האירועים האלימים בהר הבית שלשום לא היו ספונטניים. התפרעויות בסדר הגודל הזה ועם האמצעים הללו דורשות התארגנות מוקדמת ותיאום, וישנם גורמים פלסטיניים שעסוקים בכך גם בימי שגרה, ללא מתיחות ביטחונית מיוחדת, כדי להיות מוכנים ליום פקודה. גם הבוקר (ראשון) נרשמה מתיחות בתום התפילה, כאשר חלק מהנוכחים קראו למתפללים להישאר במתחם ולא לצאת - ככל הנראה מתוך רצון להוביל לעימות עם השוטרים. רעולי פנים אף השליכו זיקוקים, ונשמעו קריאות תמיכה בחמאס.
מהמשטרה נמסר כי בטרם החלו הביקורים בהר הבית כמדי שבוע - בין היתר של יהודים המבקשים לעלות להר - החלו מאות צעירים, חלקם רעולי פנים, לאסוף ולאגור אבנים ברחבת ההר בניסיון להפר את הסדר ולחסום את צירי הביקור באמצעות אבנים, ברזלים ומחסומים מאולתרים. "כוחות משטרה פועלים במקום להרחקתם, זאת במטרה לאפשר את הביקורים במקום כסדרם. נציין כי לצד ביקורים אלו ימשיך להישמר חופש פולחן מלא לציבור המתפללים בהר הבית. משטרת ישראל תמשיך לפעול נגד פורעי חוק, מתפרעים ומפרי סדר לשמירת שלום הציבור וביטחונו", נמסר.
כדי להבין כיצד פועל מערך העימותים, צריך להכיר קודם באופן כללי את התנהלות המתחם. מסגד אל-אקצא מנוהל על ידי הווקף. הדמויות הדומיננטיות בווקף הם המופתי של ירושלים מוחמד חוסיין, ראש המועצה המוסלמית העליונה עכרמה סברי, שהיה בעברו המופתי של ירושלים, מנהל מסגד אל-אקצא עומר כיסוואני וסגן ראש מועצת הווקף, נאג'ח בכיראת.
סברי ובכיראת הם הסמנים הקיצוניים של הווקף, והם מורחקים מפעם לפעם ממסגד אל-אקצא באמצעות צווים שמוציאה נגדם מערכת הביטחון הישראלית בגין הסתה. בכירי הווקף אמנם נזהרים מאוד מלקחת חלק פעיל בארגון עימותים ואירועים אלימים על מתחם ההר, אך הם גם נמנעים מלגנות אותם. לעיתים גם שתיקתם סביב נושא זה יכולה לסמל עבור המתפרעים אווירה מאפשרת להתחלת עימותים בשטח המתחם.
הצעירים שמשתתפים באירועים האלימים במתחם מאוגדים בתוך קבוצה ששמה "שבאב אל-אקצא". מדובר בבחורים בשנות העשרים המוקדמות של חייהם מכל רחבי מזרח ירושלים. יש בהם אנשי פתח עם אוריינטציה דתית, אנשי מפלגת השחרור - תנועה דתית אדוקה שמזוהה עם הזרם הסלפי - וגם צעירים המזוהים עם חמאס. ניתן להעריך את מספרם של "שבאב אל-אקצא" במאות. מדובר בצעירים בעלי מוטיבציה גבוהה ומוכנות מלאה להתעמת עם כוחות הביטחון, שנמצאים רוב הזמן ברשתות החברתיות ומתודלקים בהסתה שקיימת בהן.
גורמים המעורים בפרטים סימנו בשיחה עם ynet ו"ידיעות אחרונות" את ניהאד זרייר כדמות שמנהיגה את הקבוצה הזאת. זרייר, הוא דמות מוכרת בחוגים הפלסטיניים במזרח ירושלים. הוא תושב העיר העתיקה, בן 43, ומזוהה עם פתח. זרייר נעצר כמה פעמים בעבר על ידי מערכת הביטחון וישב בכלא לתקופות קצובות. קבוצת ''שבאב אל-אקצא'' ממומנת על ידי הרשות הפלסטינית וכן באמצעות גיוס תרומות בקרב תושבי מזרח ירושלים. גם טורקיה ידועה כמי שמימנה חלק מפעילות הקבוצה.
במהלך העימותים במתחם ההר, משתמשים הצעירים בירי זיקוקים ובמערומים גדולים של אבנים כדי להתעמת עם כוחות הביטחון, ובלוחות מאולתרים מברזל כדי להגן על עצמם מפני ירי כדורי גומי ואמצעים לפיזור הפגנות. הזיקוקים, כמו גם השלטים המביעים תמיכה בזרועות הצבאיות של חמאס והג'יהאד האיסלאמי מוברחים טיפין טיפין בימי שגרה דרך השערים באמצעות הנכנסים בשער, שמרביתם אינם עוברים בדיקה מיוחדת על ידי כוחות המשטרה שנמצאים בפתחי המתחם. שער השבטים לדוגמה, הוא שער שדרכו מוברחים אמצעים רבים.
הזיקוקים מוסלקים במקומות מסתור במתחם ההר ומוצאים מהם רק בעת מתן פקודה למהומות. את האבנים אוספים הפלסטינים בעיקר מאזור באב א-רחמה (שער הרחמים) שבו ישנה שפוכת ואבנים. הם נאספים ומחולקים למערומים בחלקים השונים. כאשר ישנה החלטה להצית מהומות, כמו ביום שישי, צעירי ''שבאב אל-אקצא'' מגיעים אל המתחם ערב קודם או אף כמה ערבים קודם ולנים בו כדי להימנע מאפשרות של הגבלת גיל בכניסה למתחם בימי מתיחות.
חיים גולדיטש ועינב חלבי השתתפו בהכנת הכתבה