ב-7 ביוני 1967 - 48 שעות אחרי תחילת מלחמת ששת הימים - התכנסה ועדת חוץ וביטחון של הכנסת בקריה בתל אביב. סביב השולחן ישבו ראש הממשלה דאז לוי אשכול, שר הביטחון דאז משה דיין, השרים מנחם בגין וישראל גלילי וחברי ועדת חוץ וביטחון. כעת, לכבוד יום ירושלים, אנו חושפים את הפרוטוקול החסוי מאותה ישיבה, שהוגדרה על ידי ראש הממשלה אשכול כ"היסטורית".
את הדברים אמר אשכול כבר בפתח הישיבה: "ארשה לעצמי לומר שזו ישיבה היסטורית. קיבלנו החלטה שיש לפעול צבאית כדי לקדם פני האיום על מדינת ישראל, אשר נשקף מדיבורי האויב בסיני, והידוק טבעת החנק שהתהדקה על ידי כריתת ברית החוזים עם סוריה, עיראק וירדן".
זה למעשה הדיווח הביטחוני הראשון שבו הגורמים המעורבים נותנים מידע לגבי כל הגזרות שבאותם ימים ישראל מתכוונת להשיב לחזקתה, בין היתר חלקים נרחבים בעיר הבירה ירושלים, בהם הר הצופים, ארמון הנציב, הרובע היהודי בעיר העתיקה, גבעת התחמושת, הר הזיתים ולבסוף הכותל המערבי והר הבית.
"הכנסת חושפת פרוטוקול בעל ערך היסטורי ייחודי, שבו נגלים לראשונה החלטותיהם של בכירי הנהגת המדינה בשיאה של המלחמה", הסביר אתמול נתן לסט, ראש תחום חשיפת מסמכים מסווגים בארכיון הכנסת. "הדיון שנחשף עוסק, בין השאר, במשמעות ההישג ההיסטורי לעם היהודי, באתגרים אל מול הזירה הבינלאומית ובאופי הלחימה בתוך העיר העתיקה בסמוך למקומות הקדושים לשלוש הדתות".
ואכן, רגע לפני שהמלחמה נמשכה אל תוך חומות העיר העתיקה, אמר ראש הממשלה אשכול: "ימים אלה הם ימים היסטוריים אולי למדינת ישראל, לעולם היהודי, המחייבים מחשבה ותכנון בממדים הולמים. המשימות שעומדות לפנינו בוועדת שרים לענייני ביטחון: השמדת השריון המצרי בסיני, כיבוש שארם א-שייח, שחרור העיר העתיקה, שחרור הגדה המערבית, עם כל השאלות והבעיות שתתעוררנה". אחריו דיבר שר הביטחון באותם ימים משה דיין שעידכן: "בירושלים אנחנו בתוך העיר העתיקה, אני מניח שהיא מכותרת לגמרי. הלוחמים בתוך הרחבה של הר הבית וליד הכותל המערבי".
בפרוטוקול נחשפות הדילמות שגם באותם ימים הטרידו את קברניטי המדינה, וההנחיות שניתנו לצבא - להימנע משימוש בנשק כבד ככל שאפשר, כדי לא לפגוע במקומות הקדושים, ולעשות זאת רק אם אין ברירה. השר דיין הסביר באותה ישיבה שהורה לצבא להיזהר ולהתרחק מהקבר הקדוש וממסגד עומאר - הקדושים לאיסלאם ולנצרות, אך אם אין ברירה ולשם השגת שליטה צבאית על כל חומות העיר ירושלים יידרש להשתלט גם על שני האתרים הקדושים הללו, אז יש לעשות זאת.
"אלו ההוראות", אמר דיין, "הצבא נמצא בפנים, אנו יודעים כי בין ההוראות לבין הביצוע ישנו פער. בינתיים לוחמים. תלוי בהרבה מה שמתרחש בהתנגשות הערבית. היה לחץ מכל מיני חוגים, שאנחנו בתגובה על ההפגזה הערבית על העיר החדשה, שנפגיז ערים ערביות - אנחנו נמנעים מזה".
הקרבות בירושלים היו קשים ביותר וגבו נפגעים רבים, אך בפרוטוקולים שנחשפים כאן אפשר לראות שהמטרה הייתה להשיב לישראל את שטחיה ולהימנע מפגיעה בבני אדם ובאתרים קדושים, ככל שניתן. בתום אותה מלחמה, שנחשבה לניצחון מובהק, גדל שטח ישראל פי שלושה משטחה לפני המלחמה.