ראש הזרוע הצבאית של חמאס בטול כרם, אשרף נאפע, היה על הכוונת של צה"ל כבר זמן רב - וכך גם מפקד גדודי חללי אל-אקצא שחוסל לצידו, מוחמד אבו עבדו. לצידם חוסל מחבל נוסף בשם מוחמד אבו בדיע, שהיה חולה בסרטן, ומחבלת שנצפתה בזירה כשהיא מחופשת לפרמדיקית וחמושה. בצה"ל אומרים כי נהרגו לפחות שבעה מחבלים. בתיעוד מהזירה נראים המחבלים מריעים וצוהלים בעודם מניפים את כלי הנשק שבידיהם - זמן קצר לפני שחוסלו.
מאז 7 באוקטובר מנצל צה"ל את חופש הפעולה שנוצר במחנות הפליטים בשומרון, שהפכו למעוזי מחבלים. במהלך הפעולה הבוקר, שהייתה עוד חוליה בשרשרת הזו, ביצעו הכוחות הטעיות ותחבולות שגרמו למחבלים לחשוף את עצמם בשוגג - ולאחר מכן הם הותקפו באוויר.
בתיעוד שצולם ככל הנראה רגעים לפני התקיפה, נראית יחד עם המחבלים אישה במדי רפואה - הנושאת רובה M16. בצה"ל אומרים שמדובר במחבלת שהתחפשה לפרמדיקית, וחוסלה גם היא בתקיפה. "זה נחשב לחריג, למרות שראינו דברים דומים בעבר", ציינו. גופותיהם של המחבלים פונו מהזירה באמצעות דחפור.
בסהר האדום אמרו בהמשך כי המחבלת שלבשה את הווסט "הזיקה לכל הצוותים הרפואיים, כי ישראל תראה לכל העולם שיש לנו אשת צוות שנושאת נשק. אבל מדובר באישה שלא מייצגת אותנו".
את המבצע הובילה סיירת חרוב מחטיבת כפיר יחד עם מג"ב ושב"כ. בינתיים, גם שעות אחרי החיסול - שבוצע באמצעות תקיפת כטב"ם - נמשכים חילופי האש במקום, ופיצוץ עז נראה למרחקים בסמוך לשעה 09:45. גדודי חללי אל-אקצא טענו כי "לוחמינו ממשיכים להתעמת עם כוחות האויב הציוני המסתערים על מחנה טול-כרם מכמה חזיתות, תוך שימוש במקלעים ובמטעני חבלה".
דובר צה"ל ודוברות שב"כ אישרו כי ראש התארגנות הטרור של חמאס בטול כרם, אשרף נאפע, חוסל לצד כמה מחבלים חמושים נוספים. "במהלך המבצע, כלי טיס מאויש מרחוק תקף מחבלים מארגוני הטרור במרחב, בהם מבוקשים שקידמו והוציאו לפועל פעולות טרור נגד כוחות צה"ל ומדינת ישראל ממרחב מחנה טול כרם", נמסר.
לפי צה"ל ושב"כ, "נאפע היה אחראי על ייצור והטמנת מטענים נגד כוחות צה"ל וכן על גיוס פעילי טרור לחמאס. בנוסף, לקח חלק במספר פיגועים נגד כוחות צה"ל ביהודה ושומרון, ועמד בקשר עם גורמי חמאס מהחוץ אשר מקדמים פעילות טרור במרחב יו"ש". במהלך הפעילות חוסל גם המחבל מוחמד עוד, מהתארגנות הטרור במחנה טול כרם, אשר ביצע פיגועי ירי לעבר כוחות צה"ל. בנוסף, הוא גייס כספי טרור רבים להנעת פעילות טרור במרחב, ועסק ברכישת ציוד ואמל"ח לפעילות בגדוד.
בחודשים האחרונים צה"ל כבר תקף יותר מ-50 פעמים מהאוויר במחנות הפליטים בשומרון. במבצע הבוקר צה"ל לא רק חיסל את המחבלים הבכירים בעיר, אלא הגיע גם למעבדות לייצור מטעני חבלה ומטענים שנפרסו בצירים במרחב. בצה"ל אומרים כי "אנו רואים לאחרונה את חיזוק הקשר בין חמאס והג'יהאד האיסלאמי בעזה למקביליהם באיו"ש, ולכן אנו מגבירים את קצב המבצעים במחנות הפליטים בשומרון. חמאס מנסה להסלים באיו"ש דרך עזה, ומעביר ידע לגבי הוצאת פעולת טרור באיו"ש ומגביר את הלחץ על חוליות חמאס באזור לפגע".
מפרוץ המלחמה חוסלו כ-450 מחבלים ברחבי אוגדת יהודה ושומרון. מתוכם, 270 חוסלו בגזרת מנשה לבדה.