מבקר המדינה מתניהו אנגלמן מתח ביקורת חריפה על הנחיצות של המשרד לשיתוף פעולה אזורי, שבראשו עומד השר דודי אמסלם. בדוח שפרסם המבקר נכתב כי "מרבית תקני המשרד מיועדים לעובדים במשרות אמון בלשכות השר והמנכ"ל - ומאידך, מרבית ההשקעות של המשרד בפרויקטים ירדו לטמיון". אנגלמן הוסיף כי יש לבחון את נחיצותו של המשרד כגוף עצמאי. המשרד לשיתוף פעולה אזורי הוקם ב-1999 על-ידי ממשלתו של אהוד ברק והשר הראשון שכיהן בתפקיד היה שמעון פרס. ב-2003 הופסקה פעילותו של המשרד, אך הוא חודש כשבנימין נתניהו הקים ממשלה ב-2009.