הוא סייע בתיאום פיגועי 11 בספטמבר לפני 21 שנה, שבהם נהרגו יותר מ-3,000 בני אדם. הוא תכנן את המתקפה על המשחתת האמריקנית קול בתימן בשנת 2000, שבה נהרגו 17 מלחים אמריקנים. הוא הורשע בארצות הברית על מעורבותו במתקפת הטרור המשולבת על שגרירויות ארצות הברית בקניה ובטנזניה ב-1998, מתקפה שבה נהרגו 224 בני אדם. ביום ראשון הוא חוסל על ידי מל"ט אמריקני.
איימן א-זוואהירי, יד ימינו בעבר של אוסמה בן לאדן ומנהיג אל-קאעידה מאז חיסולו של בן לאדן לפני 11 שנה, חוסל בקאבול - בפעולה האמריקנית הידועה הראשונה באפגניסטן מאז נסיגת כוחות ארצות הברית מהמדינה בשנה שעברה. א-זוואהירי היה ברשימת הטרוריסטים המבוקשים בעולם של ה-FBI, מאז פרסום הרשימה לראשונה באוקטובר 2001, ועל ראשו הציבה ארצות הברית פרס של 25 מיליון דולר.
א-זוואהירי, בן 71, נולד במצרים למשפחה משכילה מהמעמד הגבוה. אביו היה פרופסור לפרמקולוגיה וסבו היה האימאם הגדול של מסגד אל-אזהר. הוא סיים את לימודי הרפואה ב-1974 והמשיך לתואר שני. כבר אז היה מעורב בפעילות האחים המוסלמים.
כאשר ארגון הג'יהאד האיסלאמי המצרי נוסד ב-1973, א-זוואהירי הצטרף לשורותיו. הוא היה בין 301 העצורים לאחר ההתנקשות בנשיא אנואר סאדאת ב-1981.
א-זוואהירי זוכה במשפט, אך שהה שלוש שנים במאסר בגין החזקת אקדח ללא רישיון. לאחר ששוחרר הגיע לפקיסטן, ושם פעל עם הסהר האדום בטיפול בפצועים מהמלחמה באפגניסטן. בשנות השמונים, בפשוואר שבפקיסטן, פגש א-זוואהירי בבן לאדן. "איימן לבן לאדן הוא כמו המוח לגוף", אמר מונתסר א-זיאת, עורך דין מקהיר שייצג את א-זוואהירי בעבר.
ב-1993 עמד א-זוואהירי בראש ארגון הג'יהאד המצרי. ב-1999 דן אותו בית המשפט במצרים למוות בהיעדרו. הוא הואשם כאמור גם במעורבות בפיגועים בשגרירויות ארה"ב בקניה וטנזניה, ב-1998. ימים ספורים לאחר הפיצוצים הוא הכחיש זאת בשיחת טלפון עם עיתונאי פקיסטני, אך קרא למוסלמים להמשיך בג'יהאד נגד האמריקנים והיהודים.
שעה לאחר מכן פגעו טילים במחנות אימונים של אל-קאעידה באפגניסטן. הן בן לאדן והן א-זוואהירי נמלטו ללא פגע. על פי דיווחים שונים, רעייתו של א-זוואהירי ושלוש מבנותיו נהרגו בהפצצה על העיר קנדהאר בדצמבר 2001. מאז הופיע א-זוואהירי באופן קבוע בסרטונים או בהודעות מוקלטות שמתחו ביקורות על המלחמה בעיראק והיללו את הטליבאן ואת פעולות ההתאבדות.
בנובמבר 2008 כינה א-זוואהירי את נשיא ארצות הברית דאז ברק אובמה "כושון הבית", כינוי גנאי של עבדים שחורים שגילו נאמנות כלפי מעבידיהם הלבנים. שנה אחר כך שב ותקף את אובמה ואמר כי הוא אינו שונה מקודמו בתפקיד, ג'ורג' בוש. "אובמה ממשיך במדיניות של קודמיו – שקר ומכירת אשליות", אמר אז.
הסרטון האחרון שבו נראו א-זוואהירי ובן-לאדן יחדיו שודר באל-ג'זירה בספטמבר 2003. הם נראו אז צועדים בנוף הררי, קוראים לג'יהאד ומשבחים את המחבלים שביצעו את המתקפה ב-11 בספטמבר. בסרטון שפורסם לאחר המתקפה, כינה אותה א-זוואהירי "ניצחון גדול" שהושג הודות לאלוהים.
בעשור האחרון התמודד א-זוואהירי עם עליית דאעש, ולאחר שארגונו איבד את ההגמוניה בקרב האיסלאמיסטים הקיצוניים יצא בקלטת ב-2017 נגד "מסע השקרים" של דאעש ומנהיגו דאז, אבו בכר אל-בגדדי.
בשנה שעברה פרסם אל-קאעידה סרטון של א-זוואהירי לציון 20 שנה לפיגועי 11 בספטמבר, שאחת ממטרותיו הייתה להפריך את השמועות על מותו של א-זוואהירי. מאז 2020 נפוצו שמועות שלפיהן א-זוואהירי מת ממחלה כלשהי, שמועות שהוכחו הלילה כשקריות.