עם הכניסה לחודש השני של המלחמה ברצועת עזה, גורמי ביטחון חוששים שהדיון הערב (רביעי) שייערך בפיקוד מרכז ינוצל על ידי ראש הממשלה בנימין נתניהו לתקוף שוב את ראשי גופי הביטחון ובהם הרמטכ"ל רב-אלוף הרצי הלוי, ראש שב"כ רונן בר ואלוף פיקוד מרכז יהודה פוקס - במקום התכלית המקורית של הדיון - הרגעת השטח ביהודה ושומרון. בתחילה, נתניהו צפוי להיפגש עם ראשי רשויות ביהודה ושומרון במטה פיקוד המרכז, ואז להתכנס באותו המקום עם קבינט המלחמה.
בשבוע האחרון התרחב הפער בין שתי הגישות לגבי המשך המערכה ביהודה ושומרון. השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר ושר האוצר בצלאל סמוטריץ' דורשים יד חזקה מול הפלסטינים, לאחר שהעבירו באיחור כספי סילוקין לרשות הפלסטינית, ודורשים לייצר רצועות חיץ בין היישובים לבין שטחים שבהם יש פלסטינים בתקופת המסיק שהחלה לאחרונה. לעומתם, שר הביטחון יואב גלנט, יו"ר המחנה הממלכתי בני גנץ והשר בקבינט גדי איזנקוט, יחד עם גורמים בצבא ובשב"כ, מאמינים כי יש לנקוט בצעדים אקטיביים להרגעת השטח כדי להתמקד בלחימה בעזה - במיוחד לנוכח הסרטונים המתרבים שבהם רואים חיילים משפילים עצורים פלסטינים.
המחלוקת עלולה להגיע הערב לנקודת פיצוץ בין שתי הגישות ולהוביל, לפי החשש במערכת הביטחון, להתלקחות ביטחונית גם ביהודה ושומרון. "צה"ל תקף מהאוויר שבע פעמים באיו"ש בחודש האחרון, עצר כ-1,500 מבוקשים וכל לילה מבצע מבצעים נרחבים נגד גורמי הטרור בגדה - ומצד שני חייבים להרגיע את השטח מול הגורמים המתונים. התמונה באיו"ש נפיצה ועלולה להתהפך ברגע בגלל חוסר אחריות של שרים בקבינט", התריעו גורמי ביטחון.
מ-7 באוקטובר כוחות הביטחון הגבירו את הפעולות ההתקפיות ביהודה ושומרון וממשיכים להיאבק בקיני חמאס באזור בכל הדרכים, לצד החשש מהתרחיש שבמסגרתו תתפתח זירת מלחמה גם שם.
מתחילת הלחימה נעצרו כ-1,500 מבוקשים פעילי טרור, בהם כ-900 משויכים לחמאס. במהלך מבצעים במחנות הפליטים שהפכו למעוזי הטרור ביהודה ושומרון, בוצעו 66 פעילויות שבהם נעצרו 164 מבוקשים. במחנה הפליטים נור א-שמס ליד טול כרם, במבצע מעצרים ופגיעה בתשתיות טרור, נהרגו 15 פלסטינים ונעצרו 34. בעימותים נהרג רב-סמל ראשון מקסים רז'ינקוב ז"ל, לוחם מילואים ביחידת המסתערבים של משמר הגבול באזור איו"ש.
עד כה, היו חמישה מבצעים ממוקדים במחנה הפליטים ג'נין, שמטרתם מעצר וסיכול חמושים, פגיעה בתשתיות טרור והחרמת מטעני ואמצעי לחימה. במבצעים נהרגו 24 מחבלים ויותר מ-50 נפצעו.
בשבעה מבצעי סיכול בחטיבת מנשה הותקפו מחבלים חמושים על ידי כלי טיס מהאוויר. עד כה, הוחרמו כ-100 נשקים, 42 מהם במהלך מעצרים, כספי טרור בשווי של 786,428 שקלים, נאטמו שלושה בתי עסק שהסיתו למען חמאס, אותרו והוחרמו שמונה מחרטות שייצרו אמצעי לחימה והוחרמו שישה בתי דפוס שהפיצו חומרי הסתה עבור חמאס.
מתחילת המלחמה הרסו שבעה בתי מחבלים המשויכים לחמאס, בהם גם ביתו של סגן ראש הלשכה המדינית של חמאס, סאלח אל-עארורי.
מלשכת ראש הממשלה נמסר: "אין לאמירה הזאת שום שחר - ההפך הוא הנכון. ראש הממשלה נתניהו מכנס את קבינט המלחמה בפיקוד המרכז, בין היתר, כדי לחזק את כוחות הביטחון ומפקדי צה״ל, ולתת להם גיבוי מלא".