השבעת הממשלה החדשה בצ'כיה מתעכבת בין היתר בשל שאלת העברת שגרירות צ'כיה לירושלים. נשיא צ'כיה החולה מילוש זמאן הוא המחולל של ההחלטה להעביר את השגרירות הצ'כית לירושלים, ובשנתו האחרונה בתפקיד הוא מבקש להשלים את המהלך - אך חושש כי שר החוץ המיועד יאן ליפאבסקי יטרפד זאת.
בשנת 2018 הכריז זמאן שצ'כיה תעביר את השגרירות במהלך תלת-שלבי שייקח כמה שנים, ובמרץ השנה פתחה צ'כיה שלוחה של השגרירות שלה בירושלים. זמאן רואה במהלך נושא ליבה ומורשת.
ראש הממשלה המיועד בצ'כיה, פטר פיאלה, תומך במהלך - ובתקופת ישיבתו באופוזיציה הביע תמיכה בהעברת השגרירות לבירה. במאי 2018 אמר פיאלה כי "ישראל היא בעלת ברית חשובה שלנו, ואני אישית מאמין שהשגרירות שלנו צריכה לעבור מתל אביב לירושלים. ישראל רואה את ירושלים כבירתה, ועלינו לכבד זאת ולגלות כבוד בצעד זה".
אלא ששר החוץ המיועד בממשלה המסתמנת, יאן ליפאבסקי - נציג מפלגת השמאל הפיראטים, התבטא בעבר נגד העברת השגרירות הצ'כית לירושלים. ליפאבסקי נפגש עם זמאן, שמקבל את אורחיו בימים אלו בתוך תא זכוכית מאחר שנדבק בקורונה.
כנראה בשל עמדתו של ליפאבסקי נגד העברת השגרירות, זמאן חוסם בינתיים את מינויו, בין היתר בשל חשש שלו שליפאבסקי עלול לטרפד את התוכנית שלו להשלים את העברת השגרירות הצ'כית לירושלים. יש הסבורים שלדעת זמאן, ליפאבסקי לא מספיק ידידותי לישראל.
סוגייה נוספת שעומדת במחלוקת היא היחס לרוסיה. בעוד הנשיא זמאן בעד שיפור היחסים עם רוסיה, ליפאבסקי תומך בהיצמדות לקו הכללי של האיחוד האירופי. אותו קו אירופי גם מתנגד, כידוע, להכרה בירושלים כבירת ישראל.
בשבועות האחרונים ניסה ליפאבסקי למזער את התדמית האנטי-ישראלית שדבקה בו, וקיים מספר פגישות עם הקהילה היהודית - כולל הגעה לטקס הדלקת נרות בחנוכה האחרון בביתה של שגרירת ישראל בצ'כיה אנה אזארי. ליפאבסקי טוען כל הזמן שהוא לא אנטי-ישראלי, אולם, יש לו דעות מאוד ליברליות ופרוגרסיביות כשזה נוגע לישראל.