בג"ץ קיבל את עתירת האגודה לזכויות האזרח בנוגע להחזקת המחבלים הכלואים במחנה "שדה תימן", וקבע פה אחד כי על המדינה לפעול בהתאם לתנאי הכליאה הקבועים בחוק. השופטים קבעו כי על החזקת האסירים "לעמוד בדרישות הדין" - כלומר, להיעשות בהתאם לחוק שחוקקה הכנסת ובהתאם לתקנות שהתקין שר הביטחון, והוציאו צו המדגיש את מחויבות המדינה לכך. במקביל, בג"ץ לא דן בסוגיית ביקורי הצלב האדום אצל העצורים במסגרת העתירה, אך ידון בה במסגרת עתירה אחרת.
מאז טבח 7 באוקטובר ופרוץ מלחמת "חרבות ברזל" נעצרו ונכלאו בישראל אלפים מתושבי רצועת עזה שחשודים בפעולות טרור ובפעולות איבה נגד המדינה. עקב הצורך לתת מענה להחזקת מספר הכלואים הגדול, שר הביטחון יואב גלנט הכריז ב-8 באוקטובר אשתקד על בסיס שדה תימן כמתקן כליאה ללוחמים בלתי חוקיים, בהתאם להוראות חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים משנת 2002. במסגרת העתירה, שהוגשה בחודש מאי, העותרים טענו כאמור כי המדינה מפירה "באופן שיטתי ומתמשך" את תנאי הכליאה שמעוגנים בחוק.
במסגרת הדיונים שהתקיימו בעתירה, המדינה הבהירה כי על רקע המספר חסר התקדים של החשודים שנעצרו במהלך המלחמה, ולנוכח מצוקת הכליאה בבתי הסוהר, הכלואים הוחזקו בשדה תימן לפרק זמן ממושך, בניגוד לייעודו המקורי. בהמשך המדינה עדכנה על כמה צעדים שנקטה במטרה להחזיר את המחנה לייעודו המקורי, כמתקן כליאה לשהייה זמנית קצרת-טווח, לצורכי חקירה ומיון בלבד. בהתאם, במהלך התקופה שבה העתירה הייתה תלויה ועומדת, חלה הפחתה הדרגתית בכמות הכלואים המוחזקים בשדה תימן, כאשר חלקם, לפי שיקול דעת הרשויות, העוברו למתקני כליאה אחרים.
בנוסף, המדינה פירטה על פעולות שננקטו לשיפור התשתיות במתקן ולהתאמתן לנדרש בתקנות. עוד במסגרת העדכונים שהגישה המדינה תוארה הנחיית ראש הממשלה שלפיה על שב"ס וצה"ל למצוא פתרון מיידי להעברת הכלואים הוותיקים (הנמצאים בשדה תימן במשך יותר מ-14 ימים) למתקני הכליאה הקבועים, וכי בנושא הפתרון ארוך הטווח – על השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר, בתיאום עם משרד האוצר, להביא בדחיפות הצעה כוללת ליצירת אלפי מקומות כליאה חדשים, לרבות לוחות זמנים למימוש ותקציב לביצוע.
פסק הדין העיקרי נכתב על-ידי ממלא מקום נשיא בית המשפט העליון, עוזי פוגלמן, שהבהיר כי במוקד העתירה ניצבת השאלה האם מוטלת על המדינה החובה לפעול בהתאם לחוק וכן לתקנות שקבע השר גלנט. לפי פסק הדין, הובהר כי "התקנות קובעות מתווה יסודי ומפורט לעניין מהותם וטיבם של תנאי הכליאה במתקן כליאה שהוכרז מכוח החוק. עמדת המדינה בעניין זה הייתה כי היא מקיימת את עיקר התנאים שקבועים בתקנות. בהקשר זה הובהר כי המדינה מחויבת לקיים את מלוא הוראות הדין שהיא עצמה קבעה".
השופט פוגלמן הבהיר כי נקודת המוצא היא שגם בימים של מלחמה, על המדינה לפעול במסגרת הדין. בפסק דינו הוא הדגיש כי "ההגנה על שלטון החוק – גם בימים של מלחמה קשה – היא הביטוי המובהק לשוני בין מדינה דמוקרטית שנלחמת על נפשה, לבין ארגוני הטרור שמבקשים לכלותה". כך, נקבע כי על החזקת הכלואים במתקן "שדה תימן" לעמוד בדרישות הדין (בכפוף לכך שפסק הדין לא נדרש לסוגיות הנדונות במסגרת עתירות אחרות, ובפרט לסוגיה של ביקורי הצלב האדום).
מאחר שהביקורת השיפוטית נוגעת לאירועים עתידיים, ולאור השינוי המשמעותי בתנאי הכליאה בשדה תימן בתקופה שבה נידונה העתירה, הן מבחינת צמצום כמות הכלואים והן מבחינת תשתיות המתקן, השופטים לא נדרשו להכריע בנוגע לטענות העובדתיות הקשות שהועלו בעתירה. בפסק הדין הובהר כי "יש להניח שטענות עובדתיות אלה ידונו בין היתר על-ידי מנגנוני ביקורת אחרים".
השופטים עופר גרוסקופף ודפנה ברק-ארז הצטרפו לפסק דינו של מ"מ נשיא בית המשפט. ברק-ארז הוסיפה כי "בניגוד לארגוני הטרור, מדינת ישראל היא מדינת חוק, וגם בזה כוחה".
מהאגודה לזכויות האזרח נמסר: "בתקופה זו בג"ץ נדרש לפסוק גם את המובן מאליו – על המדינה לעמוד בהוראות החוק. אסור לה להתעלל בעצורים, להרעיב אותם ולהחזיק אותם בתנאים לא אנושיים".