כשבועיים אחרי הפריצה לבסיסים הצבאיים שדה תימן ובית ליד, המשטרה החליטה לפתוח בחקירת האירועים. החקירה נפתחה במחוזות המרכז והדרום בשיתוף עם מצ"ח. ההחלטה על פתיחת החקירה התקבלה ביום חמישי האחרון אחרי הערכת מצב באגף החקירות, בצל ביקורת ציבורית עזה על כך שהמשטרה "נעדרה" מהאירועים בעת שהתרחשו.