משרד החינוך הפלסטיני האשים הבוקר (חמישי) כי חיילי צה"ל נכנסו לבית ספר בכפר לובאן א-שרקייה שבשומרון, ושם הסירו את דגל פלסטין והניפו במקומו את דגל ישראל. בהמשך החליפו הפלסטינים את הדגל שוב. מתחקור ראשוני של צה"ל עלה כי חיילים לא שהו בכפר הזה בלילה, אולם נבדקת טענת הפלסטינים לפיה הפעולה נעשתה בידי חיילים בכל זאת.
התקרית התרחשה בתיכון לבנות של לובאן א-שרקייה. בית הספר נמצא על כביש 60, שבו נוסעים אזרחים ישראלים, וייתכן שהפעולה נעשתה גם בידי מתנחלים במסגרת פעילות תג-מחיר. הכפר לובאן א-שרקייה נמצא סמוך להתנחלות עלי ולא הרחק גם משילה.
לפי הודעת צה"ל, הצבא פעל הלילה בשורת מוקדים בגדה. בסך הכול נעצרו 15 מבוקשים והוחרמו אמצעי לחימה, ובמקביל נעצרו שלושה מבוקשים במבצע מעצרים בג'נין. לפי הודעת צה"ל, לוחמים פעלו הלילה בין היתר בכפרים אבו דיס, ביתות, סילוואד, ענתא, עין, נבי צלאח, בית רימא ובעיר בית לחם. הכפר לובאן א-שרקייה, שבו הוסר דגל פלסטין, לא היה בין הכפרים שבהם פעלו הכוחות לפי הודעת צה"ל.
בחילופי אש במסגרת מבצע המעצרים בג'נין החלו חילופי אש בין הלוחמים לבין חמושים פלסטינים, ושלושה מהם נהרגו. לא היו נפגעים בקרב הלוחמים. כוחות צה"ל יצאו ממחנה הפליטים כששלושת המבוקשים בידיהם. בפעולה השתתפו מסתערבים, לצד לוחמים מיחידות מובחרות של צה"ל.
ממשרד הבריאות הפלסטיני נמסר כי החמושים שנהרגו הם טארק אלדמג', סודקי זקארנה, ועטא שלבי (46), תושב קבאטיה. עוד דווח בקרב הפלסטינים כי אמבולנס ניזוק מירי של כוחות צה"ל. בחטיבת ג'נין טענו כי "הלוחמים שלנו ניהלו עימות אלים עם כוח דובדבן, שנמלט".
בצה"ל מודעים לתקלת נפילת שני תצלומי אוויר של הכוח שפעל הלילה בג'נין, שהגיעו לידיים פלסטיניות. התצלומים כללו מספורים של מבנים ויעדים בפעולה, ואת שם אחד המבוקשים שנעצר, לצד השמות המבצעיים של צירי הסביבה שבה פעל הכוח. התצלומים ככל הנראה נפלו ללוחם ימ"ס איו"ש. בתצלומים נכתבו בערבית המילים "תמיכה, צלפים ויחידות מיוחדות". מהמשטרה נמסר כי האירוע יתוחקר, ויופקו לקחים בהתאם.
המטרה של המבצע בג'נין, שבו השתתפו גם שב"כ, ימ"ס איו"ש ומג"ב, הייתה לעצור את חאלד א-היג'א, המבוקש במעורבות בפעילות טרור. "במהלך הפעילות, חשודים השליכו מטענים וירו ירי מדויק לעבר הלוחמים, שהגיבו בירי", נמסר. "הכוחות פעלו תחת ירי מדויק של חשודים במרחב והשיבו בירי, זוהו פגיעות. כמו כן, הוחרם נשק ששימש את אחד החשודים". בנוסף נעצרו אחמד ג'ארדאת ודאג'ף באגס, החשודים גם כן בטרור.
אחד מאותם עצורים, אומרים בצה"ל, היה מעורב בהטמנת מכונית התופת שהתפוצצה במבוא דותן לפני כשבועיים וחצי, ומאז מטרידה מאוד את כוחות הביטחון. עצור נוסף היה מעורב בירי לעבר כוחות צה"ל במרחב, והשלישי הוא פעיל ג'יהאד איסלאמי שביצע כמה פיגועי ירי באזור ג'נין.