מערכת היחסים המורכבת בין אלוף פיקוד המרכז יהודה פוקס לבין גורמי ימין ומתנחלים באה לידי ביטוי גם בטקס הפרידה ממנו היום אחרי 37 שנות שירות. האלוף פוקס התייחס בנאום הפרידה לכך שהפשיעה הלאומנית הרימה ראש בחסות המלחמה, "וההנהגה לא ראתה את האיום. היא מורתעת. זו לא היהדות בעיניי".
על רקע הניסיונות בממשלה לפגוע בתפקודה של הרשות הפלסטינית אמר פוקס: "יכולתו של פיקוד מרכז לעמוד במשימותיו, להגן על מדינת ישראל ותושבי הגזרה, תלויה גם בקיומה של רשות פלסטינית מתפקדת וחזקה, בעלת מנגנוני ביטחון אפקטיביים השומרים על החוק והסדר".
הדברים הללו עוררו סערה בקרב חלק מהמתנחלים וראש המועצה האזורית בנימין ויו"ר מועצת יש"ע ישראל גנץ, הגיב: "הקונספציה לפיה צה"ל צריך לשמר את הרשות הפלסטינית כדי לשמור על בטחון ישראל היא שהפכה את ג'נין ושכם לעזה, מטר מנתניה וכפר סבא. לצערנו, ההנהגה הצבאית וגם המדינית אטמה את אוזניה כשהתרענו מפני התפרצות הטרור בשנתיים האחרונות וכן ערב ה-7 באוקטובר ממש. התפיסה הזו הכילה פיגועים רצחניים והייתה מורתעת מארגוני הטרור ומהרשות הפלסטינית. עד היום ממשיכים ראשי הצבא לטמון את הראש בחול ביחס לסכנה הנשקפת למדינת ישראל ממחבלי הרשות הפלסטינית".
עוד הוסיף כי "בניגוד לדברים שנאמרו, הנתונים הרשמיים של מדינת ישראל מצביעים על ירידה דרסטית באירועים בעייתיים בהתיישבות. היו שישבו בחיבוק ידיים כשידעו שמכונת פייק ורעל של ארגונים פרו-פלסטינים מוציאים את דיבת ההתיישבות רעה בארץ ובעולם. הפעולות שקידמו ראשי הרשויות בשטח בעבודה קשה נאלצו לא פעם להתגבר על פעולות של גורמים אחרים שהצעדים שלהם התסיסו והובילו לתוצאות הפוכות. לדאבוני, האלוף היוצא בחר בעת מלחמה להפנות זרקור לאירועים אזוטריים ולא מייצגים. הדם שנשפך כאן בשלוש השנים היה של יהודים שזעקו והתריעו. כל מיקוד אחר עושה עוול למציאות, למתיישבים הגיבורים ולתדמית מדינת ישראל".
ראש המועצה האזורית שומרון יוסי דגן הגיב גם הוא בחריפות לדברים שאמר פוקס על ההתיישבות ביהודה ושומרון וכן כנגד הדברים שאמר על הצורך בחיזוק הרשות הפלסטינית. דגן הדגיש כי מדובר בדברים שאינם נכונים עובדתית גם על פי נתונים פיקוד המרכז עצמו.
לדבריו, "לאלוף פוקס יש זכויות בהגנה על המולדת ולא ניקח ממנו זאת. יש לי מחלוקות רבות איתו בנושא קונספציות ביטחוניות שהובילו לפיגועים קשים לפני ה-7.10 ולצערי ויכוחים רבים גם אחרי, אך גם אחרי הדברים הללו חובה לכבדו. ובאותה מידה הדברים חייבים להיאמר: דברי האלוף פוקס בטקס הפרידה הם פסולים ערכית וחמור מכך - גם לא נכונים עובדתית. לפי נתוני מחוז ש"י ישנה ירידה חדה במקרי האלימות של הקומץ הקטן הזה שהתקשורת, והאלוף פוקס עסוקים בהם שוב ושוב. האלוף פוקס יודע זאת היטב כי גם לפי נתוני פיקוד מרכז הרשמיים שהודלפו לפני זמן לא רב, ישנה ירידה דרמטית במקרים אלו לאחר תחילת המלחמה. מי שרוצה להיות יאיר גולן 2 שיעשה זאת בזירה הפוליטית".
דגן הוסיף כי: "כמעט אין אצלנו יישוב שאין בו נופלים, נגמרו לנו הדמעות מרוב בתי האבלים. בכל פעם שאתם מזכירים את אהבת המולדת וההקרבה של בני ההתיישבות ביו״ש תזכרו שהם צמחו בחינוך שלנו, בקהילות שלנו, אותה מערכת חינוך והנהגה רבנית וקהילתית שאלוף פוקס השמיץ היום בצורה כה פוליטית. הנאום הפוליטי הזה יריקה בפרצוף שלהם".
חברת הכנסת לימור סון הר מלך: "דבריו של האלוף פוקס בטקס פרישתו מצה"ל מדאיגים ומסוכנים. זהו נאום התהליכים של יאיר גולן על סטרואידים - ניתוק מוחלט מהמציאות בשטח והפניית אצבע מאשימה לכיוון הלא נכון. אנחנו בסכנה אמיתית כל עוד מפקדי צה"ל ממשיכים להתעלם מהאיום האמיתי ולהתמקד ב'סכנת ההקצנה' בקרב המתיישבים. נערי הגבעות, אותם האלוף פוקס מכנה 'פורעים', הם אלה העומדים על משמר ארצנו. אני מקווה שהאלוף בלוט, מחליפו של פוקס, יבין שהסכנה האמיתית מגיעה מהערבים ולא מהמתיישבים היהודים".
גם חבר הכנסת צבי סוכות הגיב בחריפות: "אלוף הקונספציה הולך הביתה. מי שתולה את הביטחון בחוזקה של הרשות הפלסטינית וחושב שהחשש מ-82% מהם תומכי חמאס הוא 'זריית פחד' מיותרת היה אחראי על ביטחון היהודים ביו"ש עד היום. שלום ולא להתראות".
אסתי ושלום יניב, הוריהם של הלל ויגל הי"ד, אמרו בתגובה לדברי האלוף פוקס: "מצער אותנו מאוד שהאלוף פוקס שתחת פיקודו נרצחו ילדינו בפיגוע טרור רצחני, בוחר להשתלח במעשים שוליים שאינם מייצגים אפילו לא מיעוט מתושבי יו"ש. במקום לקחת אחריות על תקופה מהקשות שהיו ביו"ש תחת פיקודו ולדבר על הטרור שמרים ראש פעם אחר פעם בחר פוקס להתעלם מנושא זה. אין לנו אלא להצטער על דבריו של פוקס ולקוות לימים טובים יותר".