עימותים פרצו בצהריים (יום שישי) בין כוחות הביטחון למשתתפים בהלוויה של העיתונאית שירין אבו עאקלה, שנהרגה בחילופי אש בין צה"ל לחמושים באזור ג'נין. בסרטונים מחוץ לבית החולים הצרפתי בשייח ג'ראח נראים המשתתפים מתעמתים עם השוטרים מסביב לארון הקבורה, שכמעט ונופל. סמוך לשער יפו נעקרו דגלי ישראל.
במשטרה אמרו כי לפני יציאת מסע הלוויה ובתחילתו, לאחר שהחלו קריאות הסתה והפרות סדר אלימות ברחבת בית החולים שכללו יידוי אבנים וחפצים לעבר השוטרים, נאלצו השוטרים לפזר ולהדוף את פורעי החוק ולבצע מעצרים כדי לאפשר את קיום הלוויה כחוק. "יידויי האבנים והחפצים השונים היו גם מאלו שהיו בקרבת ארון הקבורה בבית החולים. פורעי חוק אלו אף גרמו נזק לרכב הלוויה וניסו למנוע ממנו להסיע את ארון הקבורה. המשטרה פעלה למנוע שיבוש מסע הלוויה והמשכו כמתוכנן", הוסיפו וציינו כי עד כה נעצרו שישה חשודים.
חברי כנסת ערבים תקפו בחריפות את המשטרה - וכך גם השר לשיתוף פעולה אזורי עיסאווי פריג' (מרצ) שתקף: "משטרת ירושלים ביזתה את זכרה ואת הלווייתה של שירין אבו עאקלה. האלימות המשטרתית והלהט להחרים כל דגל פלסטיני, בניגוד להנחיית השר לביטחון פנים, הם שהביאו להתלקחות מיותרת. המשטרה גילתה אפס כבוד לאבלים ואפס הבנה של תפקידה כמי שאמונה על שמירת הסדר, לא על הפרתו".
ח"כ וליד טאהא מרע"מ החברה בקואליציה תקף אף הוא: "כמה מכוער ועלוב פרצופו של הכיבוש הארור. הכיבוש גם רצח את שירין אבו עאקלה, זכרה לברכה, בדם קר, וגם מונע מהמוני המשתתפים לכאוב את מותה. התנהלות גורמי הביטחון לפני ובמהלך הלוויה מעוררת מיליון סימני שאלה לגבי אלה שקיבלו את ההחלטות. בושה וחרפה".
חברי הכנסת של הרשימה המשותפת אמרו: "אין תהומות שהכיבוש הישראלי לא ידרדרו אליו. דווקא כשהמוני פלסטינים מבקשים להיפרד מעיתונאית נערצת ומוערכת - כוחות הכיבוש תוקפים את מסע הלוויה ואת ארון הקבורה של שירין. הכיבוש לא רואה בפלסטינים בני אדם. לא בחייהם, ולא במותם".
גופתה של אבו עאקלה הוצאה מבית החולים לצורך קבורתה בבית הקברות הנוצרי הר ציון שסמוך לשער יפו, כשלפני כן מתקיים טקס בכנסייה הרומית-קתולית במקום. לצד חברי כנסת ערבים מישראל, בטקס משתתפים 27 שגרירים מהעולם - והוא משודר בשידור ישיר בכלי תקשורת בעולם הערבי.
מהמשטרה נמסר כי "בשעות האחרונות, פועלים שוטרי משטרת ישראל בירושלים במטרה לאפשר את קיומה התקין של לווית העיתונאית שירין אבו עאקלה. המשטרה נערכה לקיום הלוויה בכוחות מתוגברים, לרבות שיח מקדים שבוצע עם בני המשפחה לתיאומים במכלול ההיבטים הנוגעים לקיום הלוויה כחוק. לצערנו, בחסות הלוויה ותוך ניצול ציני ופסול שלה, החלו מאות פורעי חוק ומפרי סדר להפר את הסדר הציבורי, עוד בטרם החלה הלוויה".
לדברי המשטרה, מאות המשתתפים שהתקהלו מחוץ לבית החולים הצרפתי בשייח ג'ראח קראו קריאות הסתה לאומניות. "קצין משטרה שהיה במקום כרז והזהיר את ההמון בטרם נקיטת פעולות אכיפה", נמסר. "לקראת יציאת ארון הקבורה מבית החולים, החל יידוי אבנים לעבר השוטרים מרחבת בית החולים הצרפתי, והשוטרים נאלצו לפעול במקום לפיזור מפרי הסדר. אותם פורעי חוק ומפרי אלימים מנסים לשבש את מהלך הלוויה התקין ולפגוע בכוחות הביטחון ואנו נפעל נגדם בכל הכלים שברשותנו".
בצל הקריאות ברשתות הפלסטיניות להגיע להלוויה ודיווחים שקריים שלפיהן המשטרה "ניסתה לחטוף את הגופה" של אבו עאקלה, הוסיפה המשטרה כי "בשעות האחרונות, כמו גם בימים האחרונים ובתקופה האחרונה, מופצים ברשתות חברתיות ובכלי תקשורת שונים פרסומים רבים וכוזבים הכוללים דיסאינפורמציה וחצאי אמיתות ביחס להתרחשויות שונות ופעילות כוחות המשטרה באזור כולל דיווחים כוזבים על ריבוי נפגעים. פרסומים אלו הם חלק מהסתה מתמשכת וניסיון להחדרת תודעה כוזבת ותיווך מציאות מעוותת לציבור על-ידי גורמים עוינים שונים".
