בתום שעות של חילופי אש עם חמושים ביריחו, כוחות צה"ל עזבו הבוקר (שבת) את העיר עם 15 עצורים, פעילי טרור וחמושים שהיו מעורבים בירי הבוקר, אך ללא היעד המרכזי - חוליית המחבלים שביצעה את פיגוע הירי במסעדה בצומת אלמוג בשבוע שעבר. המבצע בעיר שבבקעת הירדן נחשב חריג ויוצא דופן, מאחר שהיא נחשבת השקטה ביותר בגדה - עם מעט מאוד מבצעים דומים. תמונות ההרס שנותר בתום המבצע, שמזכירים תמונות מג'נין, לא נראו בה שנים ארוכות.
במהלך המבצע, שבו לקחו חלק כוחות מיחידות דובדבן, מגלן וגדוד לביא הבקעה, התפתחו חילופי אש בין הכוחות לבין מחבלים - שחלקם התבצרו במסגד. העצורים שנתפסו הועברו לחקירה ולא היו נפגעים בקרב הכוחות. מדוברות שב"כ וצה"ל נמסר כי "במאמץ מודיעיני של שב"כ מאז אירע הפיגוע, נאסף מידע לפיו חברי התשתית מסתתרים במבנה במחנה הפליטים עקבת ג'בר שסמוך ליריחו תוך שהם נעזרים בבני משפחתם ותושבי המקום ועוסקים בתכנון פיגועים נוספים. בפעילות כוחות הביטחון נעצרו מספר פעילים וסייענים של התשתית שהועברו לחקירת שב"כ. חקירת הפיגוע נמשכת".
הכוחות גם כיתרו כמה מבנים בעיר, שמהם הגיעו תמונות הרס וקירות מחוררים, כחלק מנוהל "סיר לחץ" שהפעילו הכוחות על המבנים כדי לגרום למתבצרים בו להסגיר את עצמם. במסגרת הנוהל נורו טילי נ"ט אל הבית ולקח חלק גם דחפור, שנועד להחריב את הבית במקרה שהמתבצרים מסרבים להסגיר עצמם. לפי צה"ל, באחד המבנים החשודים הסגירו את עצמם לידי הכוחות.
הפלסטינים דיווחו כי מהמסגדים בעיר נשמעו קריאות לצאת לעימותים עם כוחות צה"ל, והזרוע הצבאית של פתח - גדודי חללי אל-אקצא, אמרו כי הם לוקחים חלק בעימותים עם הצבא. לפי הדיווחים, בפעילות נפצעו 13 פלסטינים.
לקראת כניסתם לעיר, כוחות הביטחון שלחו לתושבי מחנה הפליטים עקבת ג'בר שבדרום יריחו הודעה שבה נכתב: "תושבי מחנה עקבת ג'בר, אנחנו עובדים באופן סלקטיבי נגד הטרור. הימנעו מעימותים מיותרים עם כוחות הביטחון ושמרו על ילדיכם בבית. היענו לנו כדי שנחזיר את השקט למחנה".
יריחו, ששוכנת בשטחי הרשות הפלסטינית (שטח A), אסורה לכניסת ישראלים כמו יתר הערים בגדה. אלא שבעיר, שנחשבת השקטה ביותר ביהודה ושומרון, ניתן לתאם ביקורים של ישראלים מראש אחת לשבוע - בהתאם לאישור צה"ל. היא נחשבת גם לאחת משתי הערים התיירותיות החשובות בשטחי הרשות הפלסטינית, ומכילה שורת אתרי תיירות.