שני סרטונים שלו פורסמו מהשבי, אחד בדצמבר והשני בינואר, אבל 183 ימים אחרי שנחטף מניר עוז הודיעו צה"ל ושב"כ: אלעד קציר נרצח בשבי, וגופתו חולצה והוחזרה לישראל. גופתו של אלעד בן ה-47 - שאביו אברהם נרצח ב-7 באוקטובר ואמו חנה נחטפה גם היא וכבר שוחררה - חולצה מחאן יונס במבצע של עוצבת הקומנדו, בהכוונת שב"כ ואמ"ן. בצבא מעריכים כי נרצח על ידי שוביו באמצע חודש ינואר, וגופתו הייתה קבורה כשנמצאה על יד הכוחות בחאן יונס.
בהודעה משותפת שפרסמו צה"ל ושב"כ, נאמר כי לפי המידע המודיעיני שהתקבל הוא נרצח בשבי. "גופתו אותרה באמצעות מידע מודיעיני של אמ״ן ושב"כ וזיהוי מדויק של יחידת אגוז. לאחר הליך זיהוי שבוצע הלילה על ידי גורמי רפואה במכון לרפואה משפטית, נציגי צה״ל ושב"כ הודיעו למשפחתו של אלעד קציר ז״ל על חילוץ גופתו".
המבצע לחילוץ הגופה יצא לפועל אחרי שכוח איסוף משולב של חטיבת הקומנדו זיהה בשבוע האחרון סממנים לגופת קציר, בעקבות מודיעין ראשוני שהגיע לצה"ל בנושא. המודיעין הסופי הגיע אתמול, ובהתאם התארגן הכוח תוך שעות אחדות. לאחר וידוא הסממנים הוכנו שני כוחות: עיקרי של מגלן ואגוז ושל המעטפת מגדוד 82 של חטיבה 7 ומסיירת הצנחנים שאפשרו את בידוד המרחב.
לאחר מכן הוכנס הכוח העיקרי בפיקוד מפקד מגלן עד ליעד. המבצע נערך לילה שלם בחלק הדרומי של חאן יונס ליד מחנה הפליטים. הגופה נמצאה כאמור כשהיא כבר קבורה, בתוך מתחם לחימה בשטח בנוי וצפוף. ההגעה ליעד כללה לחימה עם מחבלים, והכוח פעל במהירות ובליווי אווירי. במעגל הפנימי שבו הוחזקה הגופה לא הייתה היתקלות.
על הירצחו של אלעד וחילוץ גופתו הודיעה כמה דקות לפני צה"ל אחותו, כרמית פלטי-קציר. "קיבלנו בשורות קשות. אלעד הובא הלילה לישראל, אחרי שנרצח בשבי. במציאות הנוראית שיצרו לנו, גם זו נחמה. יהיה לאלעד קבר בניר עוז. אנחנו לא נישאר בחוסר וודאות", כתבה האחות.
היא מתחה ביקורת קשה על התנהלות הממשלה, והזכירה את שני הסרטונים שלו שפורסמו מהשבי: "ניתן היה להציל אותו לו עסקה הייתה קורית בזמן. המנהיגות שלנו פחדנית ומונעת משיקולים פוליטיים ולכן זה לא קרה". לדבריה, "הוא אולי יוכר כנפגע פעולות איבה אבל המונח המדויק הוא 'נפגע פעולות הפקרה'. הוא הופקר ב-7.10 והופקר 183 ימים בשבי, בהם ניתן היה להחזירו בחיים.
בציטוט מתוך השולחן ערוך כתבה: "'כל שמאחר לפדות השבויים היכן שאפשר להקדים, כאילו שופך דמים'. ראש הממשלה, קבינט המלחמה וחברי הקואליציה - תסתכלו על עצמכם במראה ותגידו אם ידיכם לא שפכו את הדם הזה. יש לכם עוד 133 חטופים לפדות, עולמות להציל". לסיכום כתבה בהספד שלה: "אלעדי - יהי זכרך צחוק, חיבוק ושמחה, שדות ואדמה. לא ככה הסיפור שלך ושלנו היה צריך להסתיים. סליחה שלא הצלחנו להציל אותך. אוהבת אותך לנצח, כרמן".
כרמית נאמה רק ביום ראשון האחרון בעצרת הענק בירושלים, עצרת שבה גם קראו בני משפחות חטופים להחלפתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו. היא אמרה אז כי אמה חנה "מתחננת בכוחותיה המועטים רק לאדם אחד - לרה"מ - שיחזיר לה את בנה אלעד שנמצא בשבי", והוסיפה: "לא האמנתי בשום תרחיש שאצטרך להילחם על זכותם של אחי ואמא שלי, על זכותם של החטופים, לחזור הביתה. לא האמנתי שכמעט שישה חודשים אחרי אני עדיין צריכה להיאבק עם גורמים בממשלה או בציבור על זכותו של אחי לחזור בחיים או לחזור בכלל".
בר חפץ מקיבוץ נירים, חברו של אלעד, אמר בעקבות הבשורה על הירצחו: "בשנים האחרונות כל פעם שנפגשנו רבנו על פוליטיקה. אלעד אולי נרצח על ידי מחבלי הג'יאהד, אבל הופקר פעמיים על ידי מדינת ישראל, פעם ראשונה ב-7 באוקטובר כאשר כוחות הצבא הגיעו לניר עוז שעות אחרי שהוא נחטף משם, ופעם שנייה בחצי שנה האחרונה. יש סרטונים שלו חי בשבי, וזו המשמעות של עסקה שלא נעשית - תחזירו אותם כבר לפני שיהיו רק ארונות".
בעקבות פעולת החילוץ, ההערכות הן שמוחזקים כעת ברצועה 133 חטופים - ומתוכם לפחות 34 אינם בין החיים. אלעד קציר נחטף כאמור מניר עוז, שם עבד בגידולי שדה וכמנהל ענף ההשקיה. מאז שנחטף פרסם הג'יהאד האיסלאמי שני סרטונים שלו בשבי, שנתנו שניהם אות חיים למשפחתו: אחד ב-19 בדצמבר והשני ב-8 בינואר.
אמו של אלעד, חנה (76) נחטפה גם היא ושוחררה בעסקת החטופים ב-24 בנובמבר. היא אושפזה אחרי השחרור במצב קשה, ועדיין מטופלת בבית החולים. אביו אברהם נרצח כאמור ב-7 באוקטובר. בטבח בניר עוז נרצחו עשרות מתושבי הקיבוץ. תחקיר "7 ימים" חושף עדויות, סרטונים ומסמכים, שקובעים חד-משמעית: בצבא ידעו על הטבח בקיבוץ בזמן אמת, והיו גם מספר הזדמנויות לכוחות להגיע לשם ולהילחם. עם זאת, כוחות הביטחון הגיעו לניר עוז רק אחרי שהמחבלים כבר עזבו.
בהודעת צה"ל ושב"כ בצהריים נאמר: "המשימה הלאומית שעומדת לנגד עינינו היא השבת כל החטופים הביתה. צה״ל ושב״כ פועלים באופן צמוד ובתיאום מלא עם הגופים הלאומיים והביטחוניים הרלוונטיים לצורך עמידה במשימה זו, ולא נרפה עד להשלמתה".