כוחות צה"ל נכנסו הלילה (בין ראשון לשני) לכפר רומאנה שליד ג'נין והרסו את בתי המחבלים שביצעו את הפיגוע באלעד. הכניסה בוצעה זמן קצר לאחר כניסתה של הפסקת האש לתוקף, תוך המשך שיגורי הטילים מרצועת עזה לעבר שטח ישראל.
מאז תחילת מבצע "עלות השחר" המשיכו כוחות הביטחון בפעילותם ביהודה ושומרון, וביומיים האחרונים נעצרו קרוב ל-40 פעילי טרור מהג'יהאד האיסלאמי פלסטיני באזור, בעיקר בצפון השומרון.
במהלך חודש מאי, לאחר הפיגוע בצאת יום העצמאות, הוטל סגר כללי על הכפר הפלסטיני, שממנו יצאו שני המחבלים שרצחו שלושה בני אדם בעיר החרדית אלעד. המחבלים, סעד אל-ריפאעי וסובחי אבו שקיר, רצחו תחילה בגרזנים את אורן בן יפתח מלוד שהסיע אותם מגדר ההפרדה מבלי שידע על כוונתם. בהמשך הם הגיעו לאזור מתקני שעשועים באלעד, ורצחו את תושבי העיר יונתן חבקוק ובועז גול.
המחבלים שנמלטו מהזירה, נתפסו בתום מצוד של 62 שעות בשטח הפתוח שבין אלעד לקיבוץ נחשונים, כקילומטר וחצי מזירת הפיגוע. השניים, שנתפסו על-ידי אנשי מילואים של יחידת מרעול ולוחמי יחידות מיוחדות, לא התנגדו למעצר ומיד נכנעו. מהחקירה עלה כי המחבלים לא משתייכים לארגון טרור, והחליטו יחד לבצע פיגוע בישראל. הם בחרו להגיע לאלעד, שבה עבדו ללא היתר ואותה הכירו היטב.