אחרי הפארסה - יגיע שלב הבדיקה. יו"ר ההתאחדות לכדורגל שינו זוארץ יביא לדיון והצבעה בישיבת הנהלת ההתאחדות הצעה להקמת ועדת בדיקה חיצונית שתבחן את אירועי גמר גביע המדינה, שבמהלכם אוהדי בית"ר ירושלים פרצו בהמוניהם לדשא אחרי זכיית הקבוצה בגביע - וגרמו לביטול טקס ההנפה ולמילוט הנשיא יצחק הרצוג מאצטדיון סמי עופר.
"עצוב שערב שהיה אמור להיות חגיגת כדורגל מסתיים עם פריצה המונית של קהל לכר הדשא, עם נשיא מדינה שאינו יכול להעניק גביע ובעיקר שחקנים שראויים לחגוג ולא מתאפשר להם", אמר זוארץ. "טירוף האלימות בכדורגל הישראלי חייב להיעצר ואני מתכוון להוביל את הנושא עם כל מי שאוהב את המשחק ומאמין שהניצחון אפשרי".
לפי תקנון ההתאחדות, במקרה שקהל רב פורץ למגרש במשחק גביע - הניצחון מוענק לקבוצה היריבה. אם עונש חמור מעין זה יוטל על בית"ר ירושלים, התואר יישלל ממנה - ויועבר למכבי נתניה. עם זאת, צריך עדיין להמתין להליכים במוסדות ההתאחדות לכדורגל, וכיצד יחליט בית הדין המשמעתי שלה, אחרי שבית"ר תועמד לדין. הבעלים של הקבוצה, ברק אברמוב, כבר איים כי אם התואר יילקח מהקבוצה שלו, "סיימתי את החלק שלי בכדורגל".
בתוך כך, זוארץ יביא לאישור בישיבת ההנהלה ביום ראשון את הרכב חברי הוועדה לבדיקת אירועי גמר הגביע: שופט בדימוס, אלון רום, ניצב בדימוס, אהרון אקסול, תת ניצב בדימוס, חיים איפרגן, אל״מ (מיל׳), רז בן שמש, עו״ד אלירן בקל ומומחה לניהול תנועת קהל, גיא קדם.
בינתיים, בעקבות אירועי הגמר, בהתאחדות נקלעו לקרב ציוצים עם הבעלים של הפועל באר-שבע אלונה ברקת. "כאוס בסמי עופר, של מי האחריות השילוחית", עקצה ברקת בטוויטר את ההתאחדות לכדורגל, ואיחלה: "שייגמר בשלום". בהתאחדות, בעודם טרודים במהומות בחיפה, מצאו את הזמן להשיב לברקת עם ציוץ משלהם: "למקרה ששכחת...", צייצו בהתאחדות וצירפו צילום מסך מאתר הארגון, המראה כי ברקת כי חברת הנהלת ההתאחדות.
אלו לא חילופי העקיצות הראשונים בין הצדדים, והם מגיעים על רקע עימותים חריפים בין ברקת לבין ההתאחדות בעקבות אירועי טוטו-טרנר, שבו פרצה תגרה המונית בין שחקני הפועל באר-שבע ומכבי חיפה בסיום המשחק ביניהן. התקרית הובילה לכתבי אישום חריפים נגד שורה ארוכה של שחקנים משתי הקבוצות, לעונשי הרחקה כבדים וכן להפחתת נקודות לשתי הקבוצות. בשלב מסוים, לאחר שמספר כתבי האישום שהוגשו נגד שחקני באר-שבע היה גדול יותר מזה שהוגשו נגד שחקני באר-שבע, ברקת תקפה קשות את ההתאחדות, ועוררה חילופי דברים קשים.