יום אחרי סיום הטור דה פראנס נפתחה חקירת משטרה לגבי חשדות לשימוש בסמים, כאשר על פי סוכנות הידיעות הצרפתית AFP בוצע חיפוש אצל רוכבי קבוצת ארקאה–סאמסיק ובעקבותיה נעצרו שניים.
למרות שלא פורסמו שמות העצורים, ידוע כי נבדקו בין היתר הרוכבים הקולומביאנים דאייר קינטנה, אחיו נאירו ואנשי הצוות הרפואי שלהם, כאשר החיפוש התבצע כבר ביום רביעי שבו התקיים הקטע ה-18 שיצא ממריבל. חקירה ראשונית נפתחה על ידי משרד הבריאות בצרפת באמצעות הפרקליטות של מארסיי.
כמובן שהסיפור הכי מפורסם הנוגע לשימוש בסמים בטור שייך ללאנס ארמסטרונג שניצח שבע פעמים במרוץ, אך נמצא אשם בלקיחת משפרי ביצועים וכל תאריו נמחקו. לאחר פרישתו הראשונה של ארמסטרונג ב-2006, התפוצצה פרשת מבצע פוארטו שבעקבותיה הושעו רוכבים רבים מהשתתפות בטור.
לאחר סיום אותו מרוץ התברר כי הזוכה פלויד לאנדיס השתמש גם הוא בסמים, והתואר נשלל ממנו. ב-2007 הודח המוביל במרוץ מיכאל רסמוסן לאחר שהתברר כי נעדר ממספר בדיקות סמים. בעקבות כך נטל במקומו אלברטו קונטדור את ההובלה והמשיך לזכייה במרוץ.
