אהוד ברק אמר אמש (בין שני לשלישי) בריאיון לרשת CNN, כי בשנות ה-80 ישראל שיפצה חלקים מבית החולים שיפא והוסיפה בו חלקים תת-קרקעיים, שבהם לפי דובר צה"ל נמצא אחד ממרכזי הפיקוד הגדולים של חמאס.
"זה ידוע כבר הרבה שנים שהבונקרים האלו נבנו על ידי קבלנים ישראלים מתחת לשיפא וחמאס עשה בהם שימוש לצרכיו והפך אותו למרכז פיקוד שלהם", אמר ברק. "לפני כארבעה עשורים המקום היה בניהולנו, אז אנחנו עזרנו להם. אנחנו עזרנו להם לבנות את הבונקרים האלה במטרה שיהיה יותר מרחב לכל האופרציה של בית החולים".
ברק גם התייחס לכניסה של ישראל לבית החולים אחרי שסיפק התראות רבות שמתכוון לעשות כך בשבועות שלפני, וטען שזו אחת הסיבות שלא מעט מההוכחות לקיומה של אותה מפקדה נעלמו.
"אנחנו דאגנו לא לפגוע בפעילות של בית החולים, והזהרנו במשך ימים רבים שאנחנו הולכים לבוא לשם", הוא אמר. "ואז הגענו, קרוב מאוד, מאוד בזהירות, במטרה להימנע מאבידות, בין אם אלו רופאים, מטופלים או האחיות שם. אז כתוצאה מכך לחמאס היה את כל הזמן בעולם כדי לנסות לנקות את זה, כדי לנסות למחוק את זה, כדי לנסות שזה לא ייראה כך. כשאנחנו נכנסנו לשם זה היה נראה כאילו שזה היה בשימוש, אבל אנחנו בטוחים שבמשך שנים נעשה במקום שימוש כעמדת פיקוד עיקרית או לא עיקרית של פעולות חמאס בחלק הצפוני של עזה".
עם זאת, וכפי שקרה גם עם הדיווח של "הארץ" על כך שמסוקי קרב פגעו בכמה מהמבלים במסיבת הטבע, ברשתות הערביות מיהרו לסלף את דבריו של ברק - ולטעון שמדובר בהוכחה לכך שחמאס לא בנה מנהרות טרור מתחת לבית החולים. שר החינוך יואב קיש האשים בעקבות זאת: "הנזק שעושה אהוד ברק לישראל ולמאמץ המלחמתי בראיונות לתקשורת הזרה, הוא בלתי נתפס. אם הוא לא מתכוון לעזור, שלפחות לא יזיק".
מטעמו של ברק נמסר בהמשך כי "דבריו של ברק בראיון ב-CNN שובשו על ידי גורמים ערביים לצורכי תעמולה".
"ברק נשאל 'באיזו מידה הצליחה ישראל להוכיח כי הבונקרים מתחת לשיפא שימשו כמפקדה עיקרית של חמאס'. הוא השיב כי ידוע מזה שנים שבתוך הבונקרים יש מפקדה של חמאס, וכי ידוע לנו שמשתמשים בה גם בעימות הנוכחי, ושהיא צומת של מנהרות במערכת שלהם. ברק הדגיש שמפקדות כאלה קיימות גם מתחת לבתי חולים אחרים ובנקודות רגישות דומות ברצועה. ברק הזכיר עובדה, ידועה גם היא, שלפני עשרות שנים, כשישראל הייתה אחראית לאזור, נבנו הבונקרים בשיפא כחלק מהרחבת יכולות האשפוז של בית החולים".