עוד צעד בדרך להסדרת הישיבה: לאחר ביטול חוק ההתנתקות שלמעשה הסיר מהפרק איסור שהייה של יהודים בחומש, אלוף פיקוד המרכז יהודה פוקס חתם על צו המתיר את השהייה במקום ליהודים. הצו קובע גם כי שטח חומש יצורף למועצה האזורית שומרון.
מאחורי חתימת הצו עמדו דיונים בין צוותי השר במשרד הביטחון בצלאל סמוטריץ' לשר הביטחון יואב גלנט. הצדדים תכננו לקדם את העניין במסגרת מתווה שיאפשר את השהייה במקום, לצד הסדרת הישיבה עצמה. על פי התכנון, הישיבה תועתק ממקומה הנוכחי, ותוזז כמה מטרים לשטח שנחשב לאדמות מדינה.
הצו נחתם כשברקע הביקורת האמריקנית על ביטול חוק ההתנתקות, צעד שאף הביא את האמריקנים לזמן את שגריר ישראל בוושינגטון לשיחה לראשונה זה 13 שנה. בשיחה נכחה סגנית מזכיר המדינה של ארה"ב, וונדי שרמן, שהביעה בפני השגריר מייק הרצוג דאגה מביטול חוק ההתנתקות. לצד הדאגה האמריקנית, המדינה תידרש בשבועות הקרובים למסור את תשובתה לבג"ץ בנוגע לסוגיית חומש.
שר האוצר בצלאל סמוטריץ' הודיע הערב על חתימת הצו בחשבון הטוויטר שלו וכתב: "הבטחנו להסדיר את המשך לימוד התורה בישיבה בחומש ואנחנו מקיימים. בהמשך לביטול חוק ההתנתקות בכנסת, חתם אלוף הפיקוד על צו מקביל לביטול איסור השהיה בחומש ועל צירוף היישוב לשטחה של מועצה אזורית שומרון לצורך תכנון מחודש של הישיבה. תודה לשר הביטחון יואב גלנט על שיתוף הפעולה להסדרת הישיבה".
ראש המועצה האזורית שומרון, יוסי דגן, אמר כי "זהו יום חג. יום חשוב בהיסטוריה של מדינת ישראל. יום בו נעשה צדק היסטורי לאחת העוולות הגדולות שנעשו במדינה הזו לארץ ישראל ולאזרחים ישראלים".
מנגד, מארגון יש דין, המייצג את בעלי האדמות הפלסטינים שעליהן יושב חומש, נמסר בתגובה לחתימת הצו: "המאחז חומש נמצא על אדמותיהם הפרטיות של תושבי הכפר הפלסטיני בורקה. כניסת ישראלים לאזור היא כלי נוסף לנישול התושבים מאדמותיהם. תהליך הכשרת המאחז הוא פרס ותמריץ לעבריינים והפרה של הדין הבינלאומי".
