הפקודה שצה"ל קיבל מסמוטריץ' באמצעות גלנט – שעלולה להוביל להתנגשות מול בג"ץ: יממה לאחר שהוקמו מבנים יבילים ראשונים באדמות מדינה סמוך לישיבת חומש, כחלופה למיקומה הנוכחי של הישיבה על אדמות פרטיות פלסטיניות, כוחות הביטחון מוצאים את עצמם הבוקר (יום שלישי) עצמם מאבטחים נקודת יישוב שנויה במחלוקת, וספק חוקית.
לאחר שגורמי ביטחון התנגדו להעברת הישיבה, ראשית מנימוקים משפטיים מאחר והמהלך אינו חוקי, התברר כי ההנחתה של השר במשרד הביטחון בצלאל סמוטריץ' על שר הביטחון יואב גלנט תורגמה להוראה לפיקוד מרכז, שם דרשו הקצינים שההנחיה תהיה מפורשת, ולא "בקריצה" - כלומר בהתעלמות מהעלייה אל הקרקע. הסיבה: גם בצה"ל הבינו מיד שלכל הקמת יישוב או מבנה באיו"ש, כמו בכל הארץ, נדרש הליך תכנוני מקדים לפי חוק, ולא רק הוראה מלמעלה.
במקרה של חומש, ההליך התכנוני המקדים טרם בוצע, למרות שהממשלה הנוכחית ביטלה השנה את חוק ההתנתקות לצפון השומרון. בשיחות סגורות גורמים בצה"ל אמרו כי התרשמו שמדובר בצעד הצהרתי בלבד, ואין באמת בכוונת הממשלה להקים מחדש את היישובים חומש או שא-נור ממערב לג'נין - בירת הטרור של השנתיים האחרונות.
מדובר למעשה באזור שהפך למובלעת פלסטינית גדולה ומבודדת בצפון מערב השומרון, מאז ההתנתקות ב-2005. מימוש בפועל של ביטול חוק ההתנתקות - הקמת היישובים מחדש באזור זה - תחייב את צה"ל לשינוי גדול בחטיבת מנשה החולשת על האזור, עם הקמה ופריסה של גדודים מרחביים נוספים.
גורמי ביטחון הסבירו: "מאז ביטול החוק, הסטטוס קוו באזור נשמר בפועל, וההבנה השקטה הייתה שהביטול הוא הצהרתי בלבד – עד שדה-פקטו נסללה באישון ליל השבוע הדרך להקמה מחדש של היישוב חומש, גם אם בכסות של ישיבה שלצידה יגורו התלמידים באופן קבוע".
כך או כך, בצה"ל הבהירו כי לא הייתה להם ברירה אלא לקיים את הוראת הדרג המדיני, ו"בכל מקרה, נפעל לפי חוק ובהתאם להחלטת בג"ץ הצפויה בנושא".
מבדיקת ynet עולה כי עמותת "יש דין" ותושבי הכפר בורקא הסמוך טרם הגישו עתירה לבג"ץ בנוגע להעתקת המבנים למיקום החדש, כשבועיים לפני תשובת המדינה לבית המשפט בעתירה העיקרית נגד מיקום הישיבה הנוכחי, שנגררת זה מספר שנים. בעמותה ובקרב הפלסטינים בוחנים את המהלך ושוקלים אם לבקש צו ביניים דחוף שיורה על פינוי המבנים בגלל הדרך שבה הוקמו. כך או כך, מסתמן שהמינהל האזרחי, תחת השפעת השר סמוטריץ', לא יפנה את המבנים מהמיקום החדש, למרות שנבנו ללא היתר ובניגוד לחוק, וכן צה"ל לא יפעל לפנותם.