השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר התעקש לנאום ביום הזיכרון חרף מחאת המשפחות השכולות, וכפי שהיה צפוי - במקום התרחשו עימותים קשים בין תומכיו למתנגדיו, בין הקברים. המתיחות הורגשה במקום עוד לפני הגעתו של בן גביר, על רקע האבטחה הכבדה שהוצבה שם. חלק מהמשפחות עזבו מבעוד מועד כי חששו ממהומות בזמן נאומו, ואחרות עזבו מיד לאחר מכן - בעקבות התשואות שלהן זכה בן גביר מצד חלק מהמשתתפים.
בזמן נאומו של בן גביר, חלק מהמשתתפים החלו לשיר ואחרים השיבו להם: "מה אתם שרים יא זבלות! אנחנו לא סוג ב'". חלק מהנוכחים נשמעו קוראים "מתגעגעים לאושוויץ, שרמוטות, זבלים, תחזרו לקיבוץ".
משפחות שכולות צעקו לעבר השר לביטחון לאומי: "לך הביתה, לך לבקו"ם" והשר השיב: "מותר להם, מי שרוצה לצעוק - שיצעק. אני מרכין ראש". הוא הוסיף: "הסיפור הזה משותף לכולנו. חילונים ודתיים, משפחות מהעיר ומהכפר".
יו"ר יד לבנים, אלי בן שם, אמר לאחר העימותים בבית העלמין בבאר שבע: "אני מתנצל בפני הנופלים שלא הצלחנו לשמור על כבודם. השר בן גביר לא נהג בחכמה. הוא גרם למכות ולקרע בין משפחות שכולות. הוא היה צריך לנהוג כמו ח"כים ושרים שעמדו ליד הקברים והניחו זר. מעולם לא הרימו יד משפחות שכולות אחת על השנייה. אני מתבייש ומתנצל שהגענו למצב כזה. אני מצר על ההתנהלות שלו. ביקשנו ממנו בשבועיים האחרונים לא להגיע, דיברתי איתו ופנינו ללשכה שלו - אבל הוא התעקש להגיע. מה הוא הרוויח? שיהיה מכות בין משפחות שכולות? שיעשה חשבון נפש ביום כיפור שהוא הצליח לגרום לקרע בין משפחות שכולות".
בן שם הוסיף: "מעולם לא היה מצב כזה. הקרע של עם ישראל זלג למשפחת השכול וההסבר לזה בין היתר הוא שפוליטיקאים חרדים אומרים שחצי עם יעשה צבא וחצי עם ילמד תורה. זה מרגיז את המשפחות השכולות. אני מתנצל בפני חללי מערכות ישראל, בייחוד בבאר שבע ובעוד כמה מקומות, שלא הצלחנו לשמור על כבודם של קודש הקודשים של החברה הישראלית. אדון בן גביר היה צריך ללמוד מהשרה דיסטל ומחברי כנסת חרדים שלא באו כדי לא לפגוע. הוא התנהג בחוסר רגישות ובכוח רצה לבוא, ובפעם ראשונה במדינת ישראל הוא גרם למשפחות שכולות להרים יד אחת על השנייה".
מובילי המחאה הגיבו בצאת יום הזיכרון לעימותים ואמרו: "שלוחיו של הכהניסט בן גביר ביזו היום את יום הזיכרון בצורה שלא נראתה מעולם. שלוחיו של בן גביר פילגו את משפחת השכול, קרעו את עם ישראל עם קללות וביזוי שגם השטן בעצמו לא היה יכול להמציא. בושה שהוא שר, בושה למדינת ישראל כולה".
רונן ניסנבוים, שאחיו ערן נפל במבצע שלום הגליל, אמר כי "זו הפעם הראשונה שהזדעזעתי ממה שקרה פה. לא הייתי שותף למהומה אבל זו הייתה בושה. המריבות בין המשפחות ומחיאות הכפיים לשר, שימחאו כפיים ביום הזיכרון לנאום והנחת זר? זו הפעם הראשונה שראיתי זאת והאחרונה אני מקווה". לדברי ניסנבוים, "כל עוד בן גביר היה כאן ושתק הכול היה בסדר. כשהוא נאם הכול התחיל. לדעתי הוא נהנה מזה. הוא היה צריך לשתוק".
שירה ארבלי, אחיינית של יהושע-שוקי סופר שנהרג ב-2010 בפיגוע בצומת תפוח, אמרה כי "זה לא משנה אם אני בעד בן גביר או לא. זו פשוט בושה לעשות דבר כזה ביום הזיכרון. כמשפחה שכולה אני לא שופטת איש. זר לא יבין זאת. אבל מן הראוי שנכבד מישהו גם אם אנחנו לא מסכימים איתנו. כששרתי את התקווה זה עשה לי רע לדעת ששרים את ההמנון ומאחוריי שתי משפחות שכולות ואחת רבה עם השנייה, כשהיקרים לנו מכל באדמה. זה קרע לי את הלב. לא באנו למחאה פוליטית. מי שרוצה להפגין יכול כל מוצאי שבת. היה פה אבא שכמעט התעלף והחזיק את עצמו".
ולא רק בבאר שבע נרשמו עימותים חריגים: שרת המודיעין גילה גמליאל הגיעה לפני הצהריים לבית העלמין הצבאי בעוספיה, אך מפגינים, רובם ממשפחות שכולות, מנעו ממנה להיכנס - כפי שהזהירו מבעוד מועד שיעשו. הם מחו על היחס של המדינה כלפי הדרוזים ועל "חוק קמיניץ". לבסוף נאלצה גמליאל לעזוב את המקום. לאחר הטקס חזרה גמליאל, והניחה זר בבית העלמין.
גם ברחובות נרשמו עימותים ואף אלימות פיזית בין משפחות שכולות, בזמן נאומו של השר משה ארבל מש"ס. כמה מהמשפחות השכולות אף שרו התקווה לפני נאומו של השר, ודרשו שיעזוב. אחד המוחים ברחובות אמר: "מספיק שהורה אחד אומר שהוא (השר ארבל) לא צריך לבוא לפה, אז הוא לא צריך לבוא לפה". מנגד, הורים ומשתתפים מהצד השני אמרו שההפרעה לנאום ארבל "מבזה את היום הקדוש הזה".
ארבל, מצידו, אמר כי "אני מתפלל שגם בתקופות קושי ומתח ומחלוקות קשות, נשכיל כולנו לזכור כי רב המשותף על המפריד, אנו עם אחד קטן שנלחם מיום הקמת המדינה להגנתה ושמירתה, כל מחלוקת וכל ריב אינם אלא ריב בתוך המשפחה, כך ראוי להתייחס אליהם. אני מקווה ובטוח שלפנינו ימים שקטים יותר של אחדות ופיוס".
בחולון קראו כמה מהמשפחות קריאות ביניים לשרת התחבורה מירי רגב, כשמנגד רבים ביקשו להפסיק ולא להפריע לשרה. במקום נרשמו עימותים בהיקף קטן יחסית, ובסך הכול עבר הטקס בשקט יחסי לעומת החשש שהיה לפני כן.
בטקס בהר הרצל עבר נאומו של ראש הממשלה בנימין נתניהו ללא קריאות ביניים חריגות, אך בחוץ התרחשו עימותים בין המשפחות השכולות. בעקבות כל המחאות והמהומות, כתב שר הביטחון לשעבר בני גנץ בטוויטר: "יום הזיכרון הכי עצוב שלי".