בית החולים שיפא בעזה הפך לאחת המטרות בעיר עזה שאותן סימן צה"ל. דובר צה"ל תת-אלוף דניאל הגרי הציג הוכחות שמהן עולה כי מפקדת הטרור המרכזית של חמאס ממוקמת מתחת לבית החולים, שם כמה מתחמים תת-קרקעיים שמשמשים את ראשי חמאס - וגם מנהרה שמאפשרת כניסה אליהם.
בלילה דיווחו הפלסטינים על תקיפות אוויריות בסביבת בית החולים, ועל "עימותים מתמשכים" סביבו. צה"ל חשף אמש הקלטה שבה נשמע גורם ישראלי מציע להעביר דלק למטרות רפואיות דחופות בשיפא, אבל חמאס מצידו מנע את קבלתו. בארגון טרור הכחישו את ההאשמה הישראלית – שגובתה בהקלטה – ולפיה מחבליו מנעו העברת דלק לבית החולים בלילה הקודם, וטענו כי הכמות שעליה דיבר צה"ל, 300 ליטר, ממילא לא הייתה מספיקה לזמן רב.
בינתיים, שמונה גורמי מודיעין וגורמים בצה"ל בהווה ובעבר, תיארו בשיחה עם ה"ניו יורק טיימס" מה סבור צה"ל שימצא מתחת לבית החולים שמשמש מפקדת חמאס. לפי הגורמים, מחבלי חמאס החלו לבנות את המפקדה מתחת לאדמה בשנת 2007 - אז השתלטו על רצועת עזה. תחילה, חמאס חפר מתחת למרתפי הבניינים של שיפא, והוסיף להם קומות. בהמשך, חיבר אותן אל רשת המנהרות המסועפת ברצועת עזה.
גורם בכיר לשעבר בשב"כ סיפר ל"טיימס" שהמתחם של חמאס כולל כמה קומות, ובהן חללים המיועדים לפגישות, למגורים - ולאחסון. כמה מאות בני אדם לכל הפחות יכולים להתרכז בחללים האלה שנבנו מתחת לשיפא, לפי הגורמים ששוחחו עם העיתון האמריקני. בהודעה שמסר אמ"ן ל"ניו יורק טיימס" נאמר כי מחבלי חמאס מסיטים חשמל מבית החולים לטובת המפקדה, וכי ניתן להיכנס אליה מכמה כניסות - בתוך בית החולים וסביבו.
בכירים במודיעין הישראלי, כך דיווח העיתון, אף הציגו לו תמונות שבהן נראות כניסות סודיות למתחם מתוך בית החולים. בתמונות נראים סימנים המעידים שמדובר בשיפא, אך לפי העיתון "לא ניתן לאמת את האותנטיות שלהן כרגע".
גורמים אמריקנים ששוחחו עם ה"ניו יורק טיימס" אמרו כי הם בטוחים שחמאס משתמש ברשת המנהרות שלו מתחת לבתי חולים, ובמיוחד שיפא - למטרת אחסון נשק ולטובת ניהול הפיקוד והשליטה של הארגון. ארה"ב, לדבריהם, אספה מודיעין עצמאי לגבי שימוש חמאס בשיפא.
ביום שישי האחרון העלה בכיר ישראלי אפשרות שבמתחמי חמאס מתחת לשיפא נמצאים גם חטופים, מה שעלול להקשות על ישראל לפעול שם.
הגורמים בישראל אמרו ל"טיימס" כי בעבר צה"ל נמנע מלפעול בתוך בית החולים מתוך דאגה לחיי האזרחים שהיו בו, אך שילם מחיר כבד בכך שמה שנמצא מתחתיו נותר שלם וללא פגע. "זו טעות שישראל לא תחזור עליה הפעם", אמרו הגורמים. לדבריהם, המתחם שנמצא מתחת לשיפא לא יישאר על כנו, למרות הלחץ הבינלאומי "לחוס עליו" ועל בתי חולים נוספים.
אמש הזהיר ארגון הבריאות העולמי כי בית החולים, שם נמצאים עדיין כ-2,300 בני אדם, הפסיק לתפקד כבר כמרכז רפואי. "המצב מסוכן", אמר ראש הארגון טדרוס אדהנום גברייסוס. בחמאס טענו כי כמה מהתינוקות הפגים שמטופלים בבית החולים מתו כתוצאה מהפסקות חשמל במקום.