אחד היעדים של המבצע שצה"ל פתח בו הלילה (בין ראשון לשני) לסיכול תשתיות הטרור בעיר ג'נין שבצפון השומרון היה מפקדת חמ"ל המשותפת לפלגי הטרור במחנה הפליטים ג'נין ולפעילי הארגון "גדוד ג'נין". כך הודיעו צה"ל ושב"כ, שציינו כי התקיפה הייתה משותפת לשני הארגונים.
לפי הודעת צה"ל ושב"כ, המפקדה הותקפה "כחלק ממאמץ לסיכול נרחב של הטרור ביהודה ושומרון". עוד נמסר כי "היא שימשה כחמ"ל תצפית, כמקום התכנסות של מחבלים לפני ואחרי פעילות טרור, כאזור התחמשות בנשקים ומטענים וכמרכז הקשר והתקשורת של הפעילים. בנוסף, המפקדה שימשה מחסה לפעילים מבוקשים". המפקדה פעלה ליד מרפאה ושני בתי ספר - אחד מהם של סוכנות האו"ם לפליטים פלסטינים (אונר"א).
המבצע החל כאמור עם תקיפות אוויריות, ובמקביל כוחות גדולים החלו להתקדם בפאתי העיר. "נפגע במחבלים ולא באזרחים", אמרו גורמים צבאיים. גורמי ביטחון ישראליים מסרו כי לפחות ארבעה מחבלים חוסלו בתקיפות. בצבא הדגישו כי מדובר במבצע מתוחם וממוקד.
התכנון של המבצע נמשך כשנה באוגדת איו"ש. הוא עבר מספר התאמות ועדכונים ונדחה מספר פעמים. לפי צה"ל, תכליתו לשקם את ההרתעה הישראלית בצפון השומרון בדגש על ג'נין, עם פגיעה נרחבת במחבלים. משתתפים בו מאות לוחמים מחטיבת הקומנדו ויחידות מובחרות נוספות, בליווי עשרות כלי טיס וכלי הנדסה.
בישראל הוחלט להמתין לסיומו של חג הקורבן כדי להתחיל במבצע. שוטרי המנגנונים הפלסטינים נדרשו לצאת מהעיר ג'נין עם תחילת הפעולה. יש דריכות גבוהה במערך ההגנה האווירית בעיקר בדרום, אך בישראל מעריכים בשלב זה כי עזה תישאר מחוץ לאירוע - בהנחה שהמבצע יישאר תחת שליטה.
שר הביטחון יואב גלנט התייחס לפעילות כוחות הביטחון בג'נין, וציין בציוץ בטוויטר כי "הכוחות פועלים בריכוז מאמץ נגד מוקדי הטרור בג'נין. נגד הטרור ננקוט בגישה התקפית ויוזמת - כל מי שיפגע באזרחי ישראל ישלם מחיר כבד". הוא הוסיף: "אנו עוקבים מקרוב אחר התנהגות אויבינו, מערכת הביטחון ערוכה לכל תרחיש. מחזק את צה"ל ושב"כ בפעילותם הנחושה. נרדוף ונשיג את אויבינו". יש לציין כי הוא לא השתמש במילה "מבצע" כדי לתאר את הפעילות.
הפלסטינים פרסמו כי שניים מהמחוסלים הם סמיח אבו אלוופא ואשרף עמורי. במקביל, חטיבת ג'נין של גדודי אלקודס טענה כי אנשיה "יורים על צבא הכיבוש בסביבת המחנה בירי כבד ומשיגים פגיעות ישירות". אזעקות נשמעו בכל המסגדים במחנה ג'נין, ותושבים הבעירו צמיגים במטרה לחסום כבישים. במקביל, נותק החשמל במחנה הפליטים ובחלקים מהשכונה המערבית של ג'נין. לפי דיווח של רשת "אל-ג'זירה", כוחות צה"ל השתלטו על בית משפחת האסיר הביטחוני זכריה זביידי בעיר.
הארגונים החמושים בג'נין הכריזו על דריכות גבוהה וקראו לכל הפלסטינים להשתתף בעימותים. לפי ההודעה שהפיצו ברשתות, עליהם "להיות להבה גדולה בכל אזורי הגדה המערבית ורצועת עזה".
המבצע החל שבועיים בדיוק לאחר המבצע שהסתבך באותה גזרה - אז נפצעו שבעה לוחמים לאחר שרכב ממוגן מסוג "פנתר" שבו הם שהו נפגע ממטען חבלה. כך הודיע הלילה דובר צה"ל, ולא מסר פרטים נוספים.
הפלסטינים דיווחו כבר אמש על תנועה לא שגרתית ועל כלים צבאיים רבים במעבר ג'למה סמוך לג'נין, שם חוליית מחבלים ירתה לעבר המעבר לפני כשבוע וחצי - וחוסלה מהאוויר במה שנחשב לסיכול הראשון מסוגו זה 17 שנה. הפעילות מגיעה לאחר תקופה ביטחונית מתוחה מאוד שכללה ירי רקטות, פיגוע בעלי, שם נרצחו ארבעה בני אדם, ופרעות המתנחלים שבאו בעקבותיו.