מבצע משמעותי וחריג בתוך מוסד רפואי בשומרון, שבו הסתתרו מחבלים מתוך הבנה שיוכלו להוציא אל הפועל פיגועי טרור תוך ניסיון להשתמש בבית החולים כמגן אנושי: לוחמי היחידה הלאומית המיוחדת ללוחמה בטרור (ימ"מ) חיסלו בשעות הבוקר (שלישי) המוקדמות בהכוונת שב"כ שלושה מחבלים מחמאס והג'יהאד האיסלאמי בתוך בית החולים אבן סינא בג'נין. לוחמי שב"כ נכחו גם הם בזירה לצד לוחמי צה"ל. אחד משלושת המחוסלים תכנן לבצע פיגוע בטווח המיידי בשטח ישראל בהשראת טבח 7 באוקטובר. תיעוד דרמטי של פעילות הלוחמים בבית החולים, עם נשקים שלופים, מחופשים לרופאים ואחיות ומחזיקים מנשא תינוקות:
במהלך הפעילות בבית החולים חוסל מוחמד ג'לאמנה (27), איש חמאס שלפי ההודעה המשותפת של שב"כ, המשטרה וצה"ל, ניהל קשרים מול מפקדת ארגון הטרור בחו"ל ואף נפצע בעבר כשניסה לקדם פיגוע רכב תופת. בנוסף, ג'לאמנה העביר נשקים ותחמושת לפעילי טרור לטובת קידום פיגועי ירי, ותכנן כאמור פיגוע פשיטה בהשראת אירועי פלישת מחבלי חמאס ב-7 באוקטובר.
"ג'לאמנה תכנן הוצאת פיגוע בטווח הזמן המיידי והשתמש בבית החולים כמסתור ולכן סוכל", נמסר בהודעת כוחות הביטחון על המבצע. "נמשיך לפעול מול כל איום אשר יסכן את ביטחון מדינת ישראל". בכליו של המחבל אותר אקדח. ג'לאמנה, שקיים כאמור קשרים עם חמאס חו"ל, פתח מפקדה של הארגון בבית החולים מתוך הבנה שהזירה מאפשרת לו להיות בלתי-פגיע. הוא ואנשיו ניהלו מבית החולים את פעילות הטרור בשטחי יהודה ושומרון.
יחד עם ג'לאמנה חוסלו שני מחבלים אחים שגם הם הסתתרו בבית החולים: מוחמד אלגזאוי, פעיל גדודי ג'נין של חמאס שהיה מעורב בכמה פעילויות טרור ובכלל זאת ירי לעבר כוחות צה"ל בגזרה, ואחיו באסל אלגזאוי, פעיל הג'יהאד האיסלאמי שהיה מעורב בפעילות טרור בגדה.
"זה תקופה ארוכה, מספר רב של מבוקשים מסתתרים בבתי החולים ועושים בהם שימוש כבסיס לתכנון פעילות טרור וליציאה לביצוע פיגועים, תוך שהם סבורים כי בתי החולים ישמשו להם כהגנה מפני פעילות כוחות הביטחון", נמסר בהודעה על חיסול המחבלים. "זוהי דוגמה נוספת לשימוש הציני של ארגוני הטרור במרחבים אזרחיים ובבתי החולים כמחסה וכמגן אנושי".
מבצע החיסול המורכב נוהל בחמ"ל המבצעים המיוחדים של שב"כ כשתכליתו הסרת איום. הלוחמים נכנסו לחדר ספציפי בתוך בית החולים, וחיסלו את פעיל החמאס ואת שני המחבלים הנוספים מבלי לפגוע באחרים. החיסול התבצע על-ידי כוח מסוערב של הימ"מ, שנכנס לבית החולים בשעה 5:30 ובשעה 5:40 כבר סיים את פעולתו.
מודיעין מדויק, שהתקבל אצל כוחות הביטחון לפני הפעילות, אפשר את הפעולה התקדימית. מחבלים רבים משתמשים בבית החולים אבן סינא כמקום מסתור, ומשטחו נעשה בעבר שימוש בירי, השלכת מטענים ויידוי אבנים ובקבוקי תבערה. "אין ערי מקלט באיו"ש ולא יהיו - שכל מחבל יידע את זה", אמר גורם ביטחוני. "היד של צה"ל ושל מערכת הביטחון תגיע לכולם".
בבית החולים סיפרו כי כ-10 חיילים שהתחפשו לרופאים ואחיות ולנשים פלסטיניות, הסתננו למקום, עלו לקומה השלישית והתנקשו בחיי המחבלים באמצעות אקדחים עם משתיק קול. עדי ראייה סיפרו כי ירי כבד נשמע בסביבת בית החולים אבן סינא לאחר הסתערות הכוחות הישראליים. בבית החולים אבן סינא אמרו: "שלושה צעירים נרצחו הבוקר מירי כוחות הכיבוש, שהסתערו על בית החולים בג'נין וירו בהם בתוך מחלקותיו".
במקביל לחיסול, חטיבת מנשה פעלה במהלך הלילה לסיכול טרור במחנות הפליטים בטול כרם ונור א-שמס. הכוחות חשפו צירים לזיהוי מטענים וניהלו חילופי אש עם מחבלים. לא נמסר על נפגעים בקרב כוחות הביטחון.
המחבלים ברחבי הגדה המערבית נוטים להשתמש בבתי חולים לצורך מחסה מכוחות צה"ל. כך למשל, בחודש דצמבר, התלווה כתב ynet ו"ידיעות אחרונות" לכוחות שפעלו בג'נין, וראה כיצד חמושים ממחנה הפליטים נמלטים אל תוך בית החולים אבן סינא ומשתמשים במטופלים בו כמגן אנושי, מתוך הבנה שצה"ל לא ייכנס פנימה.
גורם ביטחוני תיאר אז תקרית שבה כיתרו כוחות של אוגדת איו"ש את בית החולים, ותפסו מבוקש בכיר כשהוא באמבולנס - ממש בכניסה לבית החולים, אבל לא בתוכו. לדברי אותו גורם, "הם חשבו שלא נגיע לשם. זו אותה פרקטיקה שאנחנו מכירים מארגוני הטרור. יורים מלב אזרחים ומסתתרים בבתי חולים".
בית החולים אבן סינא נחשב לגדול וחדש יחסית, וממוקם מחוץ למחנה הפליטים ג'נין - לא רחוק מאחת הכניסות לעיר. כאמור, כבר שבועות ארוכים שצה"ל זיהה את השימוש בבית החולים לצורך מחסה, כשעד כה נזהרו הכוחות מלפעול בתוכו. הפעולה הלילה הייתה כירורגית במיוחד וממוקדת לחדר שבו הסתתרו שלושת המחבלים.