באופן חריג, ובצל הביקורת הבינלאומית, צה"ל פועל לאטום את בית החולים כמאל עדואן שבג'באליה כדי להוציאו מכל שימוש - גם לאחר סיום המבצע בסוף השבוע. בפעמים הקודמות שבהן פשט צה"ל על בתי חולים ברצועת עזה הוא אפשר לאחר המבצע את המשך הפעילות במקום, ובשיפא אף בוצעו לאחרונה שיפוצים נרחבים על ידי חמאס.
הכוחות פינו את מאות המטופלים ואנשי הצוות מהמוסד הרפואי הגדול לבית החולים האינדונזי, גם הוא בצפון הרצועה. "בית החולים הפך לבסיס טרור של חמאס. באופן מדויק ומנוטר פינינו כ-600 בלתי מעורבים ממנו עם סינון קפדני של מחבלים", מסר דובר צה"ל אחרי ההשתלטות על המקום בסוף השבוע האחרון. "לוחמי צוות הקרב של חטיבה 401, שפועלים תחת אוגדה 162 ויחידה 504, השלימו מבצע ממוקד לסיכול טרור בבית החולים כמאל עדואן. הכוחות עצרו יותר מ-240 מחבלים, 20 חוסלו ונוטרלו מטענים רבי עוצמה שהוטמנו במקום".
הכוחות שהשתלטו על בית החולים יצאו לפשיטה מהירה וחשאית, ותוך פחות משעה כיתרו את המבנה שנמצא בלב המחנה. הפעילות גררה, כאמור, ביקורת בינלאומית חריפה, העיתונים ואתרי החדשות הבולטים בעולם סיקרו את המבצע בהרחבה.
בין היתר, ב-BBC הכותרת הייתה "ישראל מפנה בכוח את בית החולים של עזה ועוצרת צוותים רפואיים״. בדיווח הודגש כי מנהל בית החולים, ד"ר חוסאם אבו ספייה שנעצר על-ידי ישראל בחשד שהוא פעיל חמאס, נעצר "מבלי לספק הוכחות" נגדו. תאגיד השידור הבריטי ציטט גם את משרד הבריאות הפלסטיני, שמנוהל בידי חמאס, באשר למספר ההרוגים באזור בית החולים נכון ליום שישי: "50 בני אדם, כולל עובדי בית החולים, נהרגו בהפצצות מהאוויר".
ב"ניו יורק טיימס" נכתב בכותרת כי "צה״ל הכריח חולים וצוותים רפואיים לעזוב בית החולים בצפון רצועת עזה". אחות שעובדת בבית החולים אמרה לעיתון האמריקני כי חיילים ישראלים אמרו לעובדות ולמטופלות לעזוב את בית החולים, מבלי לתת מיד את אותה ההוראה לגברים.
המרכז הרפואי "שיפא", בית החולים המרכזי בעזה שכאמור שופץ לאחרונה, עבר את הפשיטה הרחבה והמשמעותית ביותר במהלך המלחמה, שבמסגרתה חוסלו בסביבתו יותר מ-200 מחבלים ומאות נוספים נעצרו. בחודש ספטמבר, חמישה חודשים אחרי שכוחות צה"ל עזבו את בית החולים, נפתחה מחדש מחלקת מיון במרכז הרפואי, שבה הוחזקו ואף נרצחו חטופים. בית החולים פועל כיום באופן חלקי.
המבנים בבית החולים שיפא שימשו כנכסי חירום לחמ"ל מבצעים של חטיבת העיר עזה של חמאס. בנוסף, בזמן הלחימה פונו אמל"ח ואמצעים נוספים לקומות התת-קרקעיות של בית החולים. במסגרת פעילות צה"ל במרחב בית החולים אותרו בין היתר אמצעי לחימה רבים בבניין ה-MRI שבקומפלקס בית החולים, וכן פיר מנהרה מבצעית לצד טנדר עמוס אמל"ח. בנוסף, במחלקת הלב נמצאו מחסן אמל"ח, תחמושת וחדר חקירות. במחלקת הפיזיותרפיה נמצאו מטעני חבלה, ובבניין הקטארי נמצאו מטען חבלה נוסף ומכשירי קשר.