נשיא בית המשפט העליון לשעבר, השופט בדימוס אשר גרוניס, יעמוד בראש ועדת החקירה הממלכתית לרכש הצוללות. יחד איתו יהיו חברים בוועדה נגידת בנק ישראל לשעבר קרנית פלוג, מפקד חיל הים לשעבר אברהם בן שושן, שופט בית המשפט העליון בדימוס צבי זילברטל ותא"ל במיל' פרופ' קובי בורטמן.
נשיאת בית המשפט העליון, השופטת אסתר חיות, הייתה זו שהחליטה על הרכב הוועדה. שר הביטחון בני גנץ, שדחף להקמת הוועדה, הגיב על מינויו של נשיא העליון לשעבר גרוניס: "אני מאחל לו הצלחה גדולה. אני סמוך ובטוח שהוא יוביל לחקר האמת ולחיזוק מערכת הביטחון".
הוועדה תחקור את "קבלת ההחלטות בקשר לקניית צוללות וכלי שיט". במרכז פרשת כלי השיט שתי עסקאות בין ישראל לתאגיד הגרמני טיסנקרופ לרכישת שלוש צוללות בשווי של 1.5 מיליארד אירו, וספינות טילים להגנה על אסדות הגז בשווי 430 מיליון אירו.
העותרים לבג"ץ, שביקשו את הקמת ועדת החקירה, טענו כי ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו יזם את רכישת הצוללות וכלי השיט בניגוד לעמדת משרד הביטחון. במרכז הפרשה עומדת מערכת היחסים בין נתניהו לבן דודו, נתן מיליקובסקי, והרווח שגרף ממניות של חברת סידריפט, הקשורה לספקית של חברת טיסנקרופ הגרמנית.
החשד היה כי נתניהו קנה מניות בהנחה ומכר אותן ברווחים גבוהים תוך שזכה להטבה כלכלית אסורה. היועץ המשפטי לממשלה לשעבר, הד"ר אביחי מנדלבליט, החליט שלא לחקור חשד זה.
העותרים טענו כי נתניהו נותר מחוץ לתמונת החשדות, למרות שעל פי הראיות עסק רבות בהליך רכש הצוללות וכלי השיט. בדצמבר 2019 החליט מנדלבליט כי רכש הצוללות וכלי השיט נעשה תוך הטיית מכרזים והעברת תשלומי שוחד ובהתאם הודיע על הגשת כתבי אישום בכפוף לשימוע לדמויות בולטות בכוורת של נתניהו.
התנועה לאיכות השלטון צירפה לעתירה 54 תצהירים של בכירי מערכת הביטחון לשעבר המבקרים את התהליכים שנגעו לרכישת צוללות וכלי השיט ולמתן האישור לגרמניה למכור צוללות למצרים. בעקבות פסיקת בג"ץ, שדחה את העתירות - אך הצביע על ליקויים לכאורה - גנץ החל להניע מהלך של הקמת ועדת חקירה ממלכתית לפרשה.
הממשלה כזכור אישרה את הקמת הוועדה בחודש שעבר ברוב מוחץ. 26 שרים הצביעו בעד - בהם גם אלקין וכהנא - ראש הממשלה נפתלי בנט נמנע ושותפתו לימינה, שרת הפנים איילת שקד התנגדה.
בנט אמר אז כי הוא קשוב לדבריה של שקד שהתנגדה לוועדה שחוקרת את הממשלה הקודמת, ומנגד מקבל את עמדותיהם של שותפיו על החשיבות "לבער את הנגע", כלשונו, ולכן נמנע.
"תפיסתי הבסיסית היא שממשלה צריכה למשול, ואם היא לא מושלת לשביעות רצון הציבור - הציבור יחליף אותה בבחירות", אמר בנט. "בימינה יש שלושה שרים - כהנא הצביע בעד, שקד נגד ואני בוחר להימנע".
אלו הליקויים לכאורה שצפויה הוועדה לחקור
ביולי 2021 דחה כאמור בג"ץ את העתירות שבהן התבקש להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית או ועדת בדיקה ממשלתית ב"פרשת כלי השיט". עם זאת הדגישו השופטים שנחשפה לכאורה התנהלות "בלתי תקינה" ועולות שורה של תמיהות הנוגעות לקבלת ההחלטות בפרשה.
בית המשפט הצביע על כך שהמשטרה והיועץ המשפטי הביעו דעתם כי נחשפה התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה "שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של רשות ציבורית" וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה. התמונה הלכאורית המצטיירת, לפי בית המשפט, היא שצה"ל ומשרד הביטחון נדחקו הצידה, ואת מקומם תפס המל"ל, שלא נערכה עבודת מטה מסודרת; ושהתקבלו החלטות שמנוגדות לעמדתם של צה"ל ומשרד הביטחון, שהתנגדו לרכישת צוללות נוספות.
בית המשפט הדגיש כי אף שוועדת חקירה יכולה להתאים לבירור ולבחינה של הדברים ולטיהור הספקות, וכי במישור הציבורי בחינת תהליכי קבלת ההחלטות במקרה דנן היא צעד המתיישב עם ביטחון המדינה - בית המשפט אינו יכול לספק פתרון לכל מכאוב ולכל קושיה והדברים ראויים לליבון במישור הציבורי. נושא הקמת ועדת החקירה הממלכתית, כך נקבע - עניין הוא לממשלה לענות בו; לא לבית המשפט.
בכל הנוגע להחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא להורות על פתיחה בחקירה פלילית כנגד נתניהו, בין היתר ב"פרשת המניות", נקבע כי לא מדובר באחד מאותם מקרים חריגים ונדירים המצדיקים להתערב בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא לפתוח בחקירה פלילית. בית המשפט עמד על כך שעסקת מכירת המניות דווחה על ידי ראש הממשלה לשעבר בזמן אמת למשרד מבקר המדינה ולוועדת ההיתרים.
בפסיקתו כתב שופט העליון יצחק עמית: "להתנהלות הבלתי תקינה שנגלתה לעיני המשטרה והפרקליטות, מצטרפות שורה של תמיהות שלא מצאתי להן תשובה בחומר שלפני, ואעמוד אך על חלק מהן: מי הגורם שניסח את טיוטת מזכר ההבנות עם גרמניה ואשר הועבר על ידי המל"ל? ומדוע נשלח המסמך לאלוף עמוס גלעד? מי הוא זה ואיזה הוא שהכניס לטיוטת מזכר ההבנות דרישה לספינות נצ"ל, על העלות הכבדה הכרוכה בכך, ומדוע? ואם היה צורך בספינות נצ"ל, הכיצד הוסרה דרישה זו חיש מהר ממסמך ההבנות לנוכח התנגדות צה"ל ומערכת הביטחון? מדוע הופעלו לכאורה וכנטען לחצים כה כבדים לביטול המכרז הבינלאומי לספינות המגן על כל הכרוך בכך, עוד לפני שטיסנקרופ התחייבה להוזיל משמעותית את מחירן ועוד לפני שטיסנקרופ הבהירה מה הדגם המוצע והמפרט הטכני של הספינות?"
"מדוע הסתיר ראש הממשלה, על פי הנטען, משר הביטחון, הרמטכ"ל, מפקד חיל הים, אגף המודיעין וראש המוסד את העובדה שגרמניה קיבלה את הסכמתו למכור צוללות למצרים? את מי עדכן ראש הממשלה, אם בכלל, בנוגע להסכמה שנתן למכירת הצוללות למצרים, ומי היה שותף להחלטה זו? אדגיש כי האמור לעיל הוא תמונה לכאורית שעולה מתוך החומר שבפני בית המשפט. ייתכן שלכל התמיהות דלעיל יש תשובות טובות ואפילו מצוינות, אך לא למותר לציין כי ראש הממשלה נמנע בתגובתו מלהשיב על תמיהות שהועלו בעתירות ובתצהירים, ובחר להפנות לדברים ולהסברים שניתנו על ידי האלוף עמידרור לחלק מהנושאים".
"בזהירות המתבקשת, ניתן לומר כי התמונה הלכאורית העולה מהחומר שלפנינו תומכת במסקנה זו וכי נותרו סימני שאלה המרחפים ממעל, שיש בהם כדי להטיל צל על תקינות תהליכי קבלת ההחלטות בתחום רכש כלי השיט. בנסיבות אלו, דומה כי עריכת בחינה ביקורתית עצמאית באשר להליכי קבלת ההחלטות בנושא המדובר, היא צעד רצוי המתיישב עם אינטרס השמירה על ביטחון המדינה", כתב השופט עמית.