"נמשיך לפעול לקיום הלוויה כחוק, ולצד זאת נפעל בנחישות מול פורעי חוק ומפרי סדר שינצלו אותה להסתה, אלימות והפרות סדר מכל סוג שהם", הוסיפו במשטרה. "לא נאפשר ללוויה לשמש כסות וחסות להפרות סדר אלימות, ולא נאפשר למפרי סדר להתפרע ולהפר את הסדר בחסות הלוויה".
מאז מותה הפכה אבו עאקלה, עיתונאית מוכרת מאל-ג'זירה, לסמל בקרב הפלסטינים ובעולם הערבי, ודמותה נוצלה על-ידי הפלסטינים בין היתר לצורך תעמולה נגד ישראל. בערים הפלסטיניות התקיימו צעדות שבמהלכן נשמעו גינויים על "חיסולה", כדבריהם, על-ידי כוחות צה"ל, וברשתות הערביות כבר העניקו לאבו עאקלה מקום של כבוד, כסמל של מאבק פלסטיני. דבר מותה של אבו עאקלה הופיע בכותרות הראשיות של רוב אתרי החדשות המובילים בעולם הערבי. כמה תינוקות שנולדו ביממה האחרונה כבר זכו להיקרא "שירין" על שמה של העיתונאית המנוחה, וברשתות הערביות פורסמו קריקטורות רבות שמאדירות את פועלה וכן מביעות מחאה וביקורת על מה שנתפס בעולם הערבי כחיסול בדם קר שביצעה ישראל. היבט נוסף שהופיע בקריקטורות השונות הוא הניסיון לכאורה להשתיק את קול המחאה הפלסטיני, ובכך להסתיר את "פשעי הכיבוש".
מותה של העיתונאית בחילופי האש עורר גל גינויים בינלאומי, אך ברוב המקרים לא הואשמה ישראל ישירות. הסיבה לכך, לפי שעה, היא שלא ברור אם אבו עאקלה נפגעה מאש החמושים או מאש צה"ל, והרשות הפלסטינית מסרבת לחקירה משותפת עם ישראל בפיקוחו של גורם בלתי תלוי. יו"ר הרשות הפלסטינית, אבו מאזן, אף כינה את אבו עאקלה "שהידית של ירושלים" ואמר כי "אנחנו מסרבים ונסרב לבצע חקירה משותפת עם רשויותיה של ישראל, שכן היא זו שביצעה את הפשע. נגיע במהרה לבית הדין בהאג כדי לחקור את הפושעים".
לאור המתיחות הביטחונית הגבוהה ממילא וההדים שגררה הפרשה, נערכה המשטרה מבעוד מועד בכוחות מתוגברים להלוויה, מחשש שזו תתפתח למהומות.
מוקדם יותר פרסם צה"ל את מסקנות תחקיר הביניים למותה של העיתונאית אבו עאקלה. "המסקנה מתחקיר הביניים היא שלא ניתן לקבוע מהו מקור הירי שפגע והרג את הכתבת", נמסר. לפי צה"ל, מהתחקיר עולה כי ישנן שתי אפשרויות למקור הירי שפגע בה. בשעה 15:00 תתקיים הלווייתה במזרח ירושלים, ושוטרים רבים נפרסו ברחבי העיר כדי להיערך לה.
לפי התחקיר, "האפשרות הראשונה היא שכחלק מהניסיון לפגוע בכוח הצבאי בוצע ירי מאסיבי של חמושים פלסטינים, בו נורו מאות כדורים ממספר מוקדים. כחלק מהניסיון של החמושים הפלסטינים לפגוע בכלי הרכב הצה"ליים נורו עשרות רבות של כדורים באופן לא מבוקר לכיוון כלי הרכב הצבאיים, שהוא גם הכיוון בו שהתה הכתבת וייתכן שזהו מקור הירי שפגע בה".
האפשרות השנייה, לפי התחקיר, היא ש"במהלך הלחימה אחד הלוחמים ביצע ירי של כדורים אחדים מתוך חרך מיוחד בג'יפ ודרך כוונת טלסקופית לעבר מחבל שירה על כלי הרכב בו היה הלוחם. המחבל ירה צרורות לעבר לוחם צה"ל מספר פעמים וישנה האפשרות שהכתבת שעמדה בסמוך למחבל החמוש ומאחוריו נפגעה מירי הלוחם לעבר המחבל. המרחק מכלי הרכב לכתבת הינו כ- 200 מטרים".
לפי צה"ל, "קבלת הקליע לבדיקה בליסטית מקצועית עשויה להכריע בין שתי האפשרויות הללו. נכון לרגע זה הפלסטינים לא נענו לבקשתנו לקיים תחקיר משותף או להעביר לנו את ממצאי החקירה שלהם ובין היתר גם את הקליע. ישראל אף הציעה לנציגים הפלסטינים (וכן לנציג אמריקאי) להיות נוכחים ולהשתתף בתהליכי הבדיקה המקצועיים, הפתולוגיים, הבליסטיים ואף בבדיקה הפורנזית של הקליע - הצעות אלו נתקלו בחוסר שיתוף פעולה וללא מענה".