זו הייתה אחת מנקודות האור בתפקוד הצבא מול מתקפת הפתע של חמאס בתחילת המלחמה. עשרות מחבלים ניסו לחדור לחוף זיקים ולאשקלון דרך הים - אך חוסלו על ידי כוחות חיל הים. גם בהמשך, פעלו לוחמי החיל לחיסול מחבלים ויעדי טרור ברצועה.
בדקות הראשונות של המלחמה זיהו לוחמי ולוחמות פלגה 916 של חיל הים ארבע סירות שהובילו מחבלים וניסו לפשוט לחוף זיקים ולאשקלון. על כל סירה היו בין שישה לשמונה מחבלים, שירו צרורו לעבר שתי הדבורות והצרעה של חיל הים. במקביל, מהחוף שוגרו לעבר ספינות חיל הים טילי נ"ט ונחילי רחפנים חמושים, אך הלוחמים הצליחו להתחמק מהאש והפגיזו בעוצמה את סירות חמאס. רק סירה אחת הצליחה להגיע לחוף, אך מחבליה חוסלו על ידי הכוחות.
"הלוחמים היו בים תחת אש תופת וירי מרגמות, אבל עמדו במשימה וסיכלו את החדירה מהים ואת הפגיעה בשני אתרים אסטרטגיים הסמוכים לחוף העזתי – מתקן קו צינור הנפט ואסדת הגז", אמר קצין בכיר בחיל הים.
מאז פרוץ המלחמה תגבר חיל הים את הכוחות באזור בספינות טילים שמשמידות יעדים בחוף כמו מעגנות וסירות נוספות מהכוח הימי של חמאס. הכוחות הימיים פגעו גם בצוללני חמאס שהיו בעומק הים. בנוסף, לוחמי החיל שיגרו טילים ופגזים לעומק הרצועה, כסיוע לכוחות הקרקעיים.
"שיגרנו פגזים לעבר טרקטורים של חמאס שפעלו בפרצות בגדר להשבת נפגעים שלהם", הוסיף הקצין הבכיר. "כל כוחות חיל הים חדורי מטרה להמשיך לפעול עד שנכריע את חמאס".
בין הכוחות שהגיעו דרומה גם לוחמי שייטת 13, שטיפלו בתשתיות תצפית טכנולוגיות בגבול שנפגעו על ידי חמאס, ובדרך נתקלו במחבלים. בתחילת המלחמה לקחו לוחמי השייטת בשבי את סגן מפקד החטיבה הדרומית בכוח הימי של חמאס, מוחמד אבו ע'אלי. הבכיר מתוחקר על ידי מערכת הביטחון.