רכזי שב"כ ולוחמי יחידה 504 פעלו יחד עם כוחות צה"ל כדי לבצע עשרות תחקורים בשטחים השונים בהם מתקיימת פעילות קרקעית בעזה. חוץ ממחבלי הנוחבה, נעצרו פעילים מתחום הירי הרקטי, החבלה, הצליפה והלוגיסטיקה שמסרו מיקומים של מנהרות תת-קרקעיות, מחסנים ואמצעי לחימה. בנוסף, מסרו העצורים שיטות פעולה של ארגוני הטרור, פרטים על חפירת המנהרות ותהליכי גיוס.
מצה"ל ומשב"כ נמסר כי "המידע מחקירות פעילי הטרור משרת את הכוחות הפועלים מן הקרקע והאוויר בשטח הרצועה, ומשמש לקבלת מודיעין איכותי ועדכני מהשטח, אשר מסייע בהמשך התמרון הקרקעי ומאמצי הלחימה".
מוקדם יותר, צה"ל פרסם ממצאים נוספים בעקבות הפשיטה על בית החולים שיפא בעזה. חמישה ימים אחרי תחילת המבצע בזירה המורכבת, אמרו בצה"ל כי "המוסד הרפואי הפך לכיפת ברזל של דרג המ"פים והמג"דים של חמאס, ובמקרה של 7 באוקטובר להחזקת חטופים - גם בשיפא וגם בבתי החולים אל-קודס, רנטיסי ונאסר".
במקביל, כוחות צה"ל בפיקוד אוגדה 36 ובהשתתפות כוחות מיוחדים מיחידות שלדג, יהל"ם ועוקץ, חשפו בהכוונת שב"כ ואמ"ן תוואי מנהרת טרור באורך של כ-55 מטרים ובעומק של כ-10 מטרים מתחת לבית החולים שיפא. התיעוד של הירידה למנהרה נעשה על-ידי מצלמה שהותקנה על גבו של כלב מיחידת עוקץ.
בצה"ל אומרים כי "פיר המנהרה, אשר גרם מדרגות עמוק מוביל לפתחו, מכיל אמצעי הגנה שונים לרבות דלת הדף וחרך ירי. דלת מסוג זה משמשת את ארגון הטרור חמאס לחסימת יכולת הכניסה של כוחותינו למפקדות ונכסי תת-הקרקע של הארגון".
פיר המנהרה אותר בשטח בית החולים מתחת לסככה, שבה היה גם רכב ועליו אמצעי לחימה רבים שכוללים RPG, מטענים, רובי קלצ'ניקוב ועוד.