בכירים בצה"ל מביעים התנגדות להצעת החוק שגובשה בהסכם הקואליציוני בין ראש הממשלה המיועד בנימין נתניהו לבין מפלגת הציונות הדתית, ולפיה לראשונה בהיסטוריה ימונה הרב הצבאי הראשי (רבצ"ר) על ידי ועדה בראשות הרב הראשי הספרדי לישראל ולא על ידי הרמטכ"ל. הרב הראשי הספרדי לישראל, יצחק יוסף, נחשב לדמות פוליטית המזוהה עם מפלגת ש"ס.
"מדובר בתקדים מסוכן שפוגע ביכולת של הרמטכ"ל לבסס פיקוד ושליטה על הצבא", אמר ל-ynet בכיר בצה"ל. "אחדות הפיקוד תיפגע. לא בכדי רק הרמטכ"ל ושר הביטחון מינו לאורך השנים את הרבנים הצבאיים הראשיים. המצב יהיה בלתי נסבל מהותית, עוד לפני שנכנסנו לסוגיות המעשיות. 'חוק יסוד: הצבא' אמור להיות מעל לכל חוק, והוא ייפגע. אחרי שעשו זאת ביהודה ושומרון ובמינהל האזרחי – מפריטים גם את הרבנות הצבאית".
את היוזמה חשף רועי שרון בכאן 11. לפי הצעת החוק, הוועדה תכלול נציג מישיבות ההסדר, נציג מטעם הממשלה, רב שייצג את הרמטכ"ל וראש אכ"א. סעיפי הצעת החוק נחשבים מהפכניים לא רק בעצם ביטול סמכות הרמטכ"ל: הרבצ"ר הבא יוכל להיות בעל הכשרה צבאית מינימלית שכוללת שירות צבאי חובה בכל תפקיד שהוא. הוא לא מחויב להיות קצין בהווה או בעבר - ואף לא רב צבאי.
לאורך השנים מרבית הרבנים הצבאיים הראשיים היו כאלה שצמחו בצה"ל, חלקם בתפקידים קרביים משמעותיים, בהם הרב רפי פרץ ששירת כטייס מסוקים עד גיל מילואים מתקדם, הרב אבי רונצקי שפיקד על סיירת שקד והיה מג"ד במילואים, והרבצ"ר הנוכחי, תא"ל אייל קרים, שפיקד על סיירת צנחנים. המשמעות היא שהרבצ"ר הבא יזכה לדרגת אלוף גם אם שירותו הצבאי הסתכם בשלוש שנים חובה בתפקיד פקידותי.
עד לשנת 2000 היה הרב הצבאי קצין בדרגת אלוף, אך מאז הרב גד נבון היו דרגת התפקיד הייתה תת-אלוף, כדי להקבילה למפקדי חיל. ב-2012 פורסם כי הרבצ"ר דאז רפי פרץ דרש להשיב לתפקיד את דרגת האלוף, אך נתקל בהתנגדות ראשת אכ"א דאז, אורנה ברביאי, והיוזמה ירדה מהפרק.
סעיף 5 א' בהצעת החוק החדשה קובע שינוי דרמטי נוסף במעמד התפקיד: "הרבצ"ר יהיה כפוף לרמטכ"ל אולם בעניינים הלכתיים-מקצועיים הוא לא יהיה נתון למרות מפקדיו... בפסיקותיו ההלכתיות יהיה הרב הצבאי כפוף לפסיקות מועצת הרבנות הראשית ויעמדו לנגד עיניו השיקולים המקצועיים-הלכתיים".
המונח "מקצועיים" בחוק החדש נותר ערטילאי אך יכול להתפרש ולהתפרס על מגוון התנגשויות פוטנציאליות בין חייל דתי לבין פקודות הצבא: מפינוי יישובים ביהודה ושומרון, דרך סוגי המזון הכשר שחיילים מקבלים ועד לפקודות גילוח הזקן.
גורם בכיר בצה"ל מזכיר כי גם בעלי תפקידים מיוחדים שנהנים מתוקף תפקידם מעצמאות מלאה - כמו הפרקליט הצבאי הראשי או הצנזור הצבאי - ממונים בהליך סדיר (הפצ"ר על ידי הרמטכ"ל אך בהתייעצות עם היועץ המשפטי לממשלה, והצנזור על ידי שר הביטחון). "כבר היום יש רצון חיצוני לקבוע למח"ט חברון כמה גדודי תגבור יהיו לו ולמח"ט שומרון כמה כניסות מתפללים הוא יאבטח לקבר יוסף", הוסיף הגורם. "רוצים להמשיך בהפרטת הצבא באופן שיפגע באחדותו ויפלג אותו".
מנגד טוען סרן (מיל') הרב אביעד גדות, לשעבר רב צבאי וכיום מנהל ארגון תורת לחימה שהיה מעורב בגיבוש הצעת החוק, כי: "מתנהל קמפיין שקרי כאילו שהרבצ"ר לא יהיה כפוף לרמטכ"ל. זה שקר גס. בדיוק כפי שהפצ"ר כפוף לחוק, הרב הראשי כפוף להלכה, וצבאית הוא כפוף למפקדו - הרמטכ"ל". הוא נימק את הצעת החוק בפגיעה בזהות היהודית של הצבא ובזכויות החייל הדתי: "דרגות ומעמד לא מספיקים. חובה למנות רב צבאי שלא נכנע ללחצים פוליטיים ומבצע עבודה הלכתית שמקובלת על רבני ישראל וגדולי תלמידי החכמים. החוק החדש מאפשר נטרול של לחצים פוליטיים אלו".
עד לפני כשבע שנים שררה מתיחות רבה בין חיל החינוך לרבנות הצבאית בשל תכנים מנוגדים לכאורה שסופקו לחיילים. ברבנות הצבאית דרשו לאזן ולתת למפקדים אפשרות להעניק גם שיעורים ברוח הדת והמסורת. רפורמה שהוביל הרמטכ"ל דאז גדי איזנקוט, בשיתוף הרבנות הצבאית, הסדירה את הנושא, ואפשרה להעניק תקציבים לכל יחידה בצה"ל כדי שתוכל להעביר תכנים כראות עיניה. מאז המתיחות בין הצדדים התפוגגה וכיום צה"ל התיישר במגוון סוגיות שעלולות ליצור התנגשות, כולל כשרות: הצבא רוכש מזון בכשרויות המחמירות ביותר לחיילים הדתיים והחרדים, והוא מסופק גם לכלל החיילים באופן שמאפשר את השירות המשותף.
ח"כ איזנקוט עצמו אמר בתגובה כי הוצאת מינוי הרבצ"ר מידי הרמטכ"ל ושר הביטחון מהווה "שכרון כוח שפוגע בצה"ל כצבא עם ממלכתי ואחיד. זה נובע מחולשה פוליטית של בנימין נתניהו ושכרון כוח של שותפיו. צעדים אלו שנעשים בחטף פוגעים בצה"ל כצבא עם ממלכתי ואחיד. אל מול האתגרים הביטחוניים של מדינת ישראל, אין לנו את הפריבילגיה להפוך את צה"ל לקלף מיקוח במשא ומתן קואליציוני".