אחרי שלל העדויות נגדו בוועדת החקירה הממלכתית לאסון מירון - מפכ"ל המשטרה שובר שתיקה: רב-ניצב יעקב שבתאי שלח הערב (ראשון) איגרת מיוחדת ויוצאת דופן לפקודיו, שבה הגיב לטענות שהשמיע היום ראש חטיבת המבצעים במשטרה, תנ"צ שמעון נחמני, לפיהן שבתאי ניסה להדיחו מהתפקיד ולעצור את קידומו בארגון משום שחשד בו כי הוא מעביר לוועדה חומרים רגישים על המחדלים שקדמו לאסון.
"לטענות לפיהן במשטרה מתקבלות החלטות פיקודיות כתוצאה מ'שמועות' הנוגעות לכוונה של קצין זה או אחר להעביר מידע לוועדה - אין כל שחר", כתב המפכ"ל לשוטרים ולמפקדים. "כל ההליכים במשטרה נעשים בשקיפות מלאה ועל בסיס שיקולים מקצועיים בלבד". שבתאי שב והדגיש כי "על כל המופיעים בפני הוועדה מוטלת החובה לפעול לקידום האינטרס הלאומי שאסון כזה לא יישנה", וקרא לכל פקודיו "לכבד את עבודת הוועדה ולהמתין לממצאיה".
לדבריו רנ"צ שבתאי, מאז שהחלה עבודת ועדת החקירה הוא נמנע מלהתייחס לדיווחים שונים בנושא, "מתוך כבוד והערכה לעבודתה החשובה", אך כעת הוא חושש שמא השוטרים "מקבלים רושם שגוי מאופן הצגת עבודת המשטרה באמצעי התקשורת", כלשונו, ולכן רואה צורך וחשיבות להעביר אליהם "מסר קצר וברור" ולהכחיש חלק מהעדויות.
"משטרת ישראל בראשותי היא הראשונה שביקשה את הקמת ועדת החקירה הממלכתית", טען שבתאי. "למשטרה סטנדרט גבוה של ביצוע תוך עמידה על הפקודות והערכים שמייצגים את כולנו. חשוב לי להבהיר בפניכם, שבחינה ובדיקה של התהליכים שהתרחשו בטרם האסון אין בהן כדי לפגוע בעבודתכם המסורה, הנחושה והמקצועית בכל המשימות ולאורך כל ימות השנה".
איגרת המפכ"ל באה, כאמור, בעקבות עדותו של תנ"צ נחמני, שסיפר לחברי הוועדה על היערכות המשטרה להילולת ל"ג בעומר - בדגש על הישיבה שבסיומה הבין כי אין כוונה להגביל את כמות הקהל באירוע הענק. "הייתי מוטרד", שחזר ראש חטיבת המבצעים. "המקום לא יכול להכיל את זה. הצפיפות שם לא ניתנת לשליטה. אמרתי למפכ"ל שחייבים לעשות סיור שטח במקום. הוא אמר לי: 'אל תדאג. ועדת החקירה - עליי'".
הקצין הבכיר הוסיף ותיאר כיצד לאחר האסון נפוצו שמועות במשטרה לפיהן הוא מסתיר מוועדת החקירה מסמכים חשובים העשויים לסייע לה בעבודתה, ובשל כך החליט להעביר לחבריה מכתב הכחשה בעניין. מאז, הוא נחשד על ידי סביבת רנ"צ שבתאי דווקא כמי ש"עקף" אותו ופתח ערוץ ישיר מול הוועדה להעברת מידע פנימי רגיש על המחדלים שקדמו לאסון.
נחמני טען בעדותו כי החשדנות כלפיו גרמה למפכ"ל לנסות להדיחו מחטיבת המבצעים ולהעבירו לתפקיד "פחות ליבתי" - במקום זה שיועד לו בסבב המינויים הקרוב. הוא סיפר כי בראיון לקראת השיבוץ שאל אותו שבתאי מדוע העביר חומרים לוועדה, והוא בתגובה השיב לו כי "זה לא רלוונטי".
הקצין, שכבר הבין שדינו נחרץ ושהמפכ"ל אף עדכן כמה ניצבים בתוכניות לגביו, ביקש להשהות את ההחלטה עד לפגישה שלו עם השר לביטחון הפנים - ומהר מאוד הבין שבקשתו נדחתה. "בעודי יוצא מהראיון מחייג אלי אחד הכתבים, שאני לא מכיר, ואומר לי: 'שמעתי שסיימת את תפקידך כרח"ט מבצעים'", סיפר. "הרגשתי מאוד פגוע. זה פגע בי ברמה האישית. חשבתי שבמובנים מסוימים יש פה רדיפה".
תנ"צ נחמני הוסיף ותיאר כי כעבור כמה ימים נקרא בבהילות לשיחה נוספת עם המפכ"ל, שגם היא עסקה ביחסיו עם ועדת החקירה, ובמהלכה הציע לו שבתאי "ללכת יחד לפוליגרף". לדבריו, מדובר היה באמירה "לא ממלכתית" שהפתיעה אותו מאוד. "הייתי קצת המום", הודה. "בסיום השיחה ניגשתי לפוליגרף, בשביל המצפון שלי". בסופו של דבר פגישתו של רח"ט המבצעים עם השר הממונה פעלה את פעולתה – והוא נשאר בתפקידו.
נחמני ציין עוד בעדותו כי הוא זה שיזם את הפניה עם מזכירות ועדת החקירה בבקשה להופיע בפני חבריה, כדי "להסיר את העננה" בעניינו. יו"ר הוועדה, השופטת (בדימוס) מרים נאור, אמרה כי היא חורגת ממנהגה שלא להתבטא ולא להשיב לשאלות בנוגע לחומרים ולמסמכים שהיא קיבלה ולמקורם, והודיעה כי לא קיבלה מהעד שבפניה דבר, וכי גם במסמכים שהעביר לבקשתה לקראת הדיון – "אין דברים שלא הכרנו".
פורום משפחות אסון מירון הגיבו לנאמר הבוקר בוועדה, ומסרו בתגובה כי "עצם התעוזה מצד המפכ"ל להמשיך ולשמש בתפקידו במהלך כל החודשים מאז האסון - בו בזמן שהוא עושה הכול בכדי לטאטא מתחת לשטיח את חלקו באחריות למחדלים שהובילו לאסון, היא יריקה בפרצוף של המשפחות". המפכ"ל, סיכמו, "חייב להתפטר".
"אותו המפכ"ל שאישר את קיום ההילולה, אותו המפכ"ל שמתחת לאף שלו נהרגו 45 מתפללים ושטען שהוא ישן טוב בלילה - עכשיו פקודיו חושפים את הטיוחים והנסיבות שלכאורה הביאו לאסון", הוסיף שי צרפתי, שאביו משה צרפתי נספה באסון. "שבתאי היה צריך להשהות את עצמו יום למחרת האסון. אם נכון לעכשיו - שמונה חודשים אחרי האסון ואחרי העדויות נגדו הוא בוחר להישאר - כולי תקווה שהשר לביטחון פנים יעשה זאת עבורו".
גם בועז סטורסקובסקי, אביו של יעקב אלחנן שנהרג באסון, קרא להשעות את שבתאי באופן מיידי, "ולפתוח בחקירה פלילית של יחידת להב נגדו ועל כל מה שמיוחס כלפיו בעניין האסון".