התחקיר הקשה והתגובה של לוחמי שלדג לתיאור הקרב בבארי: בעקבות הביקורת על תפקודם של לוחמים משלדג בבארי, הרמטכ"ל ומפקד חיל האוויר נפגשו היום (א') עם הלוחמים שלחמו בקיבוץ והביעו בפניהם הערכה על פעולתם.
התחקיר עורר כעס רב בקרב הלוחמים, אשר לחמו במשך שעות ארוכות בקיבוץ, כמעט ללא סיוע ועם מעט תחמושת. אחד מהם שהביע ביקורת בפומבי הוא סא"ל במיל' רוני אליאב, יוצא סיירת מטכ"ל ושלדג שכתב בעמוד הפייסבוק שלו: "תחקיר שיקרי. התחקיר הצה״לי שפורסם על הלחימה בבארי רצוף שקרים ומסקנות לא נכונות. זה לא תחקיר זה כתב הגנה לכיתת הכוננות וברק חירם".
לדבריו, "בניגוד למה שכתוב בתחקיר, כוח שלדג בן 13 אנשים הגיע לבארי ב-8:45 בבוקר וזינק לתוך הקרב בשכונות המערביות ונכנס למארב של מאות מחבלים. חייל נפצע ומיד אחר כך חייל נהרג. מפקד הכוח שהיה בטוח שיש לו שני פצועים בסכנת חיים החליט לפנות אותם למסוק חילוץ מחוץ לקיבוץ. הכוח נשאר במרכז הקיבוץ ושני לוחמים עם שני חברי כיתת הכוננות פינו את הפצועים. כשהם חזרו הכוח יצא להילחם, אבל סרב להיכנס לעוד מארב וערך מארבים בעצמו. ההתקלות של הכוח עצרה את ההתקפה. אז למה זה לא כתוב? כתוב שמ-09:00 עד 13:30 נלחמו חברי כיתת הכוננות לבדם. שקר. לחברי כיתת הכוננות לא היה נשק ולאזרחים המעטים שהיה להם נשק לא הייתה תחמושת".
עוד הוסיף אליאב, אשר ערך תחקיר עצמאי על האירועים כי "למעשה, שניים מארבעת אנשי כיתת הכוננות שנותרו עמדו ליד המארב של לוחמי שלדג ונתנו עצות. היה צריך להיכתב שבין 9 בבוקר ועד 13:30 היחידים שנלחמו היו 11 לוחמי שלדג. הסיבה שנכתב אחרת היא ניסיון להתחנף לכיתת הכוננות של הקיבוץ. בשעה 12:30 כמעט ולא נשארה תחמושת לחיילי שלדג. הם לא ירו את התחמושת באוויר. הם הרגו מחבלים ורק הם הרגו מחבלים באותו השלב. מישהו מזייף את המציאות".
קצינים ביחידה מובחרת אחרת, לגביה נטען כי חייליה המתינו כשעה מחוץ לקיבוץ וחיכו למפקד שיגיע, הכחישו זאת נמרצות ואמרו כי אלוף במיל' מיקי אדלשטיין, עורך התחקיר על בארי, כלל לא דיבר איתם. יחד עם זאת, בצה"ל עדיין מתעקשים על נכונות אמירה זו.
על פי התחקיר הצה"לי, צוות כוננות מטכ"לי הוגדר לאירוע חירום ארצי באותה השבת, מיחידת הקומנדו של חיל האוויר. הצוות, שמנה 13 לוחמים, יצא בסביבות 8:00 בבוקר מבסיס היחידה ליד יבנה, אך די מהר הבין שהוא חייב "לפרסס" כדי להגיע מהר יותר לעוטף – באמצעות מסוק.
בסביבות 8:30 הגיע צוות שלדג לאזור בארי, ישירות לתופת המחבלים, ואיבד לוחם שנהרג ולוחם נוסף שנפצע. הלוחמים הצליחו להיכנס לקיבוץ בזמן שלמחצית מחברי כיתת הכוננות, שישה אנשים, לא היה נשק בכלל. הסיבה: הרובים שלהם ננעלו בנשקייה, הרבש"צ אריק, שברשותו היה המפתח, נהרג, והם המתינו ליצור מגע עם סגנו שפעל במקביל.
שני חברי כיתת כוננות שראו לובשי מדים רצו לעברם, כנראה כדי לקבל סיוע, אבל גם הם נרצחו כשהתברר שמדובר במחבלים. אחד מחברי כיתת הכוננות הצליח בתופת הזו לבצע פעולה שהצילה חיים רבים – הוא יצא לכביש הסמוך והזהיר את התושבים שנסעו בכביש 232 לא להיכנס לקיבוץ, ובכך, כאמור, הציל את חייהם לפני שחזר להילחם.
לפי התחקיר, איש כיתת הכוננות וחבריו נלחמו גם בידיים חשופות ובנחיתות אדירה מול עשרות מחבלים חמושים במקלעים, מטולי נ"ט ותחמושת רבה. בשלב זה חלק מהתושבים בקיבוץ, אנשי צבא לשעבר כמו האלוף במיל' יוסי בכר שאימו-שכנתו נרצחה, ניהלו לחימה באמצעות אקדחים וקיבלו החלטות הרות גורל שהצילו חיים רבים: ריכוז הפצועים במרפאת השיניים של הקיבוץ ו"השתלטות" על צומת מרכזי בבארי, כדי למנוע מעבר של מחבלים ליתר השכונות ביישוב.
סמוך לשעה 9:00, כאשר לוחמים נוספים בצוות שלו נפגעו והתחמושת אזלה לו, החליט מפקד הכוח הקטן משלדג לסגת ולחכות מחוץ ליישוב ליתר הכוחות, להצטייד מחדש ולטפל בנפגעי הכוח. מפקדו מהיחידה הבטיח לו ש"תוך רבע שעה" הוא יהיה אצלו, אך בפועל הוא הגיע תוך שלוש שעות. הסיבה: המפקד הבכיר משלדג ולוחמיו נלחמו בעשרות מחבלים שחסמו את כבישי העוטף במכוון באותה שבת. את ההחלטה הוא קיבל בעצת מפקדיו שעשו את דרכם לאזור. בשעה זו הצטברו כבר 60 מחבלים בקיבוץ, שחלקם הגיעו ממסיבת הנובה הסמוכה לאחר שרצחו רבים מאוד מהמבלים בה.