נמשכת סערת בדיקת מבקר המדינה את המחדלים שהובילו למלחמה: התנועה לאיכות השלטון פנתה למבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, בקריאה נגד החלטתו לפתוח בחקירת הדרג הצבאי בשעה שהמלחמה בעזה נמשכת. לדברי התנועה, "פתיחה בחקירת הצבא בעודו נלחם פוגעת במאמץ המלחמתי ומחבלת בעבודת ועדת חקירה ממלכתית".
כפי שנחשף לראשונה ב-ynet, מבקר המדינה העביר דרישה מפורטת לאיסוף מסמכים מסווגים מהרמטכ"ל, מפקד חיל האוויר, מפקד חיל הים, ראש אגף המבצעים, מפקד פיקוד דרום ומפקד אוגדת עזה מהלילה של 6 באוקטובר עד סוף היום של 7 באוקטובר. בנוסף פנה לגופי הביטחון השונים - השב"כ, המוסד, מל"ל ואמ"ן בדרישה דומה.
התנועה לאיכות השלטון מציינת בפנייתה כי לפי פרסומים בתקשורת, מבקר המדינה הורה לבכירי מערכת הביטחון להעביר אליו מסמכים מסווגים על מנת להתחיל בחקירה נרחבת של מערכת הביטחון כולה, בשורת סוגיות הנוגעות למלחמה. לאור הדרישה לקבלת המסמכים המסווגים ויומני המבצעים של הדרג המבצעי שאותם דורש המבקר לקבל מאנשי מערכת הביטחון, נראה כי המטרה סומנה מראש ועתה רק נורה החץ. דבר זה חמור במיוחד כאשר הדברים נעשים בעת מלחמה, תוך כדי שמפקדי הצבא עסוקים בלהביא ניצחון למדינת ישראל על אויביה.
יו"ר התנועה, עו"ד ד"ר אליעד שרגא, אמר: "חקירה זו כנגד הדרג הצבאי-ביטחוני, תוך איסוף חומרים מהגורמים הביטחוניים והצבאיים, עלולה לשבש ראיות ולפגוע במהלכי משפט, כמו גם לפגוע בעבודה עתידית של ועדת חקירה ממלכתית שתחקור את מחדל 2023. לפיכך, על היועצת המשפטית להורות לראשי מערכת הביטחון להמתין לחוות דעתה באשר להעברת מסמכים מסווגים לידי מבקר המדינה, בטרם הקמתה של וועדת חקירה ממלכתית".
גורמים ביטחוניים ופוליטיים טענו כי נראה שהמבקר לא ממתין לוועדת החקירה הממלכתית, וגם לא לסיום המלחמה, והחליט להיכנס לתחומים אשר מעוררים סערה ציבורית ופוליטית. "זו דרך מושלמת להפיל את התיק על הדרג הצבאי, ולנקות את הפוליטיקאים", אומרים מבקריו. "זהו מחטף שנועד לגלגל את האחריות אל הדרג הצבאי, ובתוך כך לנטרל מראש את האיום הנשקף לדרג הפוליטיקאים מוועדת החקירה הממלכתית". גם יו"ר יש עתיד יאיר לפיד, תקף את אנגלמן, וכינה אותו "מבקר מטעם".