חמישה ישראלים שנכנסו הלילה (בין שני לשלישי) עם רכבם למתחם קבר יוסף בשכם ללא תיאום, נתקלו באש מחבלים סמוך למתחם. שניים מתוכם, תושבי ירושלים ומודיעין עילית, נפצעו באורח בינוני. כוחות הביטחון חילצו אותם והעבירו אותם למחסום צה"ל שנמצא צפונית לשכם, משם הועברו שני הפצועים לקבלת טיפול רפואי בבתי החולים בילינסון בפתח תקווה ושיבא בתל השומר.
במקביל, כוחות הביטחון מכתרים הבוקר בית בכפר הפלסטיני רוג'ייב ליד שכם, שבו שוהים שני מחבלים שקשורים לפיגועי ירי במרחב בימים האחרונים. בפעילות משתתף כוח של ימ"מ שמאובטח על ידי לוחמי החטיבה המרחבית שומרון.
המתפללים שלעברם נפתחה אש במהלך הלילה טענו בחקירתם שהם היו בדרכם לבני ברק וטעו בדרך, וכך הגיעו לשכם. בשלב מסוים, לדבריהם, נפתחה לעברם אש בתוך שכם. לאחר ששניים מהחמישה נפצעו הם יצרו קשר עם המשטרה והצבא. בזמן הזה, שלהערכת גורמי הביטחון היה פחות מחצי שעה, כך סיפרו, הם פרקו מהרכב והתחבאו מאחורי טרסות באזור. כוחות צה"ל חילצו אותם, ולאחר מכן הרכב הוצת על ידי מתפרעים פלסטינים.
מעת לעת נכנסים חסידים ללא אישור למתחם קבר יוסף ומסכנים את עצמם. ברוב המקרים, שניות לאחר שהם מזוהים על ידי הפלסטינים, הם מותקפים באבנים, בקבוקי תבערה ולעיתים גם בירי. בצה"ל ובמשטרה נאבקים בתופעה ומדגישים כי כניסה לשטחי A היא עבירה פלילית.
בחטמ"ר שומרון פעלו לחילוץ האזרחים במהירות, והזעיקו את יחידה 669 שפינתה את אחד מהם במסוק צבאי. לאורך כל האירוע התקיים תיאום עם מנגנוני הביטחון הפלסטיניים. צה"ל וחטמ"ר שומרון נוהגים להודיע לציבור מבעוד מועד על כניסות מסודרות לקבר יוסף אחת לחודש, כדי למנוע מקרים דומים שבהם נכנסים מתפללים ללא אישור ותיאום, שבהם הם מעמידים את חייהם בסיכון.
ראש מועצת שומרון יוסי דגן קרא למתפללים היהודים "להיכנס לתפילה בקבר יוסף רק בצורה מתואמת ומוסדרת עם צה"ל. מדי חודש ישנם כניסות מסודרות ומתואמות, אך לצערנו ישנם כאלה שנכנסים גם בצורה לא מתואמת, וזו סכנת נפשות. אני קורא לצה"ל לשים ידיו על המחבלים ולמגר את קיני הרוצחים בשכם. הרשות הפלסטינית אחראית לפיגוע".
גם לפני פחות משבועיים התרחשו עימותים בקבר יוסף. אז נהרג ואסים חליפה, פלסטיני בן 18, בעימותים עם כוחות צה"ל בכניסה מתואמת לקבר. כ-600 בני אדם נכנסו באותו לילה לקבר, ובמהלך העימותים שם נורה חמוש שפתח באש לעבר הכוחות שאבטחו את המתפללים בקבר. כמו כן, נפגע אוטובוס ישראלי במקום. אף אזרח ישראלי לא נפגע אז ולא היו נפגעים בקרב הכוחות.
בסוף חודש יוני נפצע מח"ט שומרון אל"מ רועי צוויג יחד עם שני ישראלים נוספים. מצבם הוגדר קל, אחרי שנכנסו לקבר בזמן ששהו במקום לציון ההילולה של יוסף הצדיק. בחודש אפריל, כ-100 פלסטינים התפרעו במתחם הקבר ושברו מצבה. יממה לאחר מכן, שני חסידי ברסלב מבני ברק וירושלים פרצו מחסום כדי להגיע לאתר - ונורו על-ידי חמושים פלסטינים. זמן קצר לאחר מכן נכנסו פורעים למתחם הקבר והשחיתו אותו פעם נוספת. כמה ימים לאחר ההשחתה, צוותי בינוי של מועצת שומרון נכנסו למתחם הקבר והשלימו את שיפוצו תוך כשלוש שעות. גם אז פרצו עימותים באזור בין פלסטינים לכוחות הביטחון.
