מסמך פנימי 'שגובש בפיקוד המרכז' מצביע על בעייתיות ופערים הקיימים בכל הקשור לטיפול בפשיעה לאומנית של יהודים, בשל הנחיה שנתן השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר למחוז יהודה ושומרון (ש"י). כך פרסמה אילנה דיין.
מנגד, במחוז ש"י הכחישו את הטענות בתוקף, ואמרו כי לא התקבלה שום הנחיה שלפיה אין לאכוף את אירועי הפשיעה הלאומנית ביהודה ושומרון.
במסמך נטען כי אין טיפול ו"רגל מסיימת" בכל הקשור לפשיעה לאומנית, והובאה בו דוגמה של מקרה שבו יהודי שירה בפלסטיני ופצע אותו באורח קשה, שוחרר כעבור 20 דקות של חקירה. בנוסף, צוין במכתב כי מחוז ש"י הפנה למקומות אחרים את כלל הגורמים והמשאבים שהיו אמורים להיות מוקצים לטובת הטיפול בפשיעה לאומנית.
גורמים ביטחוניים הסבירו כי בחלק מהמקרים שבהם מפכ"ל המשטרה רב-ניצב יעקב שבתאי היה מעורב, נראה כי "העניינים עובדים ושתהליכי החקירה מתקדמים". בסיכומו של המסמך נכתב כי במצב הנוכחי אין לאלוף פיקוד המרכז יהודה פוקס את הכלים לטפל בפשיעה מסוג זה.
מתחילת המלחמה ועד כה חלה ירידה של 50% בתקריות המוגדרות "אירועי פשיעה לאומנית" לעומת התקופה מקבילה אשתקד. בנוסף, ישנה עלייה של כ-30% בכמות התיקים שנפתחו בפעילות משותפת של המשטרה, צה"ל ויתר גופי הביטחון.