שיתוף פעולה של כוחות הביטחון הביא הלילה (בין חמישי לשישי) לנטרול מהיר של המחבל שדרס ופצע קל שלושה לוחמי משמר הגבול בכפר קאסם. על רקע המשך חקירת הפיגוע, מתברר כי בקרב השוטרים ולוחמי מג"ב שהיו מעורבים בנטרול המחבל גם קצין משטרה שאביו השוטר שנחטף ונרצח ב-1992 וקצין מג"ב שקיבל ב-2017 את צל"ש המפכ"ל בעקבות נטרול מחבל בפיגוע בירושלים.
פקד שי טולדנו, שפיקד על כוח המשטרה בנטרול המחבל בכפר קאסם, הוא בנו של לוחם מג"ב רב-סמל בכיר ניסים טולדנו ז"ל, שבדצמבר 1992 נחטף ונרצח על-ידי חוליה של חמאס. ארגון הטרור דרש אז את שחרורו של מנהיג חמאס אחמד יאסין בתמורה לשחרור טולדנו, אך לבסוף השוטר נרצח על-ידי חוטפיו.
כוח המשטרה בפיקודו של הבן שי היה זה שהותקף על-ידי המחבל נעים מחמוד בדיר (23) באמצעות השלכת בקבוקי תבערה וניסיון דריסה. "בסביבות 1:00 בלילה קיבלנו אירוע בתחנת כפר קאסם, אדם התקשר ומודיע על אלימות", שחזר פקד טולדנו. "ניידת סיור יצאה למקום, יצרה קשר ראשוני עם המודיע שהתחיל בהכוונה של הניידת למקום האירוע. הניידת התקדמה למקום, באותו זמן מקבלים דיווח על בחור חמוש שבורח למבנה.
"כמפקד תורן אני מיד מקפיץ למקום כוחות מכלל הגזרה. כולנו ביחד מתקדמים למקום האירוע. הניידת ממשיכה לתת דיווחים שוטפים שהאירוע מסלים וממשיכים לזרוק בקת"בים על השוטרים. מאותו רגע אנחנו מבינים שזה עובר לאירוע פח"עי, שהמוכנות שלו שונה לחלוטין. אנחנו פורקים ומבצעים ירי לעבר אותו מפגע ותופסים מחסה כדי לכתר את המבנה. בזמן ההמתנה המפגע יורד למטה, עולה על רכב ומתחיל לנסוע בצורה פרועה, פוגע ברכב שעמד במקום ואותו רכב עף על לוחמי מג"ב שחשים סכנה ממשית. הם כמובן מבצעים ירי על אותו מחבל".
בנטרול המחבל הלילה בכפר קאסם היה מעורב גם לוחם משמר הגבול מפקח נ', שחיסל ביוני 2017 את המחבל שרצח את רב-סמל ראשון הדס מלכא ז"ל בפיגוע המשולב באזור השער העתיקה בירושלים. בעקבות פעולתו ההרואית לחיסול המחבל לפני חמש שנים, קיבל נ' את צל"ש המפכ"ל. גם לוחמת מג"ב מלכא קיבלה את עיטור הצל"ש אחרי נפילתה.
מפקח נ', שנמנה עם שלושת הלוחמים שנפצעו קל בפיגוע הלילה בכפר קאסם, סיפר: "אני מקבל דיווח מקצין המשמרת שיש זריקות חפצים ובקת"בים לעבר הכוח בכפר קאסם. הכוח הגיע במהירות למקום האירוע, ואז ביצעתי הערכת מצב ראשונית. בשלב זה זיהיתי בקבוקי תבערה שנזרקים לעבר הכוח, כמו גם אבנים וסלעים ממרפסת.
"זיהיתי רכב יוצא מסמטה ודוהר ברוורס לעבר הכוח ומסכן אותו באופן ישיר, כשהרכב פגע בעוד רכב. בשלב זה הכוח ביצע נטרול של אותו מפגע. כתוצאה מהפגיעה של הרכב עפתי כמה מטרים אחורה. התעשתי על עצמי ביחד עם שני לוחמים והמשכנו לטפל באירוע. אנחנו רואים שהרכב מגיע בצורה מסוכנת במטרה לדרוס את הלוחמים והם הגיבו בנחישות ומנעו פיגוע גדול יותר".
במשטרה ובשב"כ מייחסים מניע לאומני לבדיר אף שאין לו עבר פלילי והוא לא מוכר למשטרה. לפי הערכות ראשוניות במערכת הביטחון, מדובר בפיגוע מובהק על רקע לאומני. לאחר איסוף כל הממצאים בזירה, נקבע כי הם מעידים על תכנון מוקדם וקפדני של המחבל. קרוביו מתושאלים על-מנת לבדוק אם ידעו או היו מעורבים בכוונותיו, אך לפי הערכה ראשונית הוא פעל לבד, ייתכן על רקע משבר משמעותי בחייו. גם בשב"כ ציינו כי למחבל אין רקע ביטחוני קודם.
בהודעות הראשוניות על אודות האירוע, ציינו במשטרה כי בתקרית הלילית היו "חילופי אש" ו"ירי" מצידו של בדיר לעבר לוחמי מג"ב, אולם מפכ"ל המשטרה רב-ניצב יעקב שבתאי אישר בהמשך כי למחבל היה מעצור בנשק. "ברגע שמגיעים לטווח של בערך שלושה מטרים, הוא מנסה לפתוח באש לכיוונם, למזלנו הירי לא צלח כתוצאה ממעצור והוא נמלט למבנה. מהשלב הזה נוצר אירוע שהמחבל משליך בקבוקי תבערה לעבר הניידת", אמר המפכ"ל שבתאי בזירה בכפר קאסם.
המפכ"ל התייחס בדבריו גם לדיווח של המחבל למוקד המשטרה לפני שביצע את המיוחס לו. "משטרת ישראל מוזעקת לאירוע של אלימות במשפחה", תיאר שבתאי, "ניידת מגיעה בפחות משלוש דקות לזירה כשהיא מוכוונת על-ידי אותו מפגע שמכווין את הכוחות לנקודה שתכנן מראש".
מפקד מג"ב ניצב אמיר כהן אמר ללוחמים: "לשמחתנו הרבה הגבתם, גם עם הפקודות שנתתם, יפה מאוד. זה מה שאנחנו מצפים מכם, בשביל זה אנחנו מאמנים אתכם. זו הכשירות שאנחנו דורשים וזה גם אירוע ראשון של החטיבה לביטחון פנים מאז שהקמנו אותה, שמצליחה לתת מענה לאירוע ביטחוני. ישר כוח, הרווחתם את סוף השבוע הזה ביושר. תלכו לנוח ולא לשכוח 'ברכת הגומל'".