בית המשפט העליון החליט ברוב דעות להורות לשרת החינוך יפעת שאשא ביטון לפעול על פי המלצתה של ועדת פרס ישראל ולהעניק את הפרס לשנת התשפ"א, בתחום חקר המתמטיקה ומדעי המחשב, לפרופ' עודד גולדרייך. השופט נעם סולברג, בדעת מיעוט, סבר כי אין עילה משפטית להתערבות בהחלטת שרת החינוך. הפרס נשלל מגולדרייך אחרי שחתם על עצומה הקוראת להחרים את אוניברסיטת אריאל, ועל פנייה לפרלמנט הגרמני לבטל את ההכרעה בתנועת ה-BDS כתנועה אנטישמית.
פרופ' גולדרייך מסר בתגובה להחלטה: "אני שמח שבית המשפט הגבוה לצדק החליט לבטל את החלטת השרה, ומקווה שהדבר יתקן ולו במעט את הנזק האדיר שגרמה הפרשה הזו לחופש הביטוי וליוקרתו של פרס ישראל".
הפרשה, נזכיר, החלה בפברואר של השנה שעברה, כשוועדת השופטים החליטה פה אחד להעניק ביום העצמאות הקודם את פרס ישראל לפרופ' גולדרייך על תרומות מעמיקות ופורצות דרך בתחומי מחקריו. שר החינוך דאז יואב גלנט ביטל את ההחלטה, ובעקבות זאת הוגשה נגדו עתירה לבג"ץ. השופטים החליטו להעביר את הסמכות בעניין לשרת החינוך החדשה, שכאמור בחרה – כמו גלנט – לבטל את הענקת הפרס. בעקבות זאת עתרה הוועדה עצמה לבג"ץ, בסוף השנה שעברה, בדרישה להעניק את הפרס בכל זאת לפרופ' גולדרייך. היועץ המשפטי לממשלה דאז, אביחי מנדלבליט, תמך בעתירה הזו, ואמר כי החלטתה של שאשא ביטון לא נתמכת ב"תשתית ראייתית" בכל הנוגע לביטול הפרס בשל שיקולים חיצוניים.
שרת החינוך מיהרה להגיב הבוקר על פסק הדין, והדגישה כי למרות אכזבתה ממנו - היא תכבד אותו: "בג"ץ היה יכול להכריע כשהנושא הגיע לפתחו, אך מרגע שבחר להעביר את ההכרעה אליי היה נכון שיכבד אותה. אדם שקורא לחרם על מוסד אקדמי ישראלי לא ראוי לפרס ממלכתי ממדינת ישראל, יהיו הישגיו אשר יהיו ויהיו דעותיו הפוליטיות אשר יהיו. צר לי על החלטת בג"ץ, אך אכבד אותה".
את דעת הרוב בפסק הדין כעת כתבה השופטת יעל וילנר, ואליה הצטרף השופט יצחק עמית. השופט נעם סולברג התנגד להתערבות בהחלטת השרה. השופטת וילנר הסבירה כי היא מקבלת את עמדתו של היועמ"ש לשעבר מנדלבליט, וציינה כי אף שפרופ' גולדרייך חתם על עצומה שבה התבקש האיחוד האירופי ליישם את מדיניותו ולהימנע משיתוף פעולה עם מוסדות אקדמיים מיהודה ושומרון – מדיניות זו נכללת מפורשות גם בהסכם שעליו חתמה ממשלת ישראל עם האיחוד האירופי בתחומי שיתוף פעולה מדעי ותעשייתי, הסכם שבמסגרתו הסכימה הממשלה להחריג מתחולתו את יהודה ושומרון. וילנר ציינה כי ההסכם אושר כבר ב-2014, ואושר שוב בדצמבר אשתקד.
בפסק הדין הדגישה השופטת וילנר כי הפרס ניתן על בסיס שיקולים מקצועיים מובהקים, וקבעה כי שיקולים לא-מקצועיים, כגון התבטאויות של המועמדים בהקשרים ערכיים, עשויים להיות רלוונטיים רק במקרים חריגים וקיצוניים ביותר. היא ציינה כי בעבר כבר ניתן הפרס למועמדים בשל פועלם המקצועי וחרף התבטאויות פוגעניות ומקוממות מצדם – וכי המקרה כעת הוא הראשון בתולדות פרס ישראל שבו שרי החינוך דוחים את המלצת ועדת הפרס בגין שיקולים לא-מקצועיים.
היא כתבה כי "למרות שאין להקל ראש בחומרת המעשה של פרופ' גולדרייך, וחרף החומרה היתרה שטמונה בקריאה לחרם – החלטת השרה שלא להעניק לפרופ' גולדרייך את פרס ישראל בגין חתימתו על העצומה, אינה מגעת כדי נסיבה חיצונית נדירה וקיצונית שניתן להביאה בחשבון כשיקול לא-מקצועי. זאת, מאחר שהמדיניות שהאיחוד האירופי התבקש ליישם בעצומה, מעוגנת במפורש בהסכם שיתוף הפעולה שעליו חתמה ממשלת ישראל, אשר מחריג מתחולתו מוסדות אקדמיים המצויים באזור יהודה והשומרון".
היא טענה כי יש קושי לייחס "חומרה כה נדירה וקיצונית" לקריאה ליישום המדיניות המעוגנת באותו הסכם, וכי מדובר ב"חוסר קוהרנטיות" שמעיד על פגם שמצדיק התערבות שיפוטית. עוד אמרה כי החלטתה מבוססת על כך שאין במתן פרס ישראל כדי להעיד על הסכמה או הכשר לעמדותיהם הערכיות של כלות וחתני הפרס – לא מצד הוועדה, לא מצד שרת החינוך, ולא מצדו של בית המשפט.
מנגד, השופט סולברג גרס כי אין עילה להתערבות שיפוטית בהחלטת שרת החינוך. לדבריו, השרה לא חרגה מתחום סמכותה, לא פעלה בשרירותיות, לא טעתה בפרשנות הדין, וגם לא התערבה בשיקול דעתה המקצועי של הוועדה. "זכות 'המילה האחרונה' נתונה לשרת החינוך, ואין זה מתפקידו של בית המשפט לבצע 'מקצה-שיפורים'", כתב. הוא הוסיף כי "אף אם באמת ובתמים סבור בית המשפט כי ניתן היה לקבל החלטה 'טובה', 'חכמה' או 'מוצלחת' יותר מזו שנתקבלה על-ידי שרת החינוך, אל לו לבית המשפט לבוא בנעליה, אל לו להמיר את שיקול-דעתה בשיקול דעתו שלו".
יו"ר סיעת הליכוד יריב לוין תקף את ההחלטה ומסר כי "אין מדינה בעולם שהייתה מעניקה את הפרס החשוב ביותר שלה לאדם שקורא להחרים אותה. אין בית משפט בעולם שהיה לוקח לידיו בניגוד לכל דין את הסמכויות של שרת החינוך, ומקבל החלטה כזו במקומה. הפסיקה המופקרת של בג"ץ, תוך רמיסת כל כללי שלטון החוק והמנהל התקין, ותוך מתן פרס ועידוד לאנשי ה-BDS ולתומכיהם, היא עוד חוליה בשרשרת החרפה של מערכת משפט שאיבדה כל כיוון".
אלון שוורצר, ראש אגף מחקר ומדיניות בתנועת "אם תרצו" שהתנגדה להענקת הפרס לפרופ' גולדרייך, מסר: "יום שחור לציונות ויום שחור לבית המשפט העליון. אי אפשר לנצח במאבק נגד תנועת ה-BDS, כאשר בתוך מדינת ישראל שופטי בג"ץ נותנים רוח גבית למחרימי ישראל. אחר כך הם עוד מתפלאים על אובדן האמון הציבורי. אם פרס ישראל מגיע למי שמחרים את ישראל, עדיף כבר לבטל אותו".