רעולי פנים יידו בצהריים (יום שישי) אבנים לעבר נקודת המשטרה בהר הבית, ובתגובה רחפן משטרתי ירה רימוני גז מדמיע במתחם. לפני כן עלו צעירים לגג מסגד אל-אקצא ולכיפת הסלע, והניפו שם את דגלי חמאס והרשות הפלסטינית.
הפרת הסדר האלימה בהר הבית התרחשה כשעה לאחר סיום תפילת הצהריים. אחרי שכבר נראה היה שהתפילות עברו בשקט, כ-450 מוסלמים, בהם רעולי פנים, יצאו בתהלוכה לכיוון נקודת המשטרה על הר הבית ויידו אבנים לעברה - מה שאילץ את השוטרים לפזרם באמצעות גז מדמיע שנורה מרחפן.
בתוך כך, המשטרה הודיעה כי עצרה חשוד המשתייך לארגון חיזב א-תחריר, לאחר שהלילה נשא דברים מול המון מתפללים בהר הבית ובמהלכם הסית וקרא להגן על אל-אקצא "ולשחרר את המסגד באמצעות נשק וכוח". עוד נמסר כי "בהמשך הובילו דבריו לקריאות המוניות בשבח מוחמד דף". החשוד, תושב בית חנינא בשנות ה-60 לחייו, נעצר בביתו לחקירה בימ"ר ירושלים בחשד לקריאה לאלימות, טרור ולהפרת הסדר הציבורי.
בשעות הבוקר התפרעו כ-200 צעירים בהר הבית, שיידו אבנים וירו זיקוקים לעבר כוחות הביטחון. אחד הזיקוקים גם פגע בעץ והצית אותו. המשטרה השיבה ברימוני הלם ובאמצעים לפיזור הפגנות, ושוטרת אחת נפצעה באורח קל. מתפללים שכעסו על יידוי האבנים דרשו מהמתפרעים לחדול, ואף פירקו מעין "גדר" שהקימו להגנה מפני המשטרה. חלקם קראו לעבר רעולי הפנים: "תתביישו, אנחנו רוצים להתפלל". אחרי כשלוש שעות של עימותים, פנו מתפללים לשוטרים והבטיחו שירחיקו את מיידי האבנים בעצמם. השוטרים נענו לבקשת המתפללים לעזוב, ולאחר מכן נותרו במתחם שוטרים מעטים.
לטענת הסהר האדום, 57 פלסטינים נפצעו בעימותים, בהם תשעה ילדים. 14 פצועים פונו לבתי החולים, בהם צעיר בשנות ה-20 לחייו שיידה אבנים ואושפז במצב אנוש בבית החולים הדסה הר הצופים כשהוא מוגדר עצור. לפי הפלסטינים, שמו של הפצוע האנוש וליד אלשריף, והוא תושב בית חנינא.
מהמשטרה נמסר כי הצעיר שהתפרע, ויידה אבנים לעבר גב הכותל המערבי כשהוא רעול פנים, נפצע אנושות בעת שנפל על הרצפה במהלך מנוסתו ונחבל בראשו. השוטרים פינו אותו מהמקום בתוך זמן קצר והחלו להעניק לו טיפול רפואי ראשוני יחד עם גורמי הרפואה. לצעיר רקע רפואי קודם שייתכן ורלוונטי לנסיבות פציעתו. בניגוד לטענות המופצות ברשתות הפלסטיניות ולפיהן הוא נפצע מירי - מבית החולים הדסה נמסר כי "אין כל עדות לפגיעה מירי חי".
משפחתו של הפצוע טענה מנגד כי "המשטרה משקרת ומעלימה את האמת. וליד נפגע בשעות הבוקר המוקדמות לאחר שפגע בראשו דבר שעדיין לא ידוע. המשטרה לקחה אותו מהמקום שנפגע בו ומד"א ביצעו בו פעולות החייאה. המשטרה היא האחראית על מה שיתרחש. מאז שהוא נפגע היא לא חושפת פרטים בגלל שהיא גרמה לפציעה הקשה. אין לו רקע של מחלות כפי שפורסם, זה גם שקר. הפצוע בריא ואנו חושדים ששיחקו בתיק הרפואי שלו. מצבו עכשיו קשה מאוד ואנו חוששים לחייו".
המתפרעים נערכו לעימותים עם המשטרה כבר במהלך שעות הלילה, כשהכינו ביצורים ואגרו מלא של אבנים וזיקוקים. המתפרעים - חלקם רעולי פנים ועם דגלי חמאס - החלו בעימותים בשעות הבוקר המוקדמות, ולמרות יידוי האבנים המשטרה המתינה לסיום התפילה ולפיזור המתפללים בטרם החלה לפעול. "לאחר שמפרי הסדר המשיכו בידויי אבנים מסיבי וההתפרעות האלימה נמשכה והתגברה, כולל לכיוון גב הכותל המערבי שעה שמתקיימות תפילות במקום, כוחות משטרה נאלצו להשתמש באמצעים לפיזור הפרות הסדר ולהדיפת ההמון לאחור. במהלך האירועים ירו מפרי הסדר האלימים זיקוקים לכיוון גב הכותל ופגעו בעץ שהחל לבעור בשטח הר הבית. צוותי כיבוי פעלו לכיבוי השריפה בתוך דקות", נמסר.
המשטרה הוסיפה כי "במהלך הפרות הסדר האלימות וידויי האבנים, נפצע רעול פנים שהפר את הסדר ויידה האבנים עם אחרים לעבר גב הכותל המערבי, והוא פונה לקבלת טיפול רפואי על-ידי כוחות המשטרה וגורמי החירום וההצלה. בין מפרי הסדר האלימים ומיידי האבנים נצפה גם אדם עם כיסא גלגלים. מפרי הסדר ומיידי האבנים פוגעים בראש ובראשונה במתפללים הרבים שנמצאים בהר הבית. יש לציין כי היו ניסיונות של חלק מאותם מתפללים להפסיק את הפרות הסדר וידויי האבנים ולהרחיק את פורעי החוק, אולם הם לא צלחו".
המפכ"ל יעקב שבתאי והשר לביטחון הפנים עמר בר-לב קיימו הבוקר אחרי העימותים הערכת מצב בירושלים, שבה השתתפו בין היתר מפקד מחוז ירושלים, מפקד מג"ב, מפקד אגף סייף, נציגי צה"ל, שב"כ וגורמים נוספים. שבתאי הגיע לעיר העתיקה אחרי פרוץ המהומות הבוקר, ובדיון טלפוני עוד קודם לכן עם מפקדי המחוזות וראשי האגפים במשטרה החליט כל הכנסת כוחות מילואים של מג"ב לכוננות גיוס מיידית בהתאם להתפתחויות.
לפי המשטרה, בדיונים הוחלט עוד על "הכנסת המפקדות הארציות במחוזות המשטרה לכוננות, תחילה לפעילות בגזרתן בהתאם לאירועים והפרות סדר אם יהיו, ולאחר מכן לתגבור ארצי בהתאם לצורך". כמו כן, הוחלט על "חיזוק הפעילות התודעתית אל מול הניסיון הפלסטיני להבעיר את השטח". לפי המשטרה, "יש המון פייק ניוז שהפלסטינים מנסים להוציא מהאירועים בהר הבית, ויש צורך לשקף באופן אמיתי את הדברים לציבור הערבי בארץ ובעולם".
במשטרה הדגישו כי "מדובר במאמץ חשוב מאין כמותו ויש להיות מהירים וחזקים בו מאוד. המפכ"ל התייחס לכך שהמשטרה לא תאפשר הפרות סדר, וכל אחת כזו שתתפתח תגרור תגובה התקפית ונחושה של כוחות המשטרה במטרה לדכא אותה כבר בהתחלה. משטרת ישראל נמצאת בהפעלה מבצעית מלאה בכל הגזרות, לרבות ירושלים, כשהמטרה היא בראש ובראשונה לסכל אירועי טרור, למגר הפרות סדר ולהעניק שירותי משטרה".
בתוך כך, מנהיג חמאס איסמעיל הנייה אותת אתמול על הצבת משוואה חדשה של חמאס מול ישראל בכל הנוגע למסגד. לדבריו, חמאס יראה מעתה גם בכניסה של יהודים למתחם ההר כעילה להסלמה. "אני אומר לישראל שאם היא חושבת שהפריצה לאל-אקצא תשנה את זהותו האיסלאמית היא הוזה", אמר הנייה. "מה שהמתנחלים עושים במסגד ידחוף בכל המישורים לסכסוך, לעימות. כמו שגרמנו לתבוסה בנוגע למה שמכונה 'צעדת הדגלים', כך נביס את מדיניות הפריצות. אנחנו עדיין בתחילת המערכה".