הדרג המקצועי במשרד החוץ הזהיר בחודש ינואר השנה את מנכ"ל משרד החוץ שלא להנפיק ליאיר נתניהו, בנו של ראש הממשלה, דרכון דיפלומטי בטענה כי מדובר ב"חומר נפץ" ואין שום סיבה לתת לו דרכון כזה. אולם, כהן שבאותה עת נכנס למשרד החוץ, התעקש והורה על הנפקת הדרכון הדיפלומטי.
גורמים בלשכת שר החוץ טענו לאחרונה כי מדובר בהארכה של הדרכון - ולא בדרכון חדש לגמרי, אולם לנתניהו הבן היה דרכון דיפלומטי כשהיה ילד - וכבוגר הוא לא החזיק דרכון כזה.
הבקשה המקורית הגיעה למי שהיה אז סמנכ"ל לעניינים קונסולריים במשרד החוץ אייל סיסו. הנימוק של הבקשה להנפיק ליאיר נתניהו, שבאותו הזמן היה בן 31, היה שיקולים ביטחוניים. ההסבר היה שנתניהו הבן מסתובב עם מאבטחים חמושים שמחזיקים בדרכון דיפלומטי וכאשר מגיעים לשדות תעופה בחו"ל הנוהל הוא שהמאבטחים מוכנסים לחדר כדי לבדוק את האישורים שלהם ואז מפרידים אותם מיאיר נתניהו.
בכירים במשרד החוץ הבהירו אז שלפי כל הנהלים יאיר נתניהו אינו זכאי לדרכון דיפלומטי ואין שום סיבה שיקבל דרכון כזה. לשכת השר דרשה לכנס ועדה מיוחדת שאמורה לדון במקרים חריגים. בוועדה שבה חברים שורה של בכירים במשרד החוץ – סמנכ"לית תיאום, סמנכ"ל למנהל, סמנכ"ל קונסולרי ונציג היועץ המשפטי של משרד החוץ – התקיים דיון בנושא והייתה תמימות דעים שאין להנפיק לו דרכון דיפלומטי. בכירים במשרד החוץ הבהירו למנכ"ל משרד החוץ: "זה חומר נפץ. אל תתעסקו בזה".
בלשכת שר החוץ לא ויתרו ושאלו אם למנכ"ל משרד החוץ יש סמכות לאשר הנפקת דרכון גם אם הוועדה לא מאשרת. התברר כי למנכ"ל יש סמכות כזאת ובכירים במשרד שבו והדגישו כי "אין שום סיבה להנפקת דרכון דיפלומטי. נקודה".
על אף זאת, מנכ"ל משרד החוץ החדש שבדיוק נכנס לתפקיד, רונן לוי (מעוז), כתב ביומו הראשון בתפקיד מסמך שבו הורה, בהנחיית שר החוץ אלי כהן, להנפיק ליאיר נתניהו דרכון דיפלומטי: "בהנחיית שר החוץ, הינני מאשר הנפקת דרכון דיפלומטי ליאיר נתניהו".
בכירים שמעורים בהליכי הנפקת דרכונים אומרים כי הוועדה המיוחדת לבחינת הנפקת דרכונים דיפלומטיים מאוד קפדנית ולא מוותרת חרף דרישות ולחצים. מה שקרה כאן עם יאיר נתניהו היה חריג.
כהן, לפי דיווח של גידי וייץ מ"הארץ", לא רק הורה להנפיק ליאיר נתניהו דרכון דיפלומטי, אלא גם לשלושה ראשי ערים של הליכוד שגם הם לא היו זכאים וגם להם הונפקו דרכונים באותו הנוהל, בניגוד לעמדת הדרג המקצועי במשרד החוץ. דרכונים דיפלומטיים הונפקו בהנחיית שר החוץ לראש המועצה האזורית בנימין ישראל גנץ, ראש עיריית דימונה בני ביטון וראש המועצה האזורית שדות נגב תמיר עידאן.
שר החוץ אלי כהן משוכנע שמאחורי ההדלפה עומדים גורמים פוליטיים בליכוד שמבקשים לוודא שהוא יעזוב את משרד החוץ בסוף החודש, במועד הרוטציה שנקבע בינו לבין השר ישראל כ"ץ.
בפוסט שפרסם כתב כהן: "בשיא המלחמה החליטו גורמים אינטרסנטיים להציף החלטות ישנות על הנפקת דרכונים, ומכיוון שיש הרבה פייק מציע לעשות סדר: מי שאושרו לו דרכונים על פי הנהלים הם: שלושה ראשי רשויות בלבד שבתוקף תפקידם אחראיים על קשרים בינלאומיים. הם מצטרפים לראשי ערים אחרים שאושרו להם דרכונים בתקופות שונות, כמו ראש עיריית תל אביב. לגבי יאיר נתניהו, האישור ניתן בחודש ינואר! משיקולי אבטחה".
