הכוח שנפגע ברפיח עסק בסריקות של מבנים חשודים בשאבורה, ומפרטים ראשונים של התקרית עולה כי הלוחמים יצאו להתקפה משולבת על מרחב בנוי וצפוף שבו לפי החשד שהו מחבלים חמושים. בשלב מסוים, הכוח התקרב לבניין בן שלוש קומות והשליך מטעני נפח לתוכו, כדי ליזום, אם וכאשר, הפעלת זירות מטעני חבלה שחמאס השאיר. מסיבה שעדיין לא ידועה, השלכת המטענים גרמה ככל הנראה להפעלה של זירת מטענים גדולה באופן מסוכן וקטלני, שהוביל להקרסת הבניין על הלוחמים.