משה בוגי יעלון הגיב למכתב האזהרה שקיבל מוועדת חקירת פרשת הצוללות, ואמר כי "המשמעות של לקיחת אחריות, מתן דוגמא אישית וממלכתיות, היא לכבד את הדמוקרטיה הישראלית ומוסדותיה, ולא להתנגח בהן כשזה פחות נוח". לדבריו, "זו פרשת השחיתות הביטחונית החמורה ביותר מקום המדינה, אמלא אחר דרישות והנחיות הוועדה באמון מלא וביושרה. אני שלם עם כל מהלכיי, מאמין שלא נפל בהם כל רבב, ואציג בפני הוועדה את תשובותיי בבוא העת".