לא השתתפו. אם בזה לא די, המנכ"לים מקימים במהירות מנהלות נפרדות וחמ"לים כמו משרד הבריאות, משרד הרווחה ומשרד החוץ. פקידים בכירים אומרים שהזירה האזרחית מופקרת וכי איש הישר בעיניו יעשה. לדבריהם, אין לתושבי הדרום כתובת מסודרת. מאז פרוץ המלחמה רוב עובדי הממשלה נמצאים בבתים ורק חלק קטן מהם מגיעים למשרד, כך שלא ניתן שירות לציבור.
אחד המנכ"לים הציע להקים מרכז, מעין "וואן סטופ שופ" למצב חירום, שיעניק סיוע למפונים בבתי המלון ובבתי החולים ויפתור להם את כל הבעיות, אולם שלי התנגד והכשיל את זה. פקידים בכירים טוענים ששלי צורח עליהם, מונע מאנשים לדבר ומתנהג באלימות מילולית ולכן אנשים לא מוכנים להגיע לדיונים שלו. מנכ"לים סיפרו שיש דם רע בינו לבין כמה מנכ"לים, שפשוט לא סופרים אותו.
דוגמא למתיחות הזאת הייתה בהחלטה של רה"מ נתניהו למנות את משה אדרי, ראש הועדה לאנרגיה אטומית, לראש המנהלת לשיקום עוטף עזה. שר הפנים משה ארבל תהה כיצד הנחיה זו הונחתה מבלי לעדכן את השרים ומבלי להגדיר את שאלת הכפילויות. ארבל גם ביקש שהמנהלת תוכפף למשרד הפנים בגלל האחריות לרשויות.
גם שר האוצר בצלאל סמוטריץ' ביקש להמתין עם החלטת הממשלה על מינויו של אדרי עד לאחר הבחינה, בכדי שהקמת המנהלת תתבצע באופן הטוב ביותר. גם סמוטריץ' רצה שהמנהלת תוכפף לאוצר ולא למשרד רה"מ. בסופו של דבר ההחלטה על הקמת המנהלת נדחתה, ובינתיים הוקם הקבינט הכלכלי בראשות סמוטריץ' שמרכז את שיקום העוטף.
מקורבים למנכ"ל משרד רה"מ יוסי שלי דוחים את הביקורת: "מיד לאחר פרוץ המלחמה כינס שלי את פורום המנכ"לים והינחה את המנכ"לים לפתוח חמ"לים. בדיונים שמקיים המנכ"ל הוא מתעסק רק בנושא אחד: הסרת חסמים. שלי אפשר למנכ"לים שעסוקים לשלוח לשיחות הזום גם יועצים. בשבת – אחרי סיור רה"מ בבארי – קיים המנכ"ל שיחת זום מעיריית אשקלון בין אזעקות".
לדבריהם, שלי החליט לעצור את שיחת הזום בשל בעיות טכניות ששיבשו את הסאונד וצעקות בין הדוברים. "מאז תחילת המלחמה ההתנהלות השתפרה. שלי גם הנחה את המנכ"לים לרדת לשטח ולראות בעיניים את המפונים בבתי המלון ולתת להם מענה. שלי עצמו ירד לבתי המלון בים המלח ופגש את מזכירי היישובים שפונו. המצב לא מושלם, אבל כל משרדי הממשלה, בנוסף לאזרחים שמתנדבים, עובדים סביב השעון".
הם הוסיפו: "אנחנו יודעים שיש בעיות וחוסר וודאות אבל מטפלים בזה. חבל שיש אנשים שמתעסקים ברכילות בזמן מלחמה. יוסי שלי הוא איש עבודה שנותן את הנשמה ועובד מהבוקר עד הלילה. אולי הוא לא האיש הכי נחמד וצוחק לפעמים, אבל הוא עושה את המקסימום ומוצא פתרונות לבעיות".