משרד הבריאות הוא אחד ממשרדי הממשלה המרכזיים במדינת ישראל – והוא מחזיק בתקציב השלישי בגודלו במדינה אחרי משרד הביטחון ומשרד החינוך. שר הבריאות הוא ניצן הורוביץ ומנכ"ל משרד הבריאות הוא הפרופ' נחמן אש. המטה המרכזי של משרד הבריאות יושב במגדלי הבירה בירושלים.
בין היתר אחראי המשרד על מערכת הבריאות בישראל, ובכלל זה בתי חולים, מרפאות, קופות החולים ומוסדות רפואיים אחרים. עוד אחראי המשרד על הפעילות בתחום – ובו רפואה מונעת, שירותי בריאות הציבור, קידום בריאות ורישוי מקצועות הבריאות.