מאות לוחמי צה"ל השתתפו הלילה (בין רביעי לחמישי) במבצע מעצרים גדול ברחבי יהודה ושומרון, כשבמוקד נבחרה גזרת ג'נין, שממנה יצא המחבל שביצע את הפיגוע שלשום בבני ברק. בסך הכול עצרו לוחמי צה"ל 31 חשודים פלסטינים, בהם כמה פעילים המזוהים עם דאעש בחברון. בניגוד למבצעים קודמים, ובצעד יוצא דופן להעברת המסר לצד השני, בחרו בצה"ל לקיים את מבצע המעצרים באופן גלוי ורועש לאור יום במעוז הטרור של העיר ג'נין ובמחנה הפליטים הצמוד לה.
במקביל להחלטה בצה"ל לכנות את ההיערכות הביטחונית לגל הטרור בשם "שובר גלים", מאות הלוחמים מדובדבן, סיירת גולני ויחידת המסתערבים איו"ש פשטו עם אור ראשון על שורת יעדים בעיר ובמחנה הפליטים. כמה שעות קודם לכן נפרסו בנקודות שולטות ונסתרות, גם בתוך מחנה הפליטים, עשרות צלפים מסוערבים מהיחידות המובחרות.
לאחר שהצלפים התמקמו, ניתן האור הירוק לפשיטה יוצאת הדופן, שהחלה בין השעות 08:00-07:00. הלוחמים עצרו בג'נין שני מבוקשים החשודים במעורבות באספקת הנשק והרכב למחבל שביצע הפיגוע בבני ברק, ותוך דקות, הכוחות פשטו לאור יום ובאופן רגלי וגלוי גם על סמטאות מחנה הפליטים בעיר, שנחשב לעוין ולמסוכן בגדה.
חמושים פתחו באש לעבר הלוחמים, ואלו חיסלו שניים מהם. בתחילה נמסר כי שלושה מחבלים חוסלו, אבל לאחר מכן התברר כי השלישי הוא המחבל שדקר במברג באוטובוס. לפי התחקיר הראשוני, חלק מהקרבות היה מטווח של מטר אחד עד כמה מטרים בודדים, ובחלוף שעה קלה יצאו הלוחמים עם היעד: פעיל טרור שחשוד בתכנון פיגועים ולא קשור לפיגוע בבני ברק.
לפי הערכות, הפעולה החריגה נועדה גם להעביר מסר של הפעלת כוח ללא מורא גם במחנה הפליטים ג'נין. הלוחם מצוות הצלפים של דובדבן שנפצע קל בפעולה הועבר ע"י חבריו לטיפול על ספה במבנה שבו התמקם הכוח, ובתוכה גילו הלוחמים M-16 של מחבל שחיסלו קודם לכן. בנוסף, תפסו הכוחות במהלך המבצע אקדחים, שכפ"צים, רובי M-16 ותחמושת רבה.
במהלך המעצרים בג'נין נמצאו גם חלקי נשק ובהם רכיבי אייר-סופט, בדומה ל-M-16 של המחבל מבני ברק, שעבר הסבה מאייר-סופט. בכפר יעבד שממנו יצא המחבל ומכפר סמוך נוסף עצרו הלוחמים שלושה מבוקשים נוספים החשודים בסיוע למחבל מבני ברק. בנוסף, לוחמי יחידת אגוז פעלו בכמה גזרות במקביל במרחב יהודה ושומרון ועצרו כמה מבוקשים, בהם פעיל דאעש בחברון. בנוסף נעצרו שלושה חשודים בהסתה.
על רקע גל הפיגועים, הרמטכ"ל, רא"ל אביב כוכבי, קיים היום הערכת מצב ושיח עם מפקדי החטיבות באוגדת יהודה ושומרון. בהערכת המצב השתתפו מפקד פיקוד המרכז, אלוף יהודה פוקס, מפקד אוגדת יהודה ושומרון, תא"ל אבי בלוט, ראש המנהל האזרחי, תא"ל פארס עטילה, נציגי שב״כ, מג״ב ומשטרה ומפקדים נוספים.
בתום ביקורו באוגדה אמר הרמטכ"ל: "יש לכם, מפקדי החטיבות ביהודה ושומרון ולפיקוד המרכז, תפקיד משמעותי ומרכזי, והוא היכולת למנוע את הפיגועים הללו. יש לכם את היכולת לדכא את ההשראה לרצף הפיגועים ולשלול את ההזדמנויות לפיגועים נוספים. עלינו לעצור את הגל הזה ואני סומך עליכם ועל יכולותיכם. הפעילות הבוקר בג'נין היא חלק מהפעולות ההתקפיות שעלינו להמשיך ולעשות על מנת לסכל את הטרור. נמשיך לתכנן ולבצע פעילויות ומעצרים ככל שיידרש על מנת לסכל טרור, לאפשר שגרת חיים ולהבטיח את ביטחונם של אזרחי מדינת ישראל בכלל הגזרות - זה תפקידנו".