ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיב על מכתב האזהרה שנשלח אליו מטעם ועדת החקירה הממלכתית לפרשת הצוללות. מטעמו נמסר כי "גם בנושא הזה ההיסטוריה תוכיח כי ראש הממשלה נתניהו צדק וקיבל את ההחלטות הנכונות לביטחון ישראל". עוד נכתב: "ראש הממשלה קובע שהצוללות הן יסוד מרכזי בביטחון הלאומי של ישראל ובהבטחת קיומה נגד איראן שמנסה להשמידנו. רכש הצוללות וכלי השייט לא רק שלא פגע בביטחון המדינה - הוא מבטיח את קיומה".