משרד החוץ בוחן את שיתוף הפעולה עם סוכנות האו"ם לתיאום עניינים הומניטריים (OCHA) בעקבות ההטיה החריפה שלה נגד ישראל. המשרד כבר מעכב הנפקת אשרות כניסה לעובדי הסוכנות.
במסגרת בחינת שיתוף הפעולה, הקפיא כאמור בשלב זה משרד החוץ קבלת אשרות כניסה חדשות לעובדי סוכנות האו"ם, משום שזו מעוותת באופן שיטתי בדוחות שלה את ספירת קורבנות הטרור הישראלים ואת סיווגם כנפגעי טרור. כשמדובר בהרוג או נפגע ישראלי, מציינים פקידי הסוכנות כי הנסיבות "נתונות במחלוקת". אך כאשר מדובר בהרוג או בנפגע פלסטיני, הדיווחים מתייחסים לכך כאמת ברורה, כשהאצבע המאשימה מופנית תמיד כלפי ישראל. זאת גם כשמדובר במחבלים חמושים שנהרגו במהלך חילופי אש מול צה"ל.
כפי שדווח ב-ynet וב"ידיעות אחרונות" לפני כחודש, סירב הארגון להכיר בשולמית רחל עובדיה, שנרצחה בספטמבר האחרון בידי מחבל פלסטיני בחולון כקורבן טרור וציין כי "לא ברור מה היו המניעים של הרוצח". במקרה אחר תיאר הארגון בדוחותיו את אליהו קיי, שנרצח לפני כשנה בעיר העתיקה בירושלים, כ"מתנחל שנרצח בשטח כבוש", על אף שהתגורר במודיעין, כאילו יש בכך הצדקה כלשהי לרציחתו. זאת לצד הטיות אנטי-ישראליות מובהקות שמציגים פקידי הסוכנות מדי שבוע בדיווחיהם הקבועים לאו"ם.
במהלך הקיץ הודחה שרה מוסקרופט מתפקידה הבכיר בארגון, יו"ר המשרד לתיאום סיוע הומניטרי בשטחים הפלסטינים הכבושים, משום שצייצה בחשבון הטוויטר שלה שהיא מברכת על הפסקת האש לאחר מבצע עלות השחר, תוך שהיא מגנה את טילי הג'יהאד האיסלאמי שנורו לעבר ישראל. מוסקרופט הודחה עקב לחץ פלסטיני משום שהתבטאה באופן מאוזן. בנוסף, בראש מחלקת מזרח תיכון בסוכנות מכהן פלסטיני, שלטענת משרד החוץ אינו ניטרלי ביחס לסוגיה המרכזית שהמשרד עוסק בה בארץ - הסכסוך הישראלי-פלסטיני.
שגריר ישראל לאו"ם גלעד ארדן מנהל מאבק עיקש נגד הסוכנות, ודורש ממנה לספור ולציין בדוחות גם את פיגועי האבנים ובקבוקי התבערה שמהם סובלים תושבי יהודה ושומרון וירושלים. ארדן אף פנה פעמים רבות בנושא למזכ"ל האו"ם, אנטוניו גוטרש, וטען כי הסוכנות לא כוללת קורבנות טרור יהודים בדוחותיה.
לדבריו, "OCHA ממשיכים להציג תמונה שקרית של המציאות. פעם אחר פעם הם בוחרים להתעלם מקורבנות הטרור הישראלים ומקיומו של הטרור הפלסטיני כרוצחנו. זוהי חרפה של האו"ם שהפלסטינים מצנזרים את דוחות OCHA, וגורמים לפיטורי מי 'שמעז' לגנות את הטרור הפלסטיני. דם יהודי אינו הפקר, וחייבים לנקוט כל דרך כדי להילחם באפליה הזו. אין שום סיבה להמשיך ולאפשר את כניסתם של פקידי או"ם, שמשקרים לגבי המתרחש באזור ומסייעים לטרור נגד ישראל".