אחרי הביקורת הציבורית הנוקבת, ורק כשבוע וחצי אחרי הסרטונים שהדהימו את המדינה, המשטרה ומצ"ח החליטו לפתוח בחקירת הפריצה לבסיס שדה תימן ולבסיס בבית ליד.
החקירה נפתחה במחוז מרכז ובמחוז דרום, שם תנוהל ביחידת ההונאה של המחוז הדרומי. מצ"ח תהיה שותפה בחקירה גם כן, ותהיה אחראית על החלק מהחיילים שהשתתפו במעשים.
ההחלטה התקבלה ביום חמישי האחרון אחרי הערכת מצב באגף החקירות. עד כה, יצוין, לא נעצר אף אדם בחשד לפריצה לבסיסים - חרף התיעודים הרבים שהתפרסמו מהאירועים.
הפריצות לבסיסים, נזכיר, אירעו ב-29 ביולי אחרי שלוחמי מילואים נעצרו באותו יום על-ידי בלשי מצ"ח רעולי פנים, בחשד להתעללות מינית במחבל של חמאס שהוחזק בשדה תימן. תיעוד של המהומה שפרצה במהלך עיכוב הלוחמים (שבהמשך הפך למעצר) חולל סערה-רבתי - בעידוד של ח"כים מהימין.
המפגינים צבאו על המחנה הצבאי בנגב ופרצו לתוכו, בהם גם ח"כ צבי סוכות מהציונות הדתית. לוועדת האתיקה הוגשה נגדו תלונה בעקבות הכניסה לבסיס ללא אישור, כמו גם נגד ח"כ ניסים ואטורי מהליכוד. בהפגנה ליד הבסיס השתתפו גם חמושים רעולי פנים - שעמדו לצד ח"כ טלי גוטליב שהגיעה אף היא למקום - וקראו קריאות גנאי נגד הפרקליטות הצבאית ומצ"ח. בהפגנה הותקפו עיתונאים ובהם כתבת ynet אילנה קוריאל, שהעידה: "דחפו אותי וירקו עליי, קראו לי שרמוטה. זונה של ערבים. בוגדת. העיפו לי את הטלפון פעמיים, אני בדמעות".
שעות לאחר מכן צבאו מפגינים גם על בתי הדין הצבאיים בבית ליד, לשם הועברו החשודים, והצליחו לפרוץ גם לבסיס הזה. חיילים נאלצו להדוף את המפגינים לבדם, פיזית, ורק לאחר מכן הגיעו כוחות המשטרה. בהמשך עברו המתפרעים לניסיונות פריצה לבית הכלא הצבאי, שם חיילים הרחיקו אותם באמצעות גז ומים. שוטר נפגע באורח קל.
המראות עוררו כאמור תדהמה בקרב המוני ישראלים, והרמטכ"ל הרצי הלוי קטע דיונים ביטחוניים על רקע טבח הילדים והנערים במג'דל שמס - והגיע לבית ליד. גם הוא ספג נאצות ממפגינים, כגון "תתפטר", "יא אפס" ו"מפקיר לוחמים". הוא מצידו אמר כי "מה שקרה פה היה על גבול האנרכיה". את הזעם שלו הביע גם בישיבת הקבינט המדיני-ביטחוני האחרונה ביום חמישי, שבה דרש שגם הדרג המדיני יגנה בצורה נחרצת את הפריצות לבסיסים.
נגד המשטרה נשמעו טענות קשות לאוזלת יד, ובצה"ל זעמו על כך שבמשך שעות לא הוקפצו כוחות יס"מ או מג"ב לבסיס בית ליד - למרות האירועים הקשים שהתרחשו בשדה תימן לפני כן. בצבא ציינו כי נאלצו בשל כך להקפיץ גדודים מאיו"ש לתגבור הבסיס, וטענו ל"יד רכה" כלפי המפגינים שם וגם בשדה תימן. בנוסף, גורמים במצ"ח האשימו שהמשטרה "אפשרה ביודעין" להתיר את דמם של גורמי החקירה בפרשה, ושל הפרקליטה הצבאית הראשית האלופה יפעת תומר-ירושלמי.
במשטרה הדפו אז את הטענות, ומסרו בין היתר: "לא התקבלו במשטרה תלונות על איומים מצד גורמי צבא, כאשר האירוע טופל במקצועיות ובנחישות והושגה שליטה במהירות".
בינתיים, חקירת החיילים החשודים נמשכת. ארבעה מהתשעה שנעצרו במקור שוחררו מאז, ומעצרם של החמישה האחרים הוארך מעת לעת. ערעורם האחרון נדחה ביום חמישי האחרון. הם חשודים במעשה סדום בנסיבות אינוס. על רקע הסערה שפרצה וההפגנות שנמשכות מאז בעד החיילים, תיעוד מהתקרית הודלף לאחרונה - סרטון ששופט בבית הדין הצבאי התייחס אליו ככל הנראה כאשר אמר שצפה בתיעוד מהאירוע וכי הוא מחזק את החשד נגד הלוחמים. "קיימת אפשרות ראייתית להבחין באופן סביר באקטים פיזיים שביצע כל אחד מהחשודים, באופן שמלמד על השתתפותו האקטיבית בפגיעות בעצור", קבע